rs1001098

Homo sapiens
C>T
None
Check p-value
SNV (Single Nucleotide Variation)
T=0224 (6727/29922,GnomAD)
T=0223 (6511/29118,TOPMED)
T=0306 (1533/5008,1000G)
T=0166 (638/3854,ALSPAC)
T=0176 (651/3708,TWINSUK)
chr2:217997518 (GRCh38.p7) (2q35)
AD
GWASdb2
1   publication(s)
See rs on genome
211 Enhancers around
32 Promoters around

Genomic Coordinates

Sequence Name Change(s)
GRCh38.p7 chr 2NC_000002.12:g.217997518C>T
GRCh37.p13 chr 2NC_000002.11:g.218862241C>T

Population Frequency

Study Population Group Sample # Ref Allele Alt Allele
1000GenomesAfricanSub1322C=0.742T=0.258
1000GenomesAmericanSub694C=0.600T=0.400
1000GenomesEast AsianSub1008C=0.569T=0.431
1000GenomesEuropeSub1006C=0.817T=0.183
1000GenomesGlobalStudy-wide5008C=0.694T=0.306
1000GenomesSouth AsianSub978C=0.700T=0.300
The Avon Longitudinal Study of Parents and ChildrenPARENT AND CHILD COHORTStudy-wide3854C=0.834T=0.166
The Genome Aggregation DatabaseAfricanSub8684C=0.757T=0.243
The Genome Aggregation DatabaseAmericanSub834C=0.610T=0.390
The Genome Aggregation DatabaseEast AsianSub1614C=0.590T=0.410
The Genome Aggregation DatabaseEuropeSub18488C=0.806T=0.193
The Genome Aggregation DatabaseGlobalStudy-wide29922C=0.775T=0.224
The Genome Aggregation DatabaseOtherSub302C=0.840T=0.160
Trans-Omics for Precision MedicineGlobalStudy-wide29118C=0.776T=0.223
UK 10K study - TwinsTWIN COHORTStudy-wide3708C=0.824T=0.176
PMID Title Author Journal
20201924Genome-wide association study of alcohol dependence implicates a region on chromosome 11.Edenberg HJAlcohol Clin Exp Res

P-Value

SNP ID p-value Traits Study
rs10010980.000733alcohol dependence20201924

eQTL of rs1001098 in Brain tissues (GTEx Analysis Release V7)

Position (v37) eGene GeneID Variant p-value TSS Tissue
There is no eQTL annotation for this SNP

meQTL of rs1001098 in Fetal Brain

Probe ID Position Gene beta p-value
There is no meQTL annotation for this SNP

Genomic View

Chromatin Interaction

There is no significant Hi-C chromatin interaction data for this SNP.

Enhancer Annotation (GRCh37.p13)

Chromosome Start End Region Distance ( -/+ : Up/Downstream )
chr2218817821218819636E067-42605
chr2218819677218819864E067-42377
chr2218881474218881555E06719233
chr2218883058218883116E06720817
chr2218883307218883384E06721066
chr2218813555218813650E068-48591
chr2218813760218813839E068-48402
chr2218816900218816971E068-45270
chr2218817326218817379E068-44862
chr2218817459218817546E068-44695
chr2218817689218817772E068-44469
chr2218817821218819636E068-42605
chr2218819677218819864E068-42377
chr2218820250218820519E068-41722
chr2218837206218837608E068-24633
chr2218837747218837827E068-24414
chr2218837908218837964E068-24277
chr2218844653218844709E068-17532
chr2218844781218845331E068-16910
chr2218845463218845604E068-16637
chr2218846079218846213E068-16028
chr2218846220218846382E068-15859
chr2218846384218846561E068-15680
chr2218846636218846686E068-15555
chr2218852469218854209E068-8032
chr2218864150218864318E0681909
chr2218864397218864591E0682156
chr2218864900218865214E0682659
chr2218865332218865421E0683091
chr2218869488218869619E0687247
chr2218869750218869951E0687509
chr2218870064218870143E0687823
chr2218870328218870448E0688087
chr2218881474218881555E06819233
chr2218882002218882048E06819761
chr2218882132218882732E06819891
chr2218883058218883116E06820817
chr2218891378218891428E06829137
chr2218891548218891757E06829307
chr2218813555218813650E069-48591
chr2218817689218817772E069-44469
chr2218817821218819636E069-42605
chr2218837206218837608E069-24633
chr2218837747218837827E069-24414
chr2218837908218837964E069-24277
chr2218838280218838336E069-23905
chr2218844653218844709E069-17532
chr2218846079218846213E069-16028
chr2218846220218846382E069-15859
chr2218846384218846561E069-15680
chr2218846636218846686E069-15555
chr2218852469218854209E069-8032
chr2218879952218880317E06917711
chr2218881053218881233E06918812
chr2218881474218881555E06919233
chr2218882002218882048E06919761
chr2218817689218817772E070-44469
chr2218844653218844709E070-17532
chr2218846079218846213E070-16028
chr2218846220218846382E070-15859
chr2218846384218846561E070-15680
chr2218846636218846686E070-15555
chr2218867361218869418E0705120
chr2218876330218876457E07014089
chr2218876677218876751E07014436
chr2218877127218877225E07014886
chr2218877238218877300E07014997
chr2218878546218878600E07016305
chr2218878890218878975E07016649
chr2218879679218879729E07017438
chr2218880568218881028E07018327
chr2218881053218881233E07018812
chr2218881474218881555E07019233
chr2218882002218882048E07019761
chr2218882132218882732E07019891
chr2218896965218897015E07034724
chr2218897125218897214E07034884
chr2218897216218897408E07034975
chr2218897890218897962E07035649
chr2218898056218898141E07035815
chr2218813555218813650E071-48591
chr2218813760218813839E071-48402
chr2218814123218814422E071-47819
chr2218817459218817546E071-44695
chr2218817689218817772E071-44469
chr2218817821218819636E071-42605
chr2218830490218830683E071-31558
chr2218837206218837608E071-24633
chr2218842426218842529E071-19712
chr2218844653218844709E071-17532
chr2218844781218845331E071-16910
chr2218845463218845604E071-16637
chr2218846079218846213E071-16028
chr2218846220218846382E071-15859
chr2218846384218846561E071-15680
chr2218852469218854209E071-8032
chr2218864397218864591E0712156
chr2218864900218865214E0712659
chr2218881474218881555E07119233
chr2218882002218882048E07119761
chr2218882132218882732E07119891
chr2218817689218817772E072-44469
chr2218817821218819636E072-42605
chr2218837206218837608E072-24633
chr2218844653218844709E072-17532
chr2218844781218845331E072-16910
chr2218845463218845604E072-16637
chr2218846079218846213E072-16028
chr2218852376218852444E072-9797
chr2218852469218854209E072-8032
chr2218876330218876457E07214089
chr2218881053218881233E07218812
chr2218881474218881555E07219233
chr2218882002218882048E07219761
chr2218882132218882732E07219891
chr2218883058218883116E07220817
chr2218817459218817546E073-44695
chr2218817821218819636E073-42605
chr2218819677218819864E073-42377
chr2218829358218829605E073-32636
chr2218829689218829846E073-32395
chr2218830016218830116E073-32125
chr2218830133218830197E073-32044
chr2218830366218830476E073-31765
chr2218830490218830683E073-31558
chr2218830751218831125E073-31116
chr2218831174218831525E073-30716
chr2218831536218831656E073-30585
chr2218837206218837608E073-24633
chr2218838280218838336E073-23905
chr2218844653218844709E073-17532
chr2218844781218845331E073-16910
chr2218845463218845604E073-16637
chr2218846079218846213E073-16028
chr2218864397218864591E0732156
chr2218869488218869619E0737247
chr2218869750218869951E0737509
chr2218870064218870143E0737823
chr2218881053218881233E07318812
chr2218881474218881555E07319233
chr2218882002218882048E07319761
chr2218882132218882732E07319891
chr2218883058218883116E07320817
chr2218900371218900465E07338130
chr2218813555218813650E074-48591
chr2218813760218813839E074-48402
chr2218814123218814422E074-47819
chr2218817689218817772E074-44469
chr2218817821218819636E074-42605
chr2218819677218819864E074-42377
chr2218829050218829254E074-32987
chr2218829358218829605E074-32636
chr2218829689218829846E074-32395
chr2218830016218830116E074-32125
chr2218830133218830197E074-32044
chr2218830366218830476E074-31765
chr2218830490218830683E074-31558
chr2218830751218831125E074-31116
chr2218831174218831525E074-30716
chr2218831536218831656E074-30585
chr2218837206218837608E074-24633
chr2218837747218837827E074-24414
chr2218837908218837964E074-24277
chr2218838280218838336E074-23905
chr2218844653218844709E074-17532
chr2218844781218845331E074-16910
chr2218845463218845604E074-16637
chr2218846079218846213E074-16028
chr2218852376218852444E074-9797
chr2218852469218854209E074-8032
chr2218864900218865214E0742659
chr2218876330218876457E07414089
chr2218817821218819636E081-42605
chr2218830366218830476E081-31765
chr2218830490218830683E081-31558
chr2218830751218831125E081-31116
chr2218844653218844709E081-17532
chr2218867361218869418E0815120
chr2218872106218872207E0819865
chr2218873782218873837E08111541
chr2218876330218876457E08114089
chr2218879679218879729E08117438
chr2218879952218880317E08117711
chr2218880568218881028E08118327
chr2218881053218881233E08118812
chr2218881474218881555E08119233
chr2218882002218882048E08119761
chr2218882132218882732E08119891
chr2218887046218887099E08124805
chr2218887196218887246E08124955
chr2218813760218813839E082-48402
chr2218814123218814422E082-47819
chr2218817821218819636E082-42605
chr2218846079218846213E082-16028
chr2218846220218846382E082-15859
chr2218846384218846561E082-15680
chr2218872458218872532E08210217
chr2218872764218873146E08210523
chr2218873182218873710E08210941
chr2218876330218876457E08214089
chr2218879952218880317E08217711
chr2218880568218881028E08218327
chr2218881053218881233E08218812
chr2218884203218884263E08221962
chr2218884307218884631E08222066
chr2218891378218891428E08229137
chr2218891548218891757E08229307
chr2218891804218891858E08229563
chr2218891860218892043E08229619
chr2218892065218892125E08229824
chr2218896412218896775E08234171










Promoter Annotation (GRCh37.p13)

Chromosome Start End Region Distance(-/+:Up/Downstream)
chr2218899244218899691E06737003
chr2218899813218899891E06737572
chr2218843089218843241E068-19000
chr2218843278218844548E068-17693
chr2218866550218866651E0684309
chr2218866794218867297E0684553
chr2218874528218875819E06812287
chr2218899244218899691E06837003
chr2218874400218874485E06912159
chr2218874528218875819E06912287
chr2218899244218899691E06937003
chr2218843089218843241E070-19000
chr2218843278218844548E070-17693
chr2218899244218899691E07037003
chr2218843089218843241E071-19000
chr2218843278218844548E071-17693
chr2218899244218899691E07137003
chr2218899244218899691E07237003
chr2218899813218899891E07237572
chr2218843089218843241E073-19000
chr2218843278218844548E073-17693
chr2218874528218875819E07312287
chr2218843278218844548E074-17693
chr2218874528218875819E07412287
chr2218899244218899691E07437003
chr2218899813218899891E07437572
chr2218843089218843241E082-19000
chr2218843278218844548E082-17693
chr2218874117218874359E08211876
chr2218874400218874485E08212159
chr2218874528218875819E08212287
chr2218899244218899691E08237003