rs1013363

Organism: Homo sapiens

Alleles: C>T

Gene : Feature

None

p-value: Check p-value

Variation Type: SNV (Single Nucleotide Variation)

Frequency:

C==0474 (14165/29842,GnomAD)
T=0488 (14225/29116,TOPMED)
C==0473 (2371/5008,1000G)
C==0455 (1754/3854,ALSPAC)
C==0465 (1723/3708,TWINSUK)

Position: chr2:20663526 (GRCh38.p7) (2p24.1)

Phenotype: CD

Dataset:

GWASdb2

Publications: 1 publication(s)

Genomic View: See rs on genome

Enhancer: 399 Enhancers around

Promoter: 23 Promoters around

Variant Details Frequency Publications p-values eSNP meSNP

Genomic Coordinates

Sequence Name	Change(s)
GRCh38.p7 chr 2	NC_000002.12:g.20663526C>T
GRCh37.p13 chr 2	NC_000002.11:g.20863286C>T

Population Frequency

Study	Population	Group	Sample #	Ref Allele	Alt Allele
1000Genomes	African	Sub	1322	C=0.568	T=0.432
1000Genomes	American	Sub	694	C=0.380	T=0.620
1000Genomes	East Asian	Sub	1008	C=0.435	T=0.565
1000Genomes	Europe	Sub	1006	C=0.476	T=0.524
1000Genomes	Global	Study-wide	5008	C=0.473	T=0.527
1000Genomes	South Asian	Sub	978	C=0.450	T=0.550
The Avon Longitudinal Study of Parents and Children	PARENT AND CHILD COHORT	Study-wide	3854	C=0.455	T=0.545
The Genome Aggregation Database	African	Sub	8682	C=0.554	T=0.446
The Genome Aggregation Database	American	Sub	832	C=0.370	T=0.630
The Genome Aggregation Database	East Asian	Sub	1614	C=0.407	T=0.593
The Genome Aggregation Database	Europe	Sub	18412	C=0.446	T=0.553
The Genome Aggregation Database	Global	Study-wide	29842	C=0.474	T=0.525
The Genome Aggregation Database	Other	Sub	302	C=0.550	T=0.450
Trans-Omics for Precision Medicine	Global	Study-wide	29116	C=0.511	T=0.488
UK 10K study - Twins	TWIN COHORT	Study-wide	3708	C=0.465	T=0.535

PMID	Title	Author	Journal
23958962	Genome-wide association study of cocaine dependence and related traits: FAM53B identified as a risk gene.	Gelernter J	Mol Psychiatry

P-Value

SNP ID	p-value	Traits	Study
rs1013363	0.000208	cocaine dependence	23958962

eQTL of rs1013363 in Brain tissues (GTEx Analysis Release V7)

Position (v37)	eGene	GeneID	Variant	p-value	TSS	Tissue
There is no eQTL annotation for this SNP

meQTL of rs1013363 in Fetal Brain

Probe ID	Position	Gene	beta	p-value
There is no meQTL annotation for this SNP

Genomic View

Chromatin Interaction

There is no significant Hi-C chromatin interaction data for this SNP.

Enhancer Annotation (GRCh37.p13)

Chromosome	Start	End	Region	Distance ( -/+ : Up/Downstream )
chr2	20813384	20813443	E067	-49843
chr2	20813477	20813766	E067	-49520
chr2	20813894	20813944	E067	-49342
chr2	20814003	20814205	E067	-49081
chr2	20814263	20814357	E067	-48929
chr2	20814411	20814886	E067	-48400
chr2	20814998	20815065	E067	-48221
chr2	20815318	20816116	E067	-47170
chr2	20816144	20816202	E067	-47084
chr2	20816207	20816283	E067	-47003
chr2	20816347	20816398	E067	-46888
chr2	20816469	20816552	E067	-46734
chr2	20816659	20816814	E067	-46472
chr2	20816845	20818581	E067	-44705
chr2	20818636	20818783	E067	-44503
chr2	20818822	20818897	E067	-44389
chr2	20818948	20819064	E067	-44222
chr2	20819578	20819647	E067	-43639
chr2	20819845	20819961	E067	-43325
chr2	20820291	20820422	E067	-42864
chr2	20820760	20820855	E067	-42431
chr2	20820999	20821050	E067	-42236
chr2	20821261	20821318	E067	-41968
chr2	20824700	20824754	E067	-38532
chr2	20825395	20825456	E067	-37830
chr2	20825476	20825653	E067	-37633
chr2	20825713	20825879	E067	-37407
chr2	20826032	20826201	E067	-37085
chr2	20826788	20826919	E067	-36367
chr2	20826963	20827015	E067	-36271
chr2	20828424	20828509	E067	-34777
chr2	20828755	20828877	E067	-34409
chr2	20828999	20829080	E067	-34206
chr2	20829137	20829213	E067	-34073
chr2	20829267	20829983	E067	-33303
chr2	20834208	20834495	E067	-28791
chr2	20834520	20834719	E067	-28567
chr2	20834995	20835171	E067	-28115
chr2	20835284	20836106	E067	-27180
chr2	20836194	20836244	E067	-27042
chr2	20840816	20840935	E067	-22351
chr2	20841242	20841737	E067	-21549
chr2	20841830	20842649	E067	-20637
chr2	20842714	20842764	E067	-20522
chr2	20842908	20842992	E067	-20294
chr2	20847047	20847119	E067	-16167
chr2	20847275	20847327	E067	-15959
chr2	20847351	20847401	E067	-15885
chr2	20847549	20847673	E067	-15613
chr2	20847726	20847868	E067	-15418
chr2	20847887	20848374	E067	-14912
chr2	20849228	20849719	E067	-13567
chr2	20813384	20813443	E068	-49843
chr2	20813477	20813766	E068	-49520
chr2	20813894	20813944	E068	-49342
chr2	20814003	20814205	E068	-49081
chr2	20814263	20814357	E068	-48929
chr2	20814411	20814886	E068	-48400
chr2	20814998	20815065	E068	-48221
chr2	20815318	20816116	E068	-47170
chr2	20816144	20816202	E068	-47084
chr2	20816207	20816283	E068	-47003
chr2	20816347	20816398	E068	-46888
chr2	20816469	20816552	E068	-46734
chr2	20816659	20816814	E068	-46472
chr2	20816845	20818581	E068	-44705
chr2	20818636	20818783	E068	-44503
chr2	20818822	20818897	E068	-44389
chr2	20818948	20819064	E068	-44222
chr2	20819214	20819569	E068	-43717
chr2	20819578	20819647	E068	-43639
chr2	20819845	20819961	E068	-43325
chr2	20820291	20820422	E068	-42864
chr2	20820760	20820855	E068	-42431
chr2	20820999	20821050	E068	-42236
chr2	20824700	20824754	E068	-38532
chr2	20825395	20825456	E068	-37830
chr2	20825476	20825653	E068	-37633
chr2	20825713	20825879	E068	-37407
chr2	20826032	20826201	E068	-37085
chr2	20826788	20826919	E068	-36367
chr2	20826963	20827015	E068	-36271
chr2	20827057	20827140	E068	-36146
chr2	20827215	20827298	E068	-35988
chr2	20827382	20827458	E068	-35828
chr2	20828755	20828877	E068	-34409
chr2	20828999	20829080	E068	-34206
chr2	20829137	20829213	E068	-34073
chr2	20829267	20829983	E068	-33303
chr2	20834208	20834495	E068	-28791
chr2	20834520	20834719	E068	-28567
chr2	20834995	20835171	E068	-28115
chr2	20835284	20836106	E068	-27180
chr2	20840506	20840712	E068	-22574
chr2	20840731	20840802	E068	-22484
chr2	20840816	20840935	E068	-22351
chr2	20841242	20841737	E068	-21549
chr2	20841830	20842649	E068	-20637
chr2	20842714	20842764	E068	-20522
chr2	20842908	20842992	E068	-20294
chr2	20846384	20846454	E068	-16832
chr2	20846710	20846754	E068	-16532
chr2	20847047	20847119	E068	-16167
chr2	20847275	20847327	E068	-15959
chr2	20847351	20847401	E068	-15885
chr2	20847549	20847673	E068	-15613
chr2	20847726	20847868	E068	-15418
chr2	20847887	20848374	E068	-14912
chr2	20813384	20813443	E069	-49843
chr2	20813477	20813766	E069	-49520
chr2	20813894	20813944	E069	-49342
chr2	20814003	20814205	E069	-49081
chr2	20814263	20814357	E069	-48929
chr2	20814411	20814886	E069	-48400
chr2	20814998	20815065	E069	-48221
chr2	20815318	20816116	E069	-47170
chr2	20816144	20816202	E069	-47084
chr2	20816207	20816283	E069	-47003
chr2	20816347	20816398	E069	-46888
chr2	20816469	20816552	E069	-46734
chr2	20816659	20816814	E069	-46472
chr2	20816845	20818581	E069	-44705
chr2	20818636	20818783	E069	-44503
chr2	20818822	20818897	E069	-44389
chr2	20818948	20819064	E069	-44222
chr2	20819214	20819569	E069	-43717
chr2	20819578	20819647	E069	-43639
chr2	20819845	20819961	E069	-43325
chr2	20821261	20821318	E069	-41968
chr2	20821466	20821516	E069	-41770
chr2	20824700	20824754	E069	-38532
chr2	20825395	20825456	E069	-37830
chr2	20825476	20825653	E069	-37633
chr2	20825713	20825879	E069	-37407
chr2	20826032	20826201	E069	-37085
chr2	20828755	20828877	E069	-34409
chr2	20828999	20829080	E069	-34206
chr2	20829137	20829213	E069	-34073
chr2	20829267	20829983	E069	-33303
chr2	20834208	20834495	E069	-28791
chr2	20834520	20834719	E069	-28567
chr2	20834995	20835171	E069	-28115
chr2	20835284	20836106	E069	-27180
chr2	20836194	20836244	E069	-27042
chr2	20836427	20836477	E069	-26809
chr2	20836542	20836586	E069	-26700
chr2	20840506	20840712	E069	-22574
chr2	20840731	20840802	E069	-22484
chr2	20840816	20840935	E069	-22351
chr2	20841242	20841737	E069	-21549
chr2	20841830	20842649	E069	-20637
chr2	20842714	20842764	E069	-20522
chr2	20847275	20847327	E069	-15959
chr2	20847351	20847401	E069	-15885
chr2	20847549	20847673	E069	-15613
chr2	20847726	20847868	E069	-15418
chr2	20847887	20848374	E069	-14912
chr2	20814003	20814205	E070	-49081
chr2	20814263	20814357	E070	-48929
chr2	20814411	20814886	E070	-48400
chr2	20816469	20816552	E070	-46734
chr2	20816659	20816814	E070	-46472
chr2	20816845	20818581	E070	-44705
chr2	20828755	20828877	E070	-34409
chr2	20828999	20829080	E070	-34206
chr2	20829137	20829213	E070	-34073
chr2	20829267	20829983	E070	-33303
chr2	20834208	20834495	E070	-28791
chr2	20834520	20834719	E070	-28567
chr2	20834995	20835171	E070	-28115
chr2	20835284	20836106	E070	-27180
chr2	20813384	20813443	E071	-49843
chr2	20813477	20813766	E071	-49520
chr2	20813894	20813944	E071	-49342
chr2	20814003	20814205	E071	-49081
chr2	20814263	20814357	E071	-48929
chr2	20814411	20814886	E071	-48400
chr2	20814998	20815065	E071	-48221
chr2	20815318	20816116	E071	-47170
chr2	20816144	20816202	E071	-47084
chr2	20816207	20816283	E071	-47003
chr2	20816347	20816398	E071	-46888
chr2	20816469	20816552	E071	-46734
chr2	20816659	20816814	E071	-46472
chr2	20816845	20818581	E071	-44705
chr2	20818636	20818783	E071	-44503
chr2	20818822	20818897	E071	-44389
chr2	20818948	20819064	E071	-44222
chr2	20819214	20819569	E071	-43717
chr2	20819578	20819647	E071	-43639
chr2	20819845	20819961	E071	-43325
chr2	20820291	20820422	E071	-42864
chr2	20824700	20824754	E071	-38532
chr2	20825395	20825456	E071	-37830
chr2	20825476	20825653	E071	-37633
chr2	20825713	20825879	E071	-37407
chr2	20826032	20826201	E071	-37085
chr2	20826788	20826919	E071	-36367
chr2	20826963	20827015	E071	-36271
chr2	20827057	20827140	E071	-36146
chr2	20828755	20828877	E071	-34409
chr2	20828999	20829080	E071	-34206
chr2	20829137	20829213	E071	-34073
chr2	20829267	20829983	E071	-33303
chr2	20833523	20834200	E071	-29086
chr2	20834208	20834495	E071	-28791
chr2	20834520	20834719	E071	-28567
chr2	20834995	20835171	E071	-28115
chr2	20835284	20836106	E071	-27180
chr2	20836194	20836244	E071	-27042
chr2	20836427	20836477	E071	-26809
chr2	20836542	20836586	E071	-26700
chr2	20836864	20837201	E071	-26085
chr2	20840731	20840802	E071	-22484
chr2	20840816	20840935	E071	-22351
chr2	20841242	20841737	E071	-21549
chr2	20841830	20842649	E071	-20637
chr2	20842714	20842764	E071	-20522
chr2	20842908	20842992	E071	-20294
chr2	20847047	20847119	E071	-16167
chr2	20847726	20847868	E071	-15418
chr2	20847887	20848374	E071	-14912
chr2	20851665	20851751	E071	-11535
chr2	20813384	20813443	E072	-49843
chr2	20813477	20813766	E072	-49520
chr2	20813894	20813944	E072	-49342
chr2	20814003	20814205	E072	-49081
chr2	20814263	20814357	E072	-48929
chr2	20814411	20814886	E072	-48400
chr2	20814998	20815065	E072	-48221
chr2	20815318	20816116	E072	-47170
chr2	20816144	20816202	E072	-47084
chr2	20816207	20816283	E072	-47003
chr2	20816347	20816398	E072	-46888
chr2	20816469	20816552	E072	-46734
chr2	20816659	20816814	E072	-46472
chr2	20816845	20818581	E072	-44705
chr2	20818636	20818783	E072	-44503
chr2	20818822	20818897	E072	-44389
chr2	20818948	20819064	E072	-44222
chr2	20819214	20819569	E072	-43717
chr2	20819578	20819647	E072	-43639
chr2	20819845	20819961	E072	-43325
chr2	20820291	20820422	E072	-42864
chr2	20820760	20820855	E072	-42431
chr2	20825395	20825456	E072	-37830
chr2	20825476	20825653	E072	-37633
chr2	20825713	20825879	E072	-37407
chr2	20826032	20826201	E072	-37085
chr2	20826788	20826919	E072	-36367
chr2	20826963	20827015	E072	-36271
chr2	20827057	20827140	E072	-36146
chr2	20827215	20827298	E072	-35988
chr2	20827382	20827458	E072	-35828
chr2	20828424	20828509	E072	-34777
chr2	20828755	20828877	E072	-34409
chr2	20828999	20829080	E072	-34206
chr2	20829137	20829213	E072	-34073
chr2	20829267	20829983	E072	-33303
chr2	20833523	20834200	E072	-29086
chr2	20834208	20834495	E072	-28791
chr2	20834520	20834719	E072	-28567
chr2	20834995	20835171	E072	-28115
chr2	20835284	20836106	E072	-27180
chr2	20836194	20836244	E072	-27042
chr2	20840731	20840802	E072	-22484
chr2	20840816	20840935	E072	-22351
chr2	20841242	20841737	E072	-21549
chr2	20841830	20842649	E072	-20637
chr2	20842714	20842764	E072	-20522
chr2	20842908	20842992	E072	-20294
chr2	20847549	20847673	E072	-15613
chr2	20847726	20847868	E072	-15418
chr2	20847887	20848374	E072	-14912
chr2	20813384	20813443	E073	-49843
chr2	20813477	20813766	E073	-49520
chr2	20813894	20813944	E073	-49342
chr2	20814003	20814205	E073	-49081
chr2	20814411	20814886	E073	-48400
chr2	20814998	20815065	E073	-48221
chr2	20815318	20816116	E073	-47170
chr2	20816659	20816814	E073	-46472
chr2	20816845	20818581	E073	-44705
chr2	20818636	20818783	E073	-44503
chr2	20818822	20818897	E073	-44389
chr2	20818948	20819064	E073	-44222
chr2	20819214	20819569	E073	-43717
chr2	20819578	20819647	E073	-43639
chr2	20819845	20819961	E073	-43325
chr2	20820291	20820422	E073	-42864
chr2	20825395	20825456	E073	-37830
chr2	20825476	20825653	E073	-37633
chr2	20825713	20825879	E073	-37407
chr2	20826032	20826201	E073	-37085
chr2	20826788	20826919	E073	-36367
chr2	20826963	20827015	E073	-36271
chr2	20827057	20827140	E073	-36146
chr2	20827215	20827298	E073	-35988
chr2	20829137	20829213	E073	-34073
chr2	20829267	20829983	E073	-33303
chr2	20833523	20834200	E073	-29086
chr2	20834208	20834495	E073	-28791
chr2	20834520	20834719	E073	-28567
chr2	20834995	20835171	E073	-28115
chr2	20835284	20836106	E073	-27180
chr2	20836194	20836244	E073	-27042
chr2	20840506	20840712	E073	-22574
chr2	20840731	20840802	E073	-22484
chr2	20840816	20840935	E073	-22351
chr2	20841242	20841737	E073	-21549
chr2	20841830	20842649	E073	-20637
chr2	20842714	20842764	E073	-20522
chr2	20842908	20842992	E073	-20294
chr2	20847351	20847401	E073	-15885
chr2	20847549	20847673	E073	-15613
chr2	20847726	20847868	E073	-15418
chr2	20847887	20848374	E073	-14912
chr2	20874775	20875102	E073	11489
chr2	20813384	20813443	E074	-49843
chr2	20813477	20813766	E074	-49520
chr2	20813894	20813944	E074	-49342
chr2	20814003	20814205	E074	-49081
chr2	20814263	20814357	E074	-48929
chr2	20814411	20814886	E074	-48400
chr2	20814998	20815065	E074	-48221
chr2	20815318	20816116	E074	-47170
chr2	20816144	20816202	E074	-47084
chr2	20816207	20816283	E074	-47003
chr2	20816347	20816398	E074	-46888
chr2	20816469	20816552	E074	-46734
chr2	20816659	20816814	E074	-46472
chr2	20816845	20818581	E074	-44705
chr2	20818636	20818783	E074	-44503
chr2	20818822	20818897	E074	-44389
chr2	20818948	20819064	E074	-44222
chr2	20819214	20819569	E074	-43717
chr2	20819578	20819647	E074	-43639
chr2	20821261	20821318	E074	-41968
chr2	20821466	20821516	E074	-41770
chr2	20821605	20821689	E074	-41597
chr2	20824700	20824754	E074	-38532
chr2	20825395	20825456	E074	-37830
chr2	20825476	20825653	E074	-37633
chr2	20825713	20825879	E074	-37407
chr2	20826032	20826201	E074	-37085
chr2	20826788	20826919	E074	-36367
chr2	20828424	20828509	E074	-34777
chr2	20828755	20828877	E074	-34409
chr2	20828999	20829080	E074	-34206
chr2	20829137	20829213	E074	-34073
chr2	20829267	20829983	E074	-33303
chr2	20834208	20834495	E074	-28791
chr2	20834520	20834719	E074	-28567
chr2	20834995	20835171	E074	-28115
chr2	20835284	20836106	E074	-27180
chr2	20836194	20836244	E074	-27042
chr2	20836427	20836477	E074	-26809
chr2	20836542	20836586	E074	-26700
chr2	20840506	20840712	E074	-22574
chr2	20840731	20840802	E074	-22484
chr2	20840816	20840935	E074	-22351
chr2	20841242	20841737	E074	-21549
chr2	20841830	20842649	E074	-20637
chr2	20842714	20842764	E074	-20522
chr2	20842908	20842992	E074	-20294
chr2	20847275	20847327	E074	-15959
chr2	20847351	20847401	E074	-15885
chr2	20847549	20847673	E074	-15613
chr2	20847726	20847868	E074	-15418
chr2	20847887	20848374	E074	-14912
chr2	20849228	20849719	E074	-13567
chr2	20851665	20851751	E074	-11535
chr2	20816659	20816814	E081	-46472
chr2	20816845	20818581	E081	-44705
chr2	20828755	20828877	E081	-34409
chr2	20828999	20829080	E081	-34206
chr2	20829137	20829213	E081	-34073
chr2	20829267	20829983	E081	-33303
chr2	20833523	20834200	E081	-29086
chr2	20834208	20834495	E081	-28791
chr2	20834520	20834719	E081	-28567
chr2	20834995	20835171	E081	-28115
chr2	20835284	20836106	E081	-27180
chr2	20836194	20836244	E081	-27042
chr2	20841830	20842649	E081	-20637
chr2	20849228	20849719	E081	-13567
chr2	20851665	20851751	E081	-11535
chr2	20877659	20877715	E081	14373
chr2	20813384	20813443	E082	-49843
chr2	20813477	20813766	E082	-49520
chr2	20816659	20816814	E082	-46472
chr2	20822553	20822871	E082	-40415
chr2	20823071	20823179	E082	-40107
chr2	20829137	20829213	E082	-34073
chr2	20829267	20829983	E082	-33303
chr2	20834208	20834495	E082	-28791
chr2	20834520	20834719	E082	-28567
chr2	20834995	20835171	E082	-28115
chr2	20849228	20849719	E082	-13567

Promoter Annotation (GRCh37.p13)

Chromosome	Start	End	Region	Distance(-/+:Up/Downstream)
chr2	20849720	20851657	E067	-11629
chr2	20865417	20867107	E067	2131
chr2	20867196	20867724	E067	3910
chr2	20849720	20851657	E068	-11629
chr2	20865417	20867107	E068	2131
chr2	20867196	20867724	E068	3910
chr2	20849720	20851657	E069	-11629
chr2	20865417	20867107	E069	2131
chr2	20867196	20867724	E069	3910
chr2	20867798	20867858	E069	4512
chr2	20849720	20851657	E070	-11629
chr2	20867196	20867724	E070	3910
chr2	20849720	20851657	E071	-11629
chr2	20867196	20867724	E071	3910
chr2	20867798	20867858	E071	4512
chr2	20849720	20851657	E072	-11629
chr2	20849720	20851657	E073	-11629
chr2	20867196	20867724	E073	3910
chr2	20849720	20851657	E074	-11629
chr2	20849720	20851657	E081	-11629
chr2	20849720	20851657	E082	-11629
chr2	20865417	20867107	E082	2131
chr2	20867196	20867724	E082	3910