rs11631180

Organism: Homo sapiens

Alleles: T>C

Gene : Feature

None

p-value: Check p-value

Variation Type: SNV (Single Nucleotide Variation)

Frequency:

C=0278 (8316/29918,GnomAD)
C=0270 (7862/29118,TOPMED)
C=0203 (1016/5008,1000G)
C=0321 (1237/3854,ALSPAC)
C=0344 (1276/3708,TWINSUK)

Position: chr15:78082239 (GRCh38.p7) (15q25.1)

Phenotype: ND

Dataset:

GWASdb2

Publications: 1 publication(s)

Genomic View: See rs on genome

Enhancer: 325 Enhancers around

Promoter: 11 Promoters around

Variant Details Frequency Publications p-values eSNP meSNP

Genomic Coordinates

Sequence Name	Change(s)
GRCh38.p7 chr 15	NC_000015.10:g.78082239T>C
GRCh37.p13 chr 15	NC_000015.9:g.78374581T>C

Population Frequency

Study	Population	Group	Sample #	Ref Allele	Alt Allele
1000Genomes	African	Sub	1322	T=0.792	C=0.208
1000Genomes	American	Sub	694	T=0.780	C=0.220
1000Genomes	East Asian	Sub	1008	T=0.957	C=0.043
1000Genomes	Europe	Sub	1006	T=0.654	C=0.346
1000Genomes	Global	Study-wide	5008	T=0.797	C=0.203
1000Genomes	South Asian	Sub	978	T=0.800	C=0.200
The Avon Longitudinal Study of Parents and Children	PARENT AND CHILD COHORT	Study-wide	3854	T=0.679	C=0.321
The Genome Aggregation Database	African	Sub	8700	T=0.773	C=0.227
The Genome Aggregation Database	American	Sub	832	T=0.810	C=0.190
The Genome Aggregation Database	East Asian	Sub	1620	T=0.943	C=0.057
The Genome Aggregation Database	Europe	Sub	18464	T=0.676	C=0.324
The Genome Aggregation Database	Global	Study-wide	29918	T=0.722	C=0.278
The Genome Aggregation Database	Other	Sub	302	T=0.630	C=0.370
Trans-Omics for Precision Medicine	Global	Study-wide	29118	T=0.730	C=0.270
UK 10K study - Twins	TWIN COHORT	Study-wide	3708	T=0.656	C=0.344

PMID	Title	Author	Journal
20158304	A genomewide association study of nicotine and alcohol dependence in Australian and Dutch populations.	Lind PA	Twin Res Hum Genet

P-Value

SNP ID	p-value	Traits	Study
rs11631180	4.26E-06	alcohol and nictotine co-dependence	20158304

eQTL of rs11631180 in Brain tissues (GTEx Analysis Release V7)

Position (v37)	eGene	GeneID	Variant	p-value	TSS	Tissue
There is no eQTL annotation for this SNP

meQTL of rs11631180 in Fetal Brain

Probe ID	Position	Gene	beta	p-value
There is no meQTL annotation for this SNP

Genomic View

Chromatin Interaction

There is no significant Hi-C chromatin interaction data for this SNP.

Enhancer Annotation (GRCh37.p13)

Chromosome	Start	End	Region	Distance ( -/+ : Up/Downstream )
chr15	78326190	78326609	E067	-47972
chr15	78326625	78328722	E067	-45859
chr15	78339056	78339890	E067	-34691
chr15	78339951	78340030	E067	-34551
chr15	78340034	78341178	E067	-33403
chr15	78341179	78341377	E067	-33204
chr15	78341438	78344837	E067	-29744
chr15	78348539	78349675	E067	-24906
chr15	78350758	78350821	E067	-23760
chr15	78350916	78350970	E067	-23611
chr15	78351046	78351130	E067	-23451
chr15	78351174	78352154	E067	-22427
chr15	78355897	78356067	E067	-18514
chr15	78356144	78356763	E067	-17818
chr15	78356797	78357309	E067	-17272
chr15	78357425	78358286	E067	-16295
chr15	78358327	78358941	E067	-15640
chr15	78359025	78359343	E067	-15238
chr15	78359435	78359485	E067	-15096
chr15	78359489	78359566	E067	-15015
chr15	78359650	78362311	E067	-12270
chr15	78362325	78362971	E067	-11610
chr15	78364233	78365696	E067	-8885
chr15	78365762	78365894	E067	-8687
chr15	78367069	78367201	E067	-7380
chr15	78367289	78367508	E067	-7073
chr15	78367577	78367654	E067	-6927
chr15	78326190	78326609	E068	-47972
chr15	78326625	78328722	E068	-45859
chr15	78328810	78328855	E068	-45726
chr15	78328944	78328996	E068	-45585
chr15	78329131	78329190	E068	-45391
chr15	78329239	78329307	E068	-45274
chr15	78329355	78329414	E068	-45167
chr15	78329443	78329592	E068	-44989
chr15	78329630	78329764	E068	-44817
chr15	78329769	78329836	E068	-44745
chr15	78329876	78329926	E068	-44655
chr15	78329995	78330083	E068	-44498
chr15	78330218	78330340	E068	-44241
chr15	78339056	78339890	E068	-34691
chr15	78339951	78340030	E068	-34551
chr15	78340034	78341178	E068	-33403
chr15	78341438	78344837	E068	-29744
chr15	78344865	78345282	E068	-29299
chr15	78345454	78345562	E068	-29019
chr15	78347412	78347586	E068	-26995
chr15	78347723	78348003	E068	-26578
chr15	78348056	78348171	E068	-26410
chr15	78348204	78348281	E068	-26300
chr15	78348380	78348450	E068	-26131
chr15	78348539	78349675	E068	-24906
chr15	78350008	78350391	E068	-24190
chr15	78350576	78350636	E068	-23945
chr15	78350758	78350821	E068	-23760
chr15	78350916	78350970	E068	-23611
chr15	78351046	78351130	E068	-23451
chr15	78351174	78352154	E068	-22427
chr15	78352197	78352293	E068	-22288
chr15	78352302	78352409	E068	-22172
chr15	78352462	78352544	E068	-22037
chr15	78352573	78352628	E068	-21953
chr15	78354979	78355023	E068	-19558
chr15	78355159	78355259	E068	-19322
chr15	78355423	78355627	E068	-18954
chr15	78355691	78355783	E068	-18798
chr15	78355897	78356067	E068	-18514
chr15	78356144	78356763	E068	-17818
chr15	78356797	78357309	E068	-17272
chr15	78357425	78358286	E068	-16295
chr15	78358327	78358941	E068	-15640
chr15	78359025	78359343	E068	-15238
chr15	78359435	78359485	E068	-15096
chr15	78359489	78359566	E068	-15015
chr15	78359650	78362311	E068	-12270
chr15	78364111	78364151	E068	-10430
chr15	78364233	78365696	E068	-8885
chr15	78376130	78376329	E068	1549
chr15	78376393	78377019	E068	1812
chr15	78326625	78328722	E069	-45859
chr15	78330637	78330866	E069	-43715
chr15	78331138	78331235	E069	-43346
chr15	78331259	78331469	E069	-43112
chr15	78339056	78339890	E069	-34691
chr15	78339951	78340030	E069	-34551
chr15	78341438	78344837	E069	-29744
chr15	78344865	78345282	E069	-29299
chr15	78345454	78345562	E069	-29019
chr15	78345602	78345642	E069	-28939
chr15	78345943	78346046	E069	-28535
chr15	78346056	78346258	E069	-28323
chr15	78346269	78346395	E069	-28186
chr15	78347723	78348003	E069	-26578
chr15	78348056	78348171	E069	-26410
chr15	78348204	78348281	E069	-26300
chr15	78348380	78348450	E069	-26131
chr15	78348539	78349675	E069	-24906
chr15	78350008	78350391	E069	-24190
chr15	78350576	78350636	E069	-23945
chr15	78350758	78350821	E069	-23760
chr15	78350916	78350970	E069	-23611
chr15	78351046	78351130	E069	-23451
chr15	78351174	78352154	E069	-22427
chr15	78352197	78352293	E069	-22288
chr15	78352302	78352409	E069	-22172
chr15	78352462	78352544	E069	-22037
chr15	78352573	78352628	E069	-21953
chr15	78356144	78356763	E069	-17818
chr15	78356797	78357309	E069	-17272
chr15	78357425	78358286	E069	-16295
chr15	78358327	78358941	E069	-15640
chr15	78359025	78359343	E069	-15238
chr15	78359435	78359485	E069	-15096
chr15	78359489	78359566	E069	-15015
chr15	78359650	78362311	E069	-12270
chr15	78362325	78362971	E069	-11610
chr15	78364233	78365696	E069	-8885
chr15	78370693	78370833	E069	-3748
chr15	78376393	78377019	E069	1812
chr15	78341179	78341377	E070	-33204
chr15	78354979	78355023	E070	-19558
chr15	78355159	78355259	E070	-19322
chr15	78359650	78362311	E070	-12270
chr15	78376130	78376329	E070	1549
chr15	78326190	78326609	E071	-47972
chr15	78326625	78328722	E071	-45859
chr15	78330348	78330626	E071	-43955
chr15	78330637	78330866	E071	-43715
chr15	78339056	78339890	E071	-34691
chr15	78339951	78340030	E071	-34551
chr15	78340034	78341178	E071	-33403
chr15	78341179	78341377	E071	-33204
chr15	78341438	78344837	E071	-29744
chr15	78344865	78345282	E071	-29299
chr15	78345454	78345562	E071	-29019
chr15	78345602	78345642	E071	-28939
chr15	78345943	78346046	E071	-28535
chr15	78346056	78346258	E071	-28323
chr15	78346269	78346395	E071	-28186
chr15	78346772	78346831	E071	-27750
chr15	78347029	78347095	E071	-27486
chr15	78347155	78347213	E071	-27368
chr15	78347412	78347586	E071	-26995
chr15	78347723	78348003	E071	-26578
chr15	78348056	78348171	E071	-26410
chr15	78348204	78348281	E071	-26300
chr15	78348380	78348450	E071	-26131
chr15	78348539	78349675	E071	-24906
chr15	78350576	78350636	E071	-23945
chr15	78350758	78350821	E071	-23760
chr15	78350916	78350970	E071	-23611
chr15	78351046	78351130	E071	-23451
chr15	78351174	78352154	E071	-22427
chr15	78352197	78352293	E071	-22288
chr15	78352302	78352409	E071	-22172
chr15	78352462	78352544	E071	-22037
chr15	78352573	78352628	E071	-21953
chr15	78352686	78352989	E071	-21592
chr15	78353852	78353902	E071	-20679
chr15	78354063	78354108	E071	-20473
chr15	78354979	78355023	E071	-19558
chr15	78355159	78355259	E071	-19322
chr15	78355423	78355627	E071	-18954
chr15	78355691	78355783	E071	-18798
chr15	78355897	78356067	E071	-18514
chr15	78356144	78356763	E071	-17818
chr15	78356797	78357309	E071	-17272
chr15	78359025	78359343	E071	-15238
chr15	78359435	78359485	E071	-15096
chr15	78359489	78359566	E071	-15015
chr15	78359650	78362311	E071	-12270
chr15	78362325	78362971	E071	-11610
chr15	78363799	78364007	E071	-10574
chr15	78364111	78364151	E071	-10430
chr15	78364233	78365696	E071	-8885
chr15	78370693	78370833	E071	-3748
chr15	78376393	78377019	E071	1812
chr15	78377100	78377243	E071	2519
chr15	78326625	78328722	E072	-45859
chr15	78330637	78330866	E072	-43715
chr15	78331138	78331235	E072	-43346
chr15	78339056	78339890	E072	-34691
chr15	78339951	78340030	E072	-34551
chr15	78340034	78341178	E072	-33403
chr15	78341179	78341377	E072	-33204
chr15	78341438	78344837	E072	-29744
chr15	78347412	78347586	E072	-26995
chr15	78347723	78348003	E072	-26578
chr15	78348056	78348171	E072	-26410
chr15	78348204	78348281	E072	-26300
chr15	78348380	78348450	E072	-26131
chr15	78348539	78349675	E072	-24906
chr15	78351174	78352154	E072	-22427
chr15	78352197	78352293	E072	-22288
chr15	78356797	78357309	E072	-17272
chr15	78357425	78358286	E072	-16295
chr15	78358327	78358941	E072	-15640
chr15	78359025	78359343	E072	-15238
chr15	78359435	78359485	E072	-15096
chr15	78359489	78359566	E072	-15015
chr15	78359650	78362311	E072	-12270
chr15	78362325	78362971	E072	-11610
chr15	78363799	78364007	E072	-10574
chr15	78364111	78364151	E072	-10430
chr15	78364233	78365696	E072	-8885
chr15	78365762	78365894	E072	-8687
chr15	78376393	78377019	E072	1812
chr15	78326625	78328722	E073	-45859
chr15	78331259	78331469	E073	-43112
chr15	78331540	78331956	E073	-42625
chr15	78332281	78332346	E073	-42235
chr15	78332489	78332580	E073	-42001
chr15	78332618	78332672	E073	-41909
chr15	78339056	78339890	E073	-34691
chr15	78339951	78340030	E073	-34551
chr15	78340034	78341178	E073	-33403
chr15	78341179	78341377	E073	-33204
chr15	78341438	78344837	E073	-29744
chr15	78347723	78348003	E073	-26578
chr15	78348056	78348171	E073	-26410
chr15	78348204	78348281	E073	-26300
chr15	78348380	78348450	E073	-26131
chr15	78348539	78349675	E073	-24906
chr15	78350008	78350391	E073	-24190
chr15	78350576	78350636	E073	-23945
chr15	78350758	78350821	E073	-23760
chr15	78350916	78350970	E073	-23611
chr15	78351046	78351130	E073	-23451
chr15	78351174	78352154	E073	-22427
chr15	78352197	78352293	E073	-22288
chr15	78352302	78352409	E073	-22172
chr15	78352462	78352544	E073	-22037
chr15	78352573	78352628	E073	-21953
chr15	78352686	78352989	E073	-21592
chr15	78355159	78355259	E073	-19322
chr15	78355423	78355627	E073	-18954
chr15	78355691	78355783	E073	-18798
chr15	78355897	78356067	E073	-18514
chr15	78356144	78356763	E073	-17818
chr15	78356797	78357309	E073	-17272
chr15	78357425	78358286	E073	-16295
chr15	78358327	78358941	E073	-15640
chr15	78359025	78359343	E073	-15238
chr15	78359435	78359485	E073	-15096
chr15	78359489	78359566	E073	-15015
chr15	78359650	78362311	E073	-12270
chr15	78362325	78362971	E073	-11610
chr15	78364233	78365696	E073	-8885
chr15	78367289	78367508	E073	-7073
chr15	78367577	78367654	E073	-6927
chr15	78326190	78326609	E074	-47972
chr15	78326625	78328722	E074	-45859
chr15	78328810	78328855	E074	-45726
chr15	78328944	78328996	E074	-45585
chr15	78331138	78331235	E074	-43346
chr15	78331259	78331469	E074	-43112
chr15	78339056	78339890	E074	-34691
chr15	78339951	78340030	E074	-34551
chr15	78340034	78341178	E074	-33403
chr15	78341179	78341377	E074	-33204
chr15	78341438	78344837	E074	-29744
chr15	78344865	78345282	E074	-29299
chr15	78346772	78346831	E074	-27750
chr15	78347029	78347095	E074	-27486
chr15	78347155	78347213	E074	-27368
chr15	78347412	78347586	E074	-26995
chr15	78347723	78348003	E074	-26578
chr15	78348056	78348171	E074	-26410
chr15	78348204	78348281	E074	-26300
chr15	78348380	78348450	E074	-26131
chr15	78348539	78349675	E074	-24906
chr15	78350008	78350391	E074	-24190
chr15	78350576	78350636	E074	-23945
chr15	78350758	78350821	E074	-23760
chr15	78350916	78350970	E074	-23611
chr15	78351046	78351130	E074	-23451
chr15	78351174	78352154	E074	-22427
chr15	78352197	78352293	E074	-22288
chr15	78352302	78352409	E074	-22172
chr15	78352462	78352544	E074	-22037
chr15	78352573	78352628	E074	-21953
chr15	78352686	78352989	E074	-21592
chr15	78355159	78355259	E074	-19322
chr15	78355423	78355627	E074	-18954
chr15	78355691	78355783	E074	-18798
chr15	78355897	78356067	E074	-18514
chr15	78356144	78356763	E074	-17818
chr15	78356797	78357309	E074	-17272
chr15	78357425	78358286	E074	-16295
chr15	78358327	78358941	E074	-15640
chr15	78359025	78359343	E074	-15238
chr15	78359435	78359485	E074	-15096
chr15	78359489	78359566	E074	-15015
chr15	78359650	78362311	E074	-12270
chr15	78362325	78362971	E074	-11610
chr15	78363196	78363263	E074	-11318
chr15	78364233	78365696	E074	-8885
chr15	78365762	78365894	E074	-8687
chr15	78365956	78366054	E074	-8527
chr15	78341438	78344837	E081	-29744
chr15	78347723	78348003	E081	-26578
chr15	78348056	78348171	E081	-26410
chr15	78348204	78348281	E081	-26300
chr15	78348380	78348450	E081	-26131
chr15	78354979	78355023	E081	-19558
chr15	78355159	78355259	E081	-19322
chr15	78355423	78355627	E081	-18954
chr15	78359650	78362311	E081	-12270
chr15	78365762	78365894	E081	-8687
chr15	78376130	78376329	E081	1549
chr15	78376393	78377019	E081	1812
chr15	78377100	78377243	E081	2519
chr15	78377905	78378054	E081	3324
chr15	78378081	78378150	E081	3500
chr15	78378357	78378549	E081	3776
chr15	78378621	78378707	E081	4040
chr15	78378823	78378871	E081	4242
chr15	78378962	78379176	E081	4381
chr15	78379177	78379227	E081	4596
chr15	78336535	78337219	E082	-37362
chr15	78341438	78344837	E082	-29744
chr15	78359650	78362311	E082	-12270
chr15	78376130	78376329	E082	1549
chr15	78376393	78377019	E082	1812
chr15	78377100	78377243	E082	2519

Promoter Annotation (GRCh37.p13)

Chromosome	Start	End	Region	Distance(-/+:Up/Downstream)
chr15	78368907	78370666	E067	-3915
chr15	78405354	78405893	E067	30773
chr15	78368907	78370666	E068	-3915
chr15	78405354	78405893	E068	30773
chr15	78368907	78370666	E069	-3915
chr15	78368907	78370666	E070	-3915
chr15	78368907	78370666	E071	-3915
chr15	78368907	78370666	E072	-3915
chr15	78368907	78370666	E073	-3915
chr15	78368907	78370666	E074	-3915
chr15	78368907	78370666	E082	-3915