rs12925472

Homo sapiens
C>T
ZCCHC14 : Intron Variant
Check p-value
SNV (Single Nucleotide Variation)
T=0147 (4418/29910,GnomAD)
T=0134 (3912/29118,TOPMED)
T=0218 (1092/5008,1000G)
T=0121 (465/3854,ALSPAC)
T=0119 (443/3708,TWINSUK)
chr16:87447426 (GRCh38.p7) (16q24.2)
ND
GWASdb2
1   publication(s)
See rs on genome

Genomic Coordinates

Sequence Name Change(s)
GRCh38.p7 chr 16NC_000016.10:g.87447426C>T
GRCh37.p13 chr 16NC_000016.9:g.87481032C>T

Gene: ZCCHC14, zinc finger CCHC-type containing 14(minus strand)

Molecule type Change Amino acid[Codon] SO Term
ZCCHC14 transcriptNM_015144.2:c.N/AIntron Variant
ZCCHC14 transcript variant X1XM_005255858.3:c.N/AIntron Variant
ZCCHC14 transcript variant X4XM_011522964.2:c.N/AIntron Variant
ZCCHC14 transcript variant X3XM_017023082.1:c.N/AIntron Variant
ZCCHC14 transcript variant X2XR_243401.3:n.N/AIntron Variant

Population Frequency

Study Population Group Sample # Ref Allele Alt Allele
1000GenomesAfricanSub1322C=0.890T=0.110
1000GenomesAmericanSub694C=0.670T=0.330
1000GenomesEast AsianSub1008C=0.554T=0.446
1000GenomesEuropeSub1006C=0.870T=0.130
1000GenomesGlobalStudy-wide5008C=0.782T=0.218
1000GenomesSouth AsianSub978C=0.860T=0.140
The Avon Longitudinal Study of Parents and ChildrenPARENT AND CHILD COHORTStudy-wide3854C=0.879T=0.121
The Genome Aggregation DatabaseAfricanSub8714C=0.885T=0.115
The Genome Aggregation DatabaseAmericanSub836C=0.650T=0.350
The Genome Aggregation DatabaseEast AsianSub1604C=0.550T=0.450
The Genome Aggregation DatabaseEuropeSub18454C=0.872T=0.127
The Genome Aggregation DatabaseGlobalStudy-wide29910C=0.852T=0.147
The Genome Aggregation DatabaseOtherSub302C=0.850T=0.150
Trans-Omics for Precision MedicineGlobalStudy-wide29118C=0.865T=0.134
UK 10K study - TwinsTWIN COHORTStudy-wide3708C=0.881T=0.119
PMID Title Author Journal
22377092ANAPC1 and SLCO3A1 are associated with nicotine dependence: meta-analysis of genome-wide association studies.Wang KSDrug Alcohol Depend

P-Value

SNP ID p-value Traits Study
rs129254720.00025nicotine dependence (smoking)22377092

eQTL of rs12925472 in Brain tissues (GTEx Analysis Release V7)

Position (v37) eGene GeneID Variant p-value TSS Tissue
There is no eQTL annotation for this SNP

meQTL of rs12925472 in Fetal Brain

Probe ID Position Gene beta p-value
There is no meQTL annotation for this SNP

Genomic View

Chromatin Interaction

There is no significant Hi-C chromatin interaction data for this SNP.

Enhancer Annotation (GRCh37.p13)

Chromosome Start End Region Distance ( -/+ : Up/Downstream )
chr168746826687468306E067-12726
chr168746882787468877E067-12155
chr168746893387470319E067-10713
chr168747037587470601E067-10431
chr168749464787494702E06713615
chr168749472887494891E06713696
chr168749492787495666E06713895
chr168749670787496808E06715675
chr168749688587496935E06715853
chr168749701587497069E06715983
chr168749735787499382E06716325
chr168749950387499877E06718471
chr168749991387500113E06718881
chr168750022487500472E06719192
chr168750050487500620E06719472
chr168750340587503556E06722373
chr168750394087504017E06722908
chr168750402887504110E06722996
chr168750411487504232E06723082
chr168750429487504388E06723262
chr168750485587505216E06723823
chr168750523387505591E06724201
chr168750570187505786E06724669
chr168750596587506043E06724933
chr168750931287509634E06728280
chr168750964887509725E06728616
chr168750973587509872E06728703
chr168751092987511529E06729897
chr168751454687514606E06733514
chr168751464987514699E06733617
chr168751862987518708E06737597
chr168751932787519367E06738295
chr168751942487519590E06738392
chr168751964587519742E06738613
chr168751979087519831E06738758
chr168751995987520035E06738927
chr168752004787520148E06739015
chr168752033487520459E06739302
chr168752048987520775E06739457
chr168745770687457756E068-23276
chr168745800187458072E068-22960
chr168745807487458218E068-22814
chr168745822587458357E068-22675
chr168745838787458437E068-22595
chr168745846087458511E068-22521
chr168746882787468877E068-12155
chr168746893387470319E068-10713
chr168747037587470601E068-10431
chr168749492787495666E06813895
chr168749735787499382E06816325
chr168749950387499877E06818471
chr168749991387500113E06818881
chr168750228087502410E06821248
chr168750248187502597E06821449
chr168750285187502999E06821819
chr168750340587503556E06822373
chr168750485587505216E06823823
chr168750523387505591E06824201
chr168750570187505786E06824669
chr168750596587506043E06824933
chr168750623087506290E06825198
chr168750931287509634E06828280
chr168750964887509725E06828616
chr168750973587509872E06828703
chr168751039487510476E06829362
chr168751066987510752E06829637
chr168751084787510902E06829815
chr168751092987511529E06829897
chr168751180987511880E06830777
chr168751454687514606E06833514
chr168751464987514699E06833617
chr168751477887514822E06833746
chr168751795987518365E06836927
chr168751837087518589E06837338
chr168751862987518708E06837597
chr168751873087518848E06837698
chr168751932787519367E06838295
chr168751942487519590E06838392
chr168751964587519742E06838613
chr168751979087519831E06838758
chr168751995987520035E06838927
chr168752004787520148E06839015
chr168752033487520459E06839302
chr168752172687521803E06840694
chr168752193487521997E06840902
chr168752203787522097E06841005
chr168745800187458072E069-22960
chr168745807487458218E069-22814
chr168745822587458357E069-22675
chr168745838787458437E069-22595
chr168746049587460644E069-20388
chr168746065687460759E069-20273
chr168746084987461000E069-20032
chr168746738087467445E069-13587
chr168746882787468877E069-12155
chr168746893387470319E069-10713
chr168747037587470601E069-10431
chr168749735787499382E06916325
chr168749950387499877E06918471
chr168749991387500113E06918881
chr168750022487500472E06919192
chr168750285187502999E06921819
chr168750340587503556E06922373
chr168750931287509634E06928280
chr168750964887509725E06928616
chr168750973587509872E06928703
chr168751092987511529E06929897
chr168751942487519590E06938392
chr168751964587519742E06938613
chr168751979087519831E06938758
chr168751995987520035E06938927
chr168752004787520148E06939015
chr168752033487520459E06939302
chr168752048987520775E06939457
chr168751084787510902E07029815
chr168751092987511529E07029897
chr168751995987520035E07038927
chr168752004787520148E07039015
chr168752033487520459E07039302
chr168752048987520775E07039457
chr168752193487521997E07040902
chr168752242687522486E07041394
chr168752261287522874E07041580
chr168752762187527759E07046589
chr168746826687468306E071-12726
chr168746882787468877E071-12155
chr168746893387470319E071-10713
chr168747037587470601E071-10431
chr168747104287471118E071-9914
chr168749472887494891E07113696
chr168749492787495666E07113895
chr168749735787499382E07116325
chr168749950387499877E07118471
chr168749991387500113E07118881
chr168750022487500472E07119192
chr168750228087502410E07121248
chr168750248187502597E07121449
chr168750285187502999E07121819
chr168750340587503556E07122373
chr168750394087504017E07122908
chr168750402887504110E07122996
chr168750411487504232E07123082
chr168750429487504388E07123262
chr168750465787504701E07123625
chr168750485587505216E07123823
chr168750523387505591E07124201
chr168750570187505786E07124669
chr168750596587506043E07124933
chr168750842587508831E07127393
chr168750931287509634E07128280
chr168750964887509725E07128616
chr168750973587509872E07128703
chr168751039487510476E07129362
chr168751066987510752E07129637
chr168751084787510902E07129815
chr168751454687514606E07133514
chr168751464987514699E07133617
chr168751477887514822E07133746
chr168751490987514982E07133877
chr168751795987518365E07136927
chr168751837087518589E07137338
chr168751942487519590E07138392
chr168751964587519742E07138613
chr168751979087519831E07138758
chr168751995987520035E07138927
chr168752004787520148E07139015
chr168752033487520459E07139302
chr168752048987520775E07139457
chr168752172687521803E07140694
chr168752193487521997E07140902
chr168752203787522097E07141005
chr168752226987522309E07141237
chr168752242687522486E07141394
chr168752261287522874E07141580
chr168744600087446054E072-34978
chr168744610687446165E072-34867
chr168744637187446443E072-34589
chr168746826687468306E072-12726
chr168746882787468877E072-12155
chr168746893387470319E072-10713
chr168749464787494702E07213615
chr168749472887494891E07213696
chr168749492787495666E07213895
chr168749735787499382E07216325
chr168749950387499877E07218471
chr168749991387500113E07218881
chr168750022487500472E07219192
chr168750050487500620E07219472
chr168750083287501102E07219800
chr168750112587501169E07220093
chr168750285187502999E07221819
chr168750340587503556E07222373
chr168750394087504017E07222908
chr168750402887504110E07222996
chr168750931287509634E07228280
chr168750964887509725E07228616
chr168750973587509872E07228703
chr168751039487510476E07229362
chr168751066987510752E07229637
chr168751084787510902E07229815
chr168751092987511529E07229897
chr168751454687514606E07233514
chr168751464987514699E07233617
chr168751477887514822E07233746
chr168751964587519742E07238613
chr168751979087519831E07238758
chr168751995987520035E07238927
chr168752004787520148E07239015
chr168752033487520459E07239302
chr168752048987520775E07239457
chr168744506487445204E073-35828
chr168744531687445366E073-35666
chr168744569987445755E073-35277
chr168744579787445855E073-35177
chr168744600087446054E073-34978
chr168744610687446165E073-34867
chr168745800187458072E073-22960
chr168745807487458218E073-22814
chr168745822587458357E073-22675
chr168745838787458437E073-22595
chr168745846087458511E073-22521
chr168745877687458826E073-22206
chr168746019487460331E073-20701
chr168746515487466019E073-15013
chr168746612287466210E073-14822
chr168746826687468306E073-12726
chr168746882787468877E073-12155
chr168746893387470319E073-10713
chr168747037587470601E073-10431
chr168749464787494702E07313615
chr168749472887494891E07313696
chr168749492787495666E07313895
chr168749670787496808E07315675
chr168749688587496935E07315853
chr168749701587497069E07315983
chr168749735787499382E07316325
chr168749950387499877E07318471
chr168749991387500113E07318881
chr168750022487500472E07319192
chr168750050487500620E07319472
chr168750228087502410E07321248
chr168750248187502597E07321449
chr168750285187502999E07321819
chr168750340587503556E07322373
chr168750394087504017E07322908
chr168750402887504110E07322996
chr168750411487504232E07323082
chr168750523387505591E07324201
chr168750931287509634E07328280
chr168750964887509725E07328616
chr168750973587509872E07328703
chr168751039487510476E07329362
chr168751066987510752E07329637
chr168751084787510902E07329815
chr168751092987511529E07329897
chr168751784487517898E07336812
chr168751795987518365E07336927
chr168751837087518589E07337338
chr168751862987518708E07337597
chr168751873087518848E07337698
chr168751932787519367E07338295
chr168751942487519590E07338392
chr168751964587519742E07338613
chr168751979087519831E07338758
chr168751995987520035E07338927
chr168752172687521803E07340694
chr168752193487521997E07340902
chr168752203787522097E07341005
chr168752226987522309E07341237
chr168752242687522486E07341394
chr168752261287522874E07341580
chr168746882787468877E074-12155
chr168746893387470319E074-10713
chr168747037587470601E074-10431
chr168749735787499382E07416325
chr168749950387499877E07418471
chr168749991387500113E07418881
chr168750022487500472E07419192
chr168750050487500620E07419472
chr168750931287509634E07428280
chr168750964887509725E07428616
chr168750973587509872E07428703
chr168751039487510476E07429362
chr168751066987510752E07429637
chr168751084787510902E07429815
chr168751092987511529E07429897
chr168751795987518365E07436927
chr168751837087518589E07437338
chr168751942487519590E07438392
chr168751964587519742E07438613
chr168751979087519831E07438758
chr168751995987520035E07438927
chr168752004787520148E07439015
chr168752033487520459E07439302
chr168752048987520775E07439457
chr168752172687521803E07440694
chr168752193487521997E07440902
chr168752203787522097E07441005
chr168752226987522309E07441237
chr168752242687522486E07441394
chr168752261287522874E07441580
chr168748836587488415E0817333
chr168748846787488511E0817435
chr168748899087489040E0817958
chr168750931287509634E08128280
chr168750964887509725E08128616
chr168750973587509872E08128703
chr168751039487510476E08129362
chr168751066987510752E08129637
chr168751084787510902E08129815
chr168751092987511529E08129897
chr168751581887516128E08134786
chr168751674487516784E08135712
chr168751719787517475E08136165
chr168751767387517723E08136641
chr168751784487517898E08136812
chr168751795987518365E08136927
chr168751837087518589E08137338
chr168751862987518708E08137597
chr168751873087518848E08137698
chr168751932787519367E08138295
chr168751942487519590E08138392
chr168751964587519742E08138613
chr168751979087519831E08138758
chr168751995987520035E08138927
chr168752004787520148E08139015
chr168752033487520459E08139302
chr168752048987520775E08139457
chr168752172687521803E08140694
chr168752193487521997E08140902
chr168752203787522097E08141005
chr168752226987522309E08141237
chr168752242687522486E08141394
chr168752261287522874E08141580
chr168752762187527759E08146589
chr168748937387489868E0828341
chr168751964587519742E08238613
chr168751979087519831E08238758
chr168751995987520035E08238927
chr168752004787520148E08239015










Promoter Annotation (GRCh37.p13)

Chromosome Start End Region Distance(-/+:Up/Downstream)
chr168752394587524785E06742913
chr168752531987525586E06744287
chr168752567687525886E06744644
chr168752629787527176E06745265
chr168752394587524785E06842913
chr168752531987525586E06844287
chr168752567687525886E06844644
chr168752394587524785E06942913
chr168752531987525586E06944287
chr168752567687525886E06944644
chr168752597287526113E06944940
chr168752611587526170E06945083
chr168752617187526248E06945139
chr168752629787527176E06945265
chr168752394587524785E07042913
chr168752531987525586E07044287
chr168752567687525886E07044644
chr168752597287526113E07044940
chr168752611587526170E07045083
chr168752617187526248E07045139
chr168752629787527176E07045265
chr168752394587524785E07142913
chr168752531987525586E07144287
chr168752567687525886E07144644
chr168752394587524785E07242913
chr168752531987525586E07244287
chr168752567687525886E07244644
chr168752597287526113E07244940
chr168752611587526170E07245083
chr168752617187526248E07245139
chr168752629787527176E07245265
chr168752394587524785E07342913
chr168752531987525586E07344287
chr168752567687525886E07344644
chr168752394587524785E07442913
chr168752531987525586E07444287
chr168752567687525886E07444644
chr168752394587524785E08242913
chr168752531987525586E08244287
chr168752567687525886E08244644
chr168752597287526113E08244940
chr168752611587526170E08245083
chr168752617187526248E08245139
chr168752629787527176E08245265