rs154576

Homo sapiens
G>A
SEMA6A : Intron Variant
Check p-value
SNV (Single Nucleotide Variation)
G==0346 (10370/29920,GnomAD)
G==0395 (11508/29118,TOPMED)
G==0293 (1467/5008,1000G)
G==0252 (970/3854,ALSPAC)
G==0245 (908/3708,TWINSUK)
chr5:116525936 (GRCh38.p7) (5q23.1)
AD
GWASdb2
1   publication(s)
See rs on genome
3 Promoters around

Genomic Coordinates

Sequence Name Change(s)
GRCh38.p7 chr 5NC_000005.10:g.116525936G>A
GRCh37.p13 chr 5NC_000005.9:g.115861632G>A

Gene: SEMA6A, semaphorin 6A(minus strand)

Molecule type Change Amino acid[Codon] SO Term
SEMA6A transcript variant 1NM_001300780.1:c.N/AIntron Variant
SEMA6A transcript variant 2NM_020796.4:c.N/AIntron Variant
SEMA6A transcript variant X3XM_005272042.3:c.N/AIntron Variant
SEMA6A transcript variant X1XM_006714663.1:c.N/AIntron Variant
SEMA6A transcript variant X3XM_017009675.1:c.N/AIntron Variant
SEMA6A transcript variant X4XM_017009676.1:c.N/AGenic Upstream Transcript Variant

Population Frequency

Study Population Group Sample # Ref Allele Alt Allele
1000GenomesAfricanSub1322G=0.657A=0.343
1000GenomesAmericanSub694G=0.230A=0.770
1000GenomesEast AsianSub1008G=0.013A=0.987
1000GenomesEuropeSub1006G=0.268A=0.732
1000GenomesGlobalStudy-wide5008G=0.293A=0.707
1000GenomesSouth AsianSub978G=0.160A=0.840
The Avon Longitudinal Study of Parents and ChildrenPARENT AND CHILD COHORTStudy-wide3854G=0.252A=0.748
The Genome Aggregation DatabaseAfricanSub8706G=0.617A=0.383
The Genome Aggregation DatabaseAmericanSub836G=0.200A=0.800
The Genome Aggregation DatabaseEast AsianSub1616G=0.009A=0.991
The Genome Aggregation DatabaseEuropeSub18462G=0.257A=0.742
The Genome Aggregation DatabaseGlobalStudy-wide29920G=0.346A=0.653
The Genome Aggregation DatabaseOtherSub300G=0.210A=0.790
Trans-Omics for Precision MedicineGlobalStudy-wide29118G=0.395A=0.604
UK 10K study - TwinsTWIN COHORTStudy-wide3708G=0.245A=0.755
PMID Title Author Journal
21956439Genome-wide association study of alcohol dependence implicates KIAA0040 on chromosome 1q.Zuo LNeuropsychopharmacology

P-Value

SNP ID p-value Traits Study
rs1545767E-06alcohol dependence21956439

eQTL of rs154576 in Brain tissues (GTEx Analysis Release V7)

Position (v37) eGene GeneID Variant p-value TSS Tissue
There is no eQTL annotation for this SNP

meQTL of rs154576 in Fetal Brain

Probe ID Position Gene beta p-value
There is no meQTL annotation for this SNP

Genomic View

Chromatin Interaction

There is no significant Hi-C chromatin interaction data for this SNP.

Enhancer Annotation (GRCh37.p13)

Chromosome Start End Region Distance ( -/+ : Up/Downstream )
chr5115816020115816267E067-45365
chr5115827333115827687E067-33945
chr5115827701115828396E067-33236
chr5115833359115833572E067-28060
chr5115833713115833825E067-27807
chr5115834172115834656E067-26976
chr5115834715115834817E067-26815
chr5115837966115838231E067-23401
chr5115838325115838752E067-22880
chr5115842687115843009E067-18623
chr5115843039115843319E067-18313
chr5115844466115844553E067-17079
chr5115845230115845280E067-16352
chr5115845339115845414E067-16218
chr5115845527115845851E067-15781
chr5115846362115846625E067-15007
chr5115846687115846747E067-14885
chr5115847324115847427E067-14205
chr5115847520115847570E067-14062
chr5115850304115850468E067-11164
chr5115851577115851667E067-9965
chr5115851732115851829E067-9803
chr5115852547115852627E067-9005
chr5115853048115853130E067-8502
chr5115853179115853659E067-7973
chr5115854251115854412E067-7220
chr5115854420115854554E067-7078
chr5115854562115854644E067-6988
chr5115854720115854896E067-6736
chr5115856840115857899E067-3733
chr5115857969115858124E067-3508
chr5115858262115858312E067-3320
chr5115864064115864850E0672432
chr5115864936115864986E0673304
chr5115865033115865136E0673401
chr5115865457115865676E0673825
chr5115865964115866433E0674332
chr5115868325115868375E0676693
chr5115868477115869209E0676845
chr5115870104115870230E0678472
chr5115870270115870364E0678638
chr5115870418115870502E0678786
chr5115870754115871392E0679122
chr5115871522115871614E0679890
chr5115871695115871813E06710063
chr5115872609115872779E06710977
chr5115872795115872994E06711163
chr5115874998115875210E06713366
chr5115876034115876084E06714402
chr5115876391115876690E06714759
chr5115883844115884220E06722212
chr5115886142115886341E06724510
chr5115886613115886694E06724981
chr5115890001115890118E06728369
chr5115890374115890424E06728742
chr5115890454115890828E06728822
chr5115891062115891130E06729430
chr5115894876115895304E06733244
chr5115895395115895984E06733763
chr5115897028115897088E06735396
chr5115897153115897203E06735521
chr5115899635115899716E06738003
chr5115900127115900307E06738495
chr5115900608115900774E06738976
chr5115900835115900936E06739203
chr5115900953115901164E06739321
chr5115901247115901349E06739615
chr5115901484115901656E06739852
chr5115901857115901937E06740225
chr5115902010115902451E06740378
chr5115902895115903094E06741263
chr5115903186115903236E06741554
chr5115903401115903450E06741769
chr5115905070115905158E06743438
chr5115905787115905953E06744155
chr5115906169115906420E06744537
chr5115906666115906712E06745034
chr5115906795115906859E06745163
chr5115816020115816267E068-45365
chr5115827333115827687E068-33945
chr5115827701115828396E068-33236
chr5115828479115828976E068-32656
chr5115830211115830379E068-31253
chr5115833359115833572E068-28060
chr5115833713115833825E068-27807
chr5115834172115834656E068-26976
chr5115834715115834817E068-26815
chr5115838325115838752E068-22880
chr5115842263115842437E068-19195
chr5115842687115843009E068-18623
chr5115843039115843319E068-18313
chr5115843787115843861E068-17771
chr5115843993115844184E068-17448
chr5115844466115844553E068-17079
chr5115845230115845280E068-16352
chr5115845339115845414E068-16218
chr5115845527115845851E068-15781
chr5115850173115850278E068-11354
chr5115850304115850468E068-11164
chr5115851732115851829E068-9803
chr5115852547115852627E068-9005
chr5115853048115853130E068-8502
chr5115853179115853659E068-7973
chr5115854251115854412E068-7220
chr5115854420115854554E068-7078
chr5115854562115854644E068-6988
chr5115854720115854896E068-6736
chr5115856517115856765E068-4867
chr5115859935115860887E068-745
chr5115863167115863834E0681535
chr5115864936115864986E0683304
chr5115865033115865136E0683401
chr5115865457115865676E0683825
chr5115868477115869209E0686845
chr5115870104115870230E0688472
chr5115870270115870364E0688638
chr5115870418115870502E0688786
chr5115870754115871392E0689122
chr5115871522115871614E0689890
chr5115871695115871813E06810063
chr5115874998115875210E06813366
chr5115876034115876084E06814402
chr5115876391115876690E06814759
chr5115883289115883397E06821657
chr5115883444115883566E06821812
chr5115885466115885516E06823834
chr5115885589115885663E06823957
chr5115886142115886341E06824510
chr5115886613115886694E06824981
chr5115889041115889556E06827409
chr5115890001115890118E06828369
chr5115890374115890424E06828742
chr5115891062115891130E06829430
chr5115893476115893633E06831844
chr5115893698115893748E06832066
chr5115894876115895304E06833244
chr5115895395115895984E06833763
chr5115897153115897203E06835521
chr5115897436115897602E06835804
chr5115899635115899716E06838003
chr5115901247115901349E06839615
chr5115901484115901656E06839852
chr5115901857115901937E06840225
chr5115902010115902451E06840378
chr5115904314115904395E06842682
chr5115904650115904894E06843018
chr5115905070115905158E06843438
chr5115905787115905953E06844155
chr5115906169115906420E06844537
chr5115906666115906712E06845034
chr5115906795115906859E06845163
chr5115816020115816267E069-45365
chr5115822433115822577E069-39055
chr5115822851115823032E069-38600
chr5115827333115827687E069-33945
chr5115827701115828396E069-33236
chr5115828479115828976E069-32656
chr5115829839115829906E069-31726
chr5115833359115833572E069-28060
chr5115833713115833825E069-27807
chr5115834172115834656E069-26976
chr5115834715115834817E069-26815
chr5115837966115838231E069-23401
chr5115838325115838752E069-22880
chr5115841451115841831E069-19801
chr5115842263115842437E069-19195
chr5115842687115843009E069-18623
chr5115843039115843319E069-18313
chr5115844466115844553E069-17079
chr5115845230115845280E069-16352
chr5115845339115845414E069-16218
chr5115845527115845851E069-15781
chr5115850173115850278E069-11354
chr5115850304115850468E069-11164
chr5115851300115851446E069-10186
chr5115851577115851667E069-9965
chr5115851732115851829E069-9803
chr5115852547115852627E069-9005
chr5115853048115853130E069-8502
chr5115853179115853659E069-7973
chr5115854251115854412E069-7220
chr5115854420115854554E069-7078
chr5115854562115854644E069-6988
chr5115854720115854896E069-6736
chr5115856517115856765E069-4867
chr5115856840115857899E069-3733
chr5115859935115860887E069-745
chr5115862464115862631E069832
chr5115863167115863834E0691535
chr5115864936115864986E0693304
chr5115865033115865136E0693401
chr5115865457115865676E0693825
chr5115868477115869209E0696845
chr5115870104115870230E0698472
chr5115870270115870364E0698638
chr5115870418115870502E0698786
chr5115870754115871392E0699122
chr5115871522115871614E0699890
chr5115871695115871813E06910063
chr5115874998115875210E06913366
chr5115876034115876084E06914402
chr5115876391115876690E06914759
chr5115877067115877263E06915435
chr5115882371115882820E06920739
chr5115883844115884220E06922212
chr5115885466115885516E06923834
chr5115885589115885663E06923957
chr5115886142115886341E06924510
chr5115886613115886694E06924981
chr5115889041115889556E06927409
chr5115890001115890118E06928369
chr5115890374115890424E06928742
chr5115890454115890828E06928822
chr5115891062115891130E06929430
chr5115894876115895304E06933244
chr5115895395115895984E06933763
chr5115896475115896577E06934843
chr5115897028115897088E06935396
chr5115897153115897203E06935521
chr5115897436115897602E06935804
chr5115899635115899716E06938003
chr5115900127115900307E06938495
chr5115900608115900774E06938976
chr5115901247115901349E06939615
chr5115901484115901656E06939852
chr5115903401115903450E06941769
chr5115904314115904395E06942682
chr5115904650115904894E06943018
chr5115905070115905158E06943438
chr5115905787115905953E06944155
chr5115906169115906420E06944537
chr5115906666115906712E06945034
chr5115906795115906859E06945163
chr5115827333115827687E070-33945
chr5115833359115833572E070-28060
chr5115833713115833825E070-27807
chr5115834172115834656E070-26976
chr5115834715115834817E070-26815
chr5115841451115841831E070-19801
chr5115842263115842437E070-19195
chr5115842687115843009E070-18623
chr5115843039115843319E070-18313
chr5115864936115864986E0703304
chr5115865033115865136E0703401
chr5115871522115871614E0709890
chr5115871695115871813E07010063
chr5115872609115872779E07010977
chr5115872795115872994E07011163
chr5115889041115889556E07027409
chr5115890374115890424E07028742
chr5115890454115890828E07028822
chr5115899635115899716E07038003
chr5115816020115816267E071-45365
chr5115822433115822577E071-39055
chr5115822851115823032E071-38600
chr5115824015115824320E071-37312
chr5115826927115827030E071-34602
chr5115827333115827687E071-33945
chr5115827701115828396E071-33236
chr5115828479115828976E071-32656
chr5115833359115833572E071-28060
chr5115833713115833825E071-27807
chr5115834172115834656E071-26976
chr5115837966115838231E071-23401
chr5115838325115838752E071-22880
chr5115841451115841831E071-19801
chr5115842263115842437E071-19195
chr5115842687115843009E071-18623
chr5115843039115843319E071-18313
chr5115845230115845280E071-16352
chr5115845339115845414E071-16218
chr5115845527115845851E071-15781
chr5115846362115846625E071-15007
chr5115846687115846747E071-14885
chr5115847324115847427E071-14205
chr5115847520115847570E071-14062
chr5115847691115847760E071-13872
chr5115850304115850468E071-11164
chr5115851300115851446E071-10186
chr5115851577115851667E071-9965
chr5115851732115851829E071-9803
chr5115853179115853659E071-7973
chr5115854251115854412E071-7220
chr5115854420115854554E071-7078
chr5115854562115854644E071-6988
chr5115854720115854896E071-6736
chr5115856517115856765E071-4867
chr5115856840115857899E071-3733
chr5115857969115858124E071-3508
chr5115858262115858312E071-3320
chr5115859935115860887E071-745
chr5115861479115861692E0710
chr5115863167115863834E0711535
chr5115865033115865136E0713401
chr5115865457115865676E0713825
chr5115865964115866433E0714332
chr5115868477115869209E0716845
chr5115870104115870230E0718472
chr5115870270115870364E0718638
chr5115870418115870502E0718786
chr5115870754115871392E0719122
chr5115871522115871614E0719890
chr5115872609115872779E07110977
chr5115874998115875210E07113366
chr5115876034115876084E07114402
chr5115876391115876690E07114759
chr5115877067115877263E07115435
chr5115878444115878589E07116812
chr5115882371115882820E07120739
chr5115882901115882962E07121269
chr5115883289115883397E07121657
chr5115883444115883566E07121812
chr5115883844115884220E07122212
chr5115885466115885516E07123834
chr5115885589115885663E07123957
chr5115886142115886341E07124510
chr5115886613115886694E07124981
chr5115889041115889556E07127409
chr5115890001115890118E07128369
chr5115890374115890424E07128742
chr5115890454115890828E07128822
chr5115891062115891130E07129430
chr5115893476115893633E07131844
chr5115893698115893748E07132066
chr5115894876115895304E07133244
chr5115895395115895984E07133763
chr5115896475115896577E07134843
chr5115897028115897088E07135396
chr5115897153115897203E07135521
chr5115897436115897602E07135804
chr5115899635115899716E07138003
chr5115900127115900307E07138495
chr5115900608115900774E07138976
chr5115901484115901656E07139852
chr5115901857115901937E07140225
chr5115902010115902451E07140378
chr5115904314115904395E07142682
chr5115904650115904894E07143018
chr5115905070115905158E07143438
chr5115905787115905953E07144155
chr5115906169115906420E07144537
chr5115906666115906712E07145034
chr5115906795115906859E07145163
chr5115816020115816267E072-45365
chr5115822851115823032E072-38600
chr5115824015115824320E072-37312
chr5115824791115824841E072-36791
chr5115827333115827687E072-33945
chr5115827701115828396E072-33236
chr5115828479115828976E072-32656
chr5115833713115833825E072-27807
chr5115834172115834656E072-26976
chr5115838325115838752E072-22880
chr5115840402115840484E072-21148
chr5115840558115840748E072-20884
chr5115841451115841831E072-19801
chr5115842263115842437E072-19195
chr5115842687115843009E072-18623
chr5115843039115843319E072-18313
chr5115843787115843861E072-17771
chr5115843993115844184E072-17448
chr5115844466115844553E072-17079
chr5115845230115845280E072-16352
chr5115845339115845414E072-16218
chr5115845527115845851E072-15781
chr5115846362115846625E072-15007
chr5115850304115850468E072-11164
chr5115851300115851446E072-10186
chr5115851577115851667E072-9965
chr5115851732115851829E072-9803
chr5115852547115852627E072-9005
chr5115853048115853130E072-8502
chr5115853179115853659E072-7973
chr5115854251115854412E072-7220
chr5115854420115854554E072-7078
chr5115854562115854644E072-6988
chr5115854720115854896E072-6736
chr5115856517115856765E072-4867
chr5115859935115860887E072-745
chr5115868477115869209E0726845
chr5115870104115870230E0728472
chr5115870270115870364E0728638
chr5115870418115870502E0728786
chr5115870754115871392E0729122
chr5115876034115876084E07214402
chr5115876391115876690E07214759
chr5115877067115877263E07215435
chr5115878444115878589E07216812
chr5115883844115884220E07222212
chr5115886142115886341E07224510
chr5115886613115886694E07224981
chr5115889041115889556E07227409
chr5115890001115890118E07228369
chr5115890374115890424E07228742
chr5115890454115890828E07228822
chr5115891062115891130E07229430
chr5115893476115893633E07231844
chr5115894876115895304E07233244
chr5115895395115895984E07233763
chr5115896475115896577E07234843
chr5115899635115899716E07238003
chr5115900127115900307E07238495
chr5115901484115901656E07239852
chr5115901857115901937E07240225
chr5115902010115902451E07240378
chr5115903186115903236E07241554
chr5115904650115904894E07243018
chr5115905070115905158E07243438
chr5115905787115905953E07244155
chr5115906169115906420E07244537
chr5115906666115906712E07245034
chr5115906795115906859E07245163
chr5115815563115815617E073-46015
chr5115816020115816267E073-45365
chr5115826927115827030E073-34602
chr5115827333115827687E073-33945
chr5115827701115828396E073-33236
chr5115838325115838752E073-22880
chr5115842687115843009E073-18623
chr5115843039115843319E073-18313
chr5115850173115850278E073-11354
chr5115850304115850468E073-11164
chr5115851577115851667E073-9965
chr5115851732115851829E073-9803
chr5115852547115852627E073-9005
chr5115856840115857899E073-3733
chr5115870104115870230E0738472
chr5115870270115870364E0738638
chr5115872795115872994E07311163
chr5115876034115876084E07314402
chr5115886142115886341E07324510
chr5115886613115886694E07324981
chr5115889041115889556E07327409
chr5115890374115890424E07328742
chr5115890454115890828E07328822
chr5115893476115893633E07331844
chr5115894876115895304E07333244
chr5115895395115895984E07333763
chr5115900953115901164E07339321
chr5115901247115901349E07339615
chr5115901484115901656E07339852
chr5115901857115901937E07340225
chr5115902010115902451E07340378
chr5115904650115904894E07343018
chr5115905070115905158E07343438
chr5115905787115905953E07344155
chr5115906169115906420E07344537
chr5115811784115811848E074-49784
chr5115822433115822577E074-39055
chr5115822851115823032E074-38600
chr5115824015115824320E074-37312
chr5115824791115824841E074-36791
chr5115826927115827030E074-34602
chr5115827333115827687E074-33945
chr5115827701115828396E074-33236
chr5115828479115828976E074-32656
chr5115833359115833572E074-28060
chr5115833713115833825E074-27807
chr5115834172115834656E074-26976
chr5115834715115834817E074-26815
chr5115837966115838231E074-23401
chr5115838325115838752E074-22880
chr5115839267115839344E074-22288
chr5115840402115840484E074-21148
chr5115840558115840748E074-20884
chr5115841451115841831E074-19801
chr5115842263115842437E074-19195
chr5115842687115843009E074-18623
chr5115843039115843319E074-18313
chr5115844466115844553E074-17079
chr5115845230115845280E074-16352
chr5115845339115845414E074-16218
chr5115845527115845851E074-15781
chr5115846362115846625E074-15007
chr5115847324115847427E074-14205
chr5115847520115847570E074-14062
chr5115847691115847760E074-13872
chr5115850173115850278E074-11354
chr5115850304115850468E074-11164
chr5115851300115851446E074-10186
chr5115851577115851667E074-9965
chr5115851732115851829E074-9803
chr5115852547115852627E074-9005
chr5115853048115853130E074-8502
chr5115853179115853659E074-7973
chr5115854251115854412E074-7220
chr5115854420115854554E074-7078
chr5115854562115854644E074-6988
chr5115854720115854896E074-6736
chr5115856517115856765E074-4867
chr5115856840115857899E074-3733
chr5115858262115858312E074-3320
chr5115859935115860887E074-745
chr5115863167115863834E0741535
chr5115864936115864986E0743304
chr5115865033115865136E0743401
chr5115865457115865676E0743825
chr5115865964115866433E0744332
chr5115866567115866755E0744935
chr5115866964115867054E0745332
chr5115867083115867133E0745451
chr5115867470115867669E0745838
chr5115867873115867932E0746241
chr5115868325115868375E0746693
chr5115868477115869209E0746845
chr5115870104115870230E0748472
chr5115870270115870364E0748638
chr5115870418115870502E0748786
chr5115870754115871392E0749122
chr5115871522115871614E0749890
chr5115871695115871813E07410063
chr5115874998115875210E07413366
chr5115876034115876084E07414402
chr5115876391115876690E07414759
chr5115877067115877263E07415435
chr5115878444115878589E07416812
chr5115879196115879593E07417564
chr5115882371115882820E07420739
chr5115882901115882962E07421269
chr5115883289115883397E07421657
chr5115883444115883566E07421812
chr5115883844115884220E07422212
chr5115886142115886341E07424510
chr5115886613115886694E07424981
chr5115889041115889556E07427409
chr5115890001115890118E07428369
chr5115890374115890424E07428742
chr5115890454115890828E07428822
chr5115891062115891130E07429430
chr5115893476115893633E07431844
chr5115894876115895304E07433244
chr5115895395115895984E07433763
chr5115896475115896577E07434843
chr5115897028115897088E07435396
chr5115897153115897203E07435521
chr5115897436115897602E07435804
chr5115899635115899716E07438003
chr5115900127115900307E07438495
chr5115900608115900774E07438976
chr5115900835115900936E07439203
chr5115900953115901164E07439321
chr5115901247115901349E07439615
chr5115901484115901656E07439852
chr5115901857115901937E07440225
chr5115902010115902451E07440378
chr5115904650115904894E07443018
chr5115905070115905158E07443438
chr5115905787115905953E07444155
chr5115833359115833572E081-28060
chr5115833713115833825E081-27807
chr5115834172115834656E081-26976
chr5115834715115834817E081-26815
chr5115840558115840748E081-20884
chr5115841451115841831E081-19801
chr5115842263115842437E081-19195
chr5115842687115843009E081-18623
chr5115850173115850278E081-11354
chr5115850304115850468E081-11164
chr5115864064115864850E0812432
chr5115899635115899716E08138003
chr5115900127115900307E08138495
chr5115900835115900936E08139203
chr5115900953115901164E08139321
chr5115901247115901349E08139615
chr5115901484115901656E08139852
chr5115901857115901937E08140225
chr5115902010115902451E08140378
chr5115904314115904395E08142682
chr5115904650115904894E08143018
chr5115905070115905158E08143438
chr5115905787115905953E08144155
chr5115906169115906420E08144537
chr5115833713115833825E082-27807
chr5115834172115834656E082-26976
chr5115837966115838231E082-23401
chr5115841451115841831E082-19801
chr5115842263115842437E082-19195
chr5115842687115843009E082-18623
chr5115843039115843319E082-18313
chr5115850173115850278E082-11354
chr5115850304115850468E082-11164
chr5115854420115854554E082-7078
chr5115863167115863834E0821535
chr5115864064115864850E0822432
chr5115868477115869209E0826845
chr5115872001115872550E08210369
chr5115872609115872779E08210977
chr5115872795115872994E08211163
chr5115889041115889556E08227409
chr5115895395115895984E08233763
chr5115899635115899716E08238003
chr5115900127115900307E08238495
chr5115900608115900774E08238976
chr5115900835115900936E08239203
chr5115900953115901164E08239321
chr5115901247115901349E08239615
chr5115901484115901656E08239852
chr5115901857115901937E08240225
chr5115904650115904894E08243018
chr5115905070115905158E08243438
chr5115905787115905953E08244155
chr5115906169115906420E08244537










Promoter Annotation (GRCh37.p13)

Chromosome Start End Region Distance(-/+:Up/Downstream)
chr5115907111115907163E07345479
chr5115907111115907163E08145479
chr5115907111115907163E08245479