rs2646937

Homo sapiens
C>T
CCDC167 : 2KB Upstream Variant
Check p-value
SNV (Single Nucleotide Variation)
T=0063 (1898/29988,GnomAD)
T=0094 (2758/29118,TOPMED)
T=0062 (312/5008,1000G)
T=0002 (7/3854,ALSPAC)
T=0001 (4/3708,TWINSUK)
chr6:37501761 (GRCh38.p7) (6p21.2)
AD
GWASdb2
1   publication(s)
See rs on genome
251 Enhancers around
17 Promoters around

Genomic Coordinates

Sequence Name Change(s)
GRCh38.p7 chr 6NC_000006.12:g.37501761C>T
GRCh37.p13 chr 6NC_000006.11:g.37469537C>T

Gene: CCDC167, coiled-coil domain containing 167(minus strand): 2KB Upstream Variant

Molecule type Change Amino acid[Codon] SO Term
CCDC167 transcriptNM_138493.2:c.N/AUpstream Transcript Variant

Population Frequency

Study Population Group Sample # Ref Allele Alt Allele
1000GenomesAfricanSub1322C=0.773T=0.227
1000GenomesAmericanSub694C=0.980T=0.020
1000GenomesEast AsianSub1008C=1.000T=0.000
1000GenomesEuropeSub1006C=0.999T=0.001
1000GenomesGlobalStudy-wide5008C=0.938T=0.062
1000GenomesSouth AsianSub978C=1.000T=0.000
The Avon Longitudinal Study of Parents and ChildrenPARENT AND CHILD COHORTStudy-wide3854C=0.998T=0.002
The Genome Aggregation DatabaseAfricanSub8718C=0.786T=0.214
The Genome Aggregation DatabaseAmericanSub838C=0.980T=0.020
The Genome Aggregation DatabaseEast AsianSub1622C=1.000T=0.000
The Genome Aggregation DatabaseEuropeSub18508C=0.999T=0.000
The Genome Aggregation DatabaseGlobalStudy-wide29988C=0.936T=0.063
The Genome Aggregation DatabaseOtherSub302C=0.990T=0.010
Trans-Omics for Precision MedicineGlobalStudy-wide29118C=0.905T=0.094
UK 10K study - TwinsTWIN COHORTStudy-wide3708C=0.999T=0.001
PMID Title Author Journal
21314694Genomewide association analysis of symptoms of alcohol dependence in the molecular genetics of schizophrenia (MGS2) control sample.Kendler KSAlcohol Clin Exp Res

P-Value

SNP ID p-value Traits Study
rs26469370.000436alcohol dependence21314694

eQTL of rs2646937 in Brain tissues (GTEx Analysis Release V7)

Position (v37) eGene GeneID Variant p-value TSS Tissue
There is no eQTL annotation for this SNP

meQTL of rs2646937 in Fetal Brain

Probe ID Position Gene beta p-value
There is no meQTL annotation for this SNP

Genomic View

Chromatin Interaction

There is no significant Hi-C chromatin interaction data for this SNP.

Enhancer Annotation (GRCh37.p13)

Chromosome Start End Region Distance ( -/+ : Up/Downstream )
chr63745850637458596E067-10941
chr63745889737459136E067-10401
chr63745938837459500E067-10037
chr63745960037459681E067-9856
chr63745969037459740E067-9797
chr63745980337459864E067-9673
chr63746002237460794E067-8743
chr63746660137466710E067-2827
chr63748355437485935E06714017
chr63744122737441605E068-27932
chr63744876237448984E068-20553
chr63744905437449203E068-20334
chr63744923637449768E068-19769
chr63745746637458414E068-11123
chr63745850637458596E068-10941
chr63745889737459136E068-10401
chr63745938837459500E068-10037
chr63745960037459681E068-9856
chr63745969037459740E068-9797
chr63745980337459864E068-9673
chr63746002237460794E068-8743
chr63746660137466710E068-2827
chr63748355437485935E06814017
chr63749633437496732E06826797
chr63744905437449203E069-20334
chr63744923637449768E069-19769
chr63745717137457227E069-12310
chr63745730137457372E069-12165
chr63745746637458414E069-11123
chr63745850637458596E069-10941
chr63745889737459136E069-10401
chr63745938837459500E069-10037
chr63745960037459681E069-9856
chr63745969037459740E069-9797
chr63745980337459864E069-9673
chr63746002237460794E069-8743
chr63746660137466710E069-2827
chr63748206437482651E06912527
chr63748294437483094E06913407
chr63748355437485935E06914017
chr63741975437419959E070-49578
chr63744876237448984E070-20553
chr63744905437449203E070-20334
chr63744923637449768E070-19769
chr63744996137450465E070-19072
chr63745180937452592E070-16945
chr63745268237452736E070-16801
chr63745292337452973E070-16564
chr63745300737453085E070-16452
chr63745308637453189E070-16348
chr63745444737454511E070-15026
chr63745499437455175E070-14362
chr63745524837455458E070-14079
chr63745551137456231E070-13306
chr63745640037456641E070-12896
chr63745703337457095E070-12442
chr63745717137457227E070-12310
chr63745730137457372E070-12165
chr63745746637458414E070-11123
chr63745850637458596E070-10941
chr63745889737459136E070-10401
chr63745938837459500E070-10037
chr63745960037459681E070-9856
chr63745969037459740E070-9797
chr63745980337459864E070-9673
chr63746345037463562E070-5975
chr63746573237465797E070-3740
chr63746611037466168E070-3369
chr63748134037481658E07011803
chr63748206437482651E07012527
chr63748294437483094E07013407
chr63748355437485935E07014017
chr63748620237486284E07016665
chr63748636737486473E07016830
chr63749618337496256E07026646
chr63749633437496732E07026797
chr63751532637516107E07045789
chr63744122737441605E071-27932
chr63745746637458414E071-11123
chr63745850637458596E071-10941
chr63745889737459136E071-10401
chr63745938837459500E071-10037
chr63745960037459681E071-9856
chr63745969037459740E071-9797
chr63745980337459864E071-9673
chr63746002237460794E071-8743
chr63746096237461354E071-8183
chr63748355437485935E07114017
chr63744905437449203E072-20334
chr63744923637449768E072-19769
chr63745850637458596E072-10941
chr63745889737459136E072-10401
chr63745938837459500E072-10037
chr63745960037459681E072-9856
chr63745969037459740E072-9797
chr63745980337459864E072-9673
chr63746002237460794E072-8743
chr63746832137468418E072-1119
chr63748355437485935E07214017
chr63744876237448984E073-20553
chr63744905437449203E073-20334
chr63744923637449768E073-19769
chr63744996137450465E073-19072
chr63745746637458414E073-11123
chr63745850637458596E073-10941
chr63745889737459136E073-10401
chr63745938837459500E073-10037
chr63745960037459681E073-9856
chr63745969037459740E073-9797
chr63745980337459864E073-9673
chr63746002237460794E073-8743
chr63746660137466710E073-2827
chr63748355437485935E07314017
chr63744122737441605E074-27932
chr63745746637458414E074-11123
chr63745850637458596E074-10941
chr63745889737459136E074-10401
chr63745938837459500E074-10037
chr63745960037459681E074-9856
chr63745969037459740E074-9797
chr63745980337459864E074-9673
chr63746002237460794E074-8743
chr63746096237461354E074-8183
chr63748355437485935E07414017
chr63741975437419959E081-49578
chr63744876237448984E081-20553
chr63744905437449203E081-20334
chr63744923637449768E081-19769
chr63744996137450465E081-19072
chr63745180937452592E081-16945
chr63745268237452736E081-16801
chr63745292337452973E081-16564
chr63745300737453085E081-16452
chr63745308637453189E081-16348
chr63745444737454511E081-15026
chr63745499437455175E081-14362
chr63745524837455458E081-14079
chr63745551137456231E081-13306
chr63745640037456641E081-12896
chr63745703337457095E081-12442
chr63745717137457227E081-12310
chr63745730137457372E081-12165
chr63745746637458414E081-11123
chr63745850637458596E081-10941
chr63745889737459136E081-10401
chr63745938837459500E081-10037
chr63745960037459681E081-9856
chr63745969037459740E081-9797
chr63745980337459864E081-9673
chr63746002237460794E081-8743
chr63746096237461354E081-8183
chr63746468937464749E081-4788
chr63746477837464905E081-4632
chr63746573237465797E081-3740
chr63746611037466168E081-3369
chr63746660137466710E081-2827
chr63746832137468418E081-1119
chr63746860937468722E081-815
chr63746890037468950E081-587
chr63746956537469671E08128
chr63746971137471685E081174
chr63747172637472236E0812189
chr63747229837472361E0812761
chr63747265037472700E0813113
chr63747906637479322E0819529
chr63747964237479859E08110105
chr63747991037480901E08110373
chr63748099637481277E08111459
chr63748134037481658E08111803
chr63748206437482651E08112527
chr63748294437483094E08113407
chr63748355437485935E08114017
chr63748620237486284E08116665
chr63748636737486473E08116830
chr63748674037486881E08117203
chr63748857237488612E08119035
chr63748878437488994E08119247
chr63749124837491413E08121711
chr63749193337492011E08122396
chr63749218437492350E08122647
chr63749256437492644E08123027
chr63749278437492834E08123247
chr63749292337492973E08123386
chr63749338637493520E08123849
chr63749362437493808E08124087
chr63749618337496256E08126646
chr63749633437496732E08126797
chr63749783137497883E08128294
chr63749817537498287E08128638
chr63749928637500070E08129749
chr63750156837501871E08132031
chr63750544237505555E08135905
chr63750602837506148E08136491
chr63750709437507173E08137557
chr63750731137507380E08137774
chr63750744637507571E08137909
chr63751690037517184E08147363
chr63751722337517353E08147686
chr63751750037517589E08147963
chr63751931037519487E08149773
chr63744825437448372E082-21165
chr63744876237448984E082-20553
chr63744905437449203E082-20334
chr63744923637449768E082-19769
chr63744996137450465E082-19072
chr63745180937452592E082-16945
chr63745268237452736E082-16801
chr63745292337452973E082-16564
chr63745300737453085E082-16452
chr63745308637453189E082-16348
chr63745444737454511E082-15026
chr63745499437455175E082-14362
chr63745524837455458E082-14079
chr63745551137456231E082-13306
chr63745640037456641E082-12896
chr63745703337457095E082-12442
chr63745717137457227E082-12310
chr63745730137457372E082-12165
chr63745746637458414E082-11123
chr63745850637458596E082-10941
chr63745889737459136E082-10401
chr63745938837459500E082-10037
chr63745960037459681E082-9856
chr63745969037459740E082-9797
chr63745980337459864E082-9673
chr63746002237460794E082-8743
chr63746611037466168E082-3369
chr63746971137471685E082174
chr63747172637472236E0822189
chr63747906637479322E0829529
chr63747964237479859E08210105
chr63747991037480901E08210373
chr63748099637481277E08211459
chr63748134037481658E08211803
chr63748206437482651E08212527
chr63748294437483094E08213407
chr63748355437485935E08214017
chr63748620237486284E08216665
chr63748636737486473E08216830
chr63748857237488612E08219035
chr63748878437488994E08219247
chr63749256437492644E08223027
chr63749278437492834E08223247
chr63749292337492973E08223386
chr63749338637493520E08223849
chr63749618337496256E08226646
chr63749633437496732E08226797
chr63749817537498287E08228638
chr63749928637500070E08229749
chr63750544237505555E08235905
chr63751532637516107E08245789










Promoter Annotation (GRCh37.p13)

Chromosome Start End Region Distance(-/+:Up/Downstream)
chr63746725637468138E067-1399
chr63750353337504025E06733996
chr63750403937504121E06734502
chr63746725637468138E068-1399
chr63746725637468138E069-1399
chr63746725637468138E070-1399
chr63746725637468138E071-1399
chr63746725637468138E072-1399
chr63750403937504121E07234502
chr63746725637468138E073-1399
chr63750353337504025E07333996
chr63750403937504121E07334502
chr63746725637468138E074-1399
chr63750403937504121E07434502
chr63750415837504956E07434621
chr63746725637468138E081-1399
chr63746725637468138E082-1399