rs2746178

Homo sapiens
G>C
None
Check p-value
SNV (Single Nucleotide Variation)
C=0331 (9644/29118,TOPMED)
C=0339 (1697/5008,1000G)
C=0354 (1363/3854,ALSPAC)
C=0350 (1296/3708,TWINSUK)
chr6:41671556 (GRCh38.p7) (6p21.1)
AD
GWASdb2
1   publication(s)
See rs on genome
3 Promoters around

Genomic Coordinates

Sequence Name Change(s)
GRCh38.p7 chr 6NC_000006.12:g.41671556G>C
GRCh37.p13 chr 6NC_000006.11:g.41639294G>C

Population Frequency

Study Population Group Sample # Ref Allele Alt Allele
1000GenomesAfricanSub1322G=0.669C=0.331
1000GenomesAmericanSub694G=0.680C=0.320
1000GenomesEast AsianSub1008G=0.677C=0.323
1000GenomesEuropeSub1006G=0.677C=0.323
1000GenomesGlobalStudy-wide5008G=0.661C=0.339
1000GenomesSouth AsianSub978G=0.610C=0.390
The Avon Longitudinal Study of Parents and ChildrenPARENT AND CHILD COHORTStudy-wide3854G=0.646C=0.354
Trans-Omics for Precision MedicineGlobalStudy-wide29118G=0.668C=0.331
UK 10K study - TwinsTWIN COHORTStudy-wide3708G=0.650C=0.350
PMID Title Author Journal
23743675A meta-analysis of two genome-wide association studies to identify novel loci for maximum number of alcoholic drinks.Kapoor MHum Genet

P-Value

SNP ID p-value Traits Study
rs27461781.8E-05alcohol consumption23743675

eQTL of rs2746178 in Brain tissues (GTEx Analysis Release V7)

Position (v37) eGene GeneID Variant p-value TSS Tissue
There is no eQTL annotation for this SNP

meQTL of rs2746178 in Fetal Brain

Probe ID Position Gene beta p-value
There is no meQTL annotation for this SNP

Genomic View

Chromatin Interaction

There is no significant Hi-C chromatin interaction data for this SNP.

Enhancer Annotation (GRCh37.p13)

Chromosome Start End Region Distance ( -/+ : Up/Downstream )
chr64159323641593492E067-45802
chr64159355841593694E067-45600
chr64164975141650751E06710457
chr64165183841652097E06712544
chr64165589441655946E06716600
chr64165608041656164E06716786
chr64165618341656570E06716889
chr64165695641657006E06717662
chr64165725641657396E06717962
chr64166030041660460E06721006
chr64166079941661080E06721505
chr64166129841661452E06722004
chr64166175441661920E06722460
chr64166199941662049E06722705
chr64166253141662581E06723237
chr64166259441662644E06723300
chr64166273141662866E06723437
chr64166298041663061E06723686
chr64166376441664133E06724470
chr64166525141665426E06725957
chr64166544541666713E06726151
chr64166681241666873E06727518
chr64166692641667051E06727632
chr64166712941667229E06727835
chr64166746141667574E06728167
chr64166824841668457E06728954
chr64166847041668662E06729176
chr64166874441668794E06729450
chr64166896241669030E06729668
chr64166931841669396E06730024
chr64167356641674239E06734272
chr64167429441674429E06735000
chr64167446241674530E06735168
chr64167456741675057E06735273
chr64167511541675275E06735821
chr64167532541675465E06736031
chr64167546941675954E06736175
chr64167598841676081E06736694
chr64167613341676311E06736839
chr64167658541676939E06737291
chr64167926141679348E06739967
chr64167939741679447E06740103
chr64167997041680070E06740676
chr64168016441680268E06740870
chr64168034941681754E06741055
chr64168203941682119E06742745
chr64168212841682197E06742834
chr64168233641682430E06743042
chr64168254241682684E06743248
chr64168439041684552E06745096
chr64168495141685041E06745657
chr64168515341685352E06745859
chr64168550541685555E06746211
chr64168557841685766E06746284
chr64168741241688232E06748118
chr64168833541688447E06749041
chr64168893641688986E06749642
chr64168910041689150E06749806
chr64159323641593492E068-45802
chr64159355841593694E068-45600
chr64160197941602336E068-36958
chr64160237241602717E068-36577
chr64160279841602927E068-36367
chr64160301041603149E068-36145
chr64160824541608467E068-30827
chr64161310141613335E068-25959
chr64161479841615274E068-24020
chr64164963641649681E06810342
chr64165183841652097E06812544
chr64165213641652225E06812842
chr64165618341656570E06816889
chr64165695641657006E06817662
chr64165725641657396E06817962
chr64166030041660460E06821006
chr64166079941661080E06821505
chr64166129841661452E06822004
chr64166175441661920E06822460
chr64166199941662049E06822705
chr64166253141662581E06823237
chr64166259441662644E06823300
chr64166273141662866E06823437
chr64166298041663061E06823686
chr64166376441664133E06824470
chr64166544541666713E06826151
chr64166681241666873E06827518
chr64166692641667051E06827632
chr64166712941667229E06827835
chr64166746141667574E06828167
chr64167356641674239E06834272
chr64167429441674429E06835000
chr64167446241674530E06835168
chr64167456741675057E06835273
chr64167511541675275E06835821
chr64167532541675465E06836031
chr64167546941675954E06836175
chr64167598841676081E06836694
chr64167613341676311E06836839
chr64167658541676939E06837291
chr64167926141679348E06839967
chr64167939741679447E06840103
chr64168034941681754E06841055
chr64168203941682119E06842745
chr64168212841682197E06842834
chr64168233641682430E06843042
chr64168254241682684E06843248
chr64168356241683848E06844268
chr64168439041684552E06845096
chr64168495141685041E06845657
chr64168515341685352E06845859
chr64168550541685555E06846211
chr64168557841685766E06846284
chr64168729641687393E06848002
chr64168741241688232E06848118
chr64168833541688447E06849041
chr64168893641688986E06849642
chr64168910041689150E06849806
chr64160237241602717E069-36577
chr64160279841602927E069-36367
chr64160301041603149E069-36145
chr64164975141650751E06910457
chr64165183841652097E06912544
chr64165213641652225E06912842
chr64165608041656164E06916786
chr64165618341656570E06916889
chr64165695641657006E06917662
chr64165725641657396E06917962
chr64165924441660126E06919950
chr64166030041660460E06921006
chr64166079941661080E06921505
chr64166129841661452E06922004
chr64166175441661920E06922460
chr64166199941662049E06922705
chr64166253141662581E06923237
chr64166259441662644E06923300
chr64166273141662866E06923437
chr64166298041663061E06923686
chr64166376441664133E06924470
chr64166525141665426E06925957
chr64166544541666713E06926151
chr64166681241666873E06927518
chr64166692641667051E06927632
chr64166712941667229E06927835
chr64166746141667574E06928167
chr64166824841668457E06928954
chr64166847041668662E06929176
chr64166874441668794E06929450
chr64166896241669030E06929668
chr64166931841669396E06930024
chr64167429441674429E06935000
chr64167446241674530E06935168
chr64167456741675057E06935273
chr64167511541675275E06935821
chr64167532541675465E06936031
chr64167546941675954E06936175
chr64167598841676081E06936694
chr64167613341676311E06936839
chr64167658541676939E06937291
chr64168016441680268E06940870
chr64168034941681754E06941055
chr64168203941682119E06942745
chr64168212841682197E06942834
chr64168233641682430E06943042
chr64168254241682684E06943248
chr64168307741683141E06943783
chr64168356241683848E06944268
chr64168439041684552E06945096
chr64168495141685041E06945657
chr64168515341685352E06945859
chr64168550541685555E06946211
chr64168557841685766E06946284
chr64168616941686271E06946875
chr64168634141686391E06947047
chr64168646241686763E06947168
chr64168729641687393E06948002
chr64168741241688232E06948118
chr64168833541688447E06949041
chr64168893641688986E06949642
chr64168910041689150E06949806
chr64159323641593492E070-45802
chr64159355841593694E070-45600
chr64160197941602336E070-36958
chr64160237241602717E070-36577
chr64160279841602927E070-36367
chr64160824541608467E070-30827
chr64161199741612498E070-26796
chr64163874541639315E0700
chr64163943141639555E070137
chr64163996241640025E070668
chr64164092941641111E0701635
chr64164112241641172E0701828
chr64164117641641320E0701882
chr64164147941641567E0702185
chr64164168041641833E0702386
chr64164325141643468E0703957
chr64164352541643641E0704231
chr64164498041645124E0705686
chr64164704641647096E0707752
chr64165183841652097E07012544
chr64167429441674429E07035000
chr64167446241674530E07035168
chr64167456741675057E07035273
chr64168016441680268E07040870
chr64168034941681754E07041055
chr64160197941602336E071-36958
chr64160237241602717E071-36577
chr64160279841602927E071-36367
chr64160301041603149E071-36145
chr64164963641649681E07110342
chr64164975141650751E07110457
chr64165183841652097E07112544
chr64165213641652225E07112842
chr64165233741652451E07113043
chr64165260641652657E07113312
chr64165279041652857E07113496
chr64165510541655219E07115811
chr64165529041655683E07115996
chr64165589441655946E07116600
chr64165608041656164E07116786
chr64165618341656570E07116889
chr64165695641657006E07117662
chr64165725641657396E07117962
chr64165924441660126E07119950
chr64166030041660460E07121006
chr64166079941661080E07121505
chr64166175441661920E07122460
chr64166199941662049E07122705
chr64166253141662581E07123237
chr64166259441662644E07123300
chr64166273141662866E07123437
chr64166298041663061E07123686
chr64166376441664133E07124470
chr64166453941664589E07125245
chr64166525141665426E07125957
chr64166544541666713E07126151
chr64166681241666873E07127518
chr64166692641667051E07127632
chr64166712941667229E07127835
chr64166746141667574E07128167
chr64166824841668457E07128954
chr64166847041668662E07129176
chr64166874441668794E07129450
chr64166896241669030E07129668
chr64166931841669396E07130024
chr64167456741675057E07135273
chr64167546941675954E07136175
chr64167598841676081E07136694
chr64167613341676311E07136839
chr64167658541676939E07137291
chr64167926141679348E07139967
chr64167939741679447E07140103
chr64167997041680070E07140676
chr64168016441680268E07140870
chr64168034941681754E07141055
chr64168203941682119E07142745
chr64168212841682197E07142834
chr64168233641682430E07143042
chr64168254241682684E07143248
chr64168307741683141E07143783
chr64168356241683848E07144268
chr64168439041684552E07145096
chr64168495141685041E07145657
chr64168515341685352E07145859
chr64168550541685555E07146211
chr64168557841685766E07146284
chr64168616941686271E07146875
chr64168634141686391E07147047
chr64168646241686763E07147168
chr64168729641687393E07148002
chr64168741241688232E07148118
chr64168833541688447E07149041
chr64168893641688986E07149642
chr64168910041689150E07149806
chr64160197941602336E072-36958
chr64160237241602717E072-36577
chr64160279841602927E072-36367
chr64160301041603149E072-36145
chr64165183841652097E07212544
chr64165510541655219E07215811
chr64165529041655683E07215996
chr64165589441655946E07216600
chr64165608041656164E07216786
chr64165618341656570E07216889
chr64165695641657006E07217662
chr64165725641657396E07217962
chr64165924441660126E07219950
chr64166030041660460E07221006
chr64166079941661080E07221505
chr64166129841661452E07222004
chr64166175441661920E07222460
chr64166199941662049E07222705
chr64166253141662581E07223237
chr64166259441662644E07223300
chr64166273141662866E07223437
chr64166298041663061E07223686
chr64166376441664133E07224470
chr64166544541666713E07226151
chr64166681241666873E07227518
chr64166692641667051E07227632
chr64166712941667229E07227835
chr64166746141667574E07228167
chr64166824841668457E07228954
chr64167429441674429E07235000
chr64167446241674530E07235168
chr64167456741675057E07235273
chr64167511541675275E07235821
chr64167532541675465E07236031
chr64167546941675954E07236175
chr64167598841676081E07236694
chr64167613341676311E07236839
chr64167658541676939E07237291
chr64167926141679348E07239967
chr64167939741679447E07240103
chr64167997041680070E07240676
chr64168016441680268E07240870
chr64168034941681754E07241055
chr64168203941682119E07242745
chr64168212841682197E07242834
chr64168233641682430E07243042
chr64168254241682684E07243248
chr64168307741683141E07243783
chr64168356241683848E07244268
chr64168439041684552E07245096
chr64168495141685041E07245657
chr64168515341685352E07245859
chr64168550541685555E07246211
chr64168557841685766E07246284
chr64168616941686271E07246875
chr64168729641687393E07248002
chr64168741241688232E07248118
chr64168833541688447E07249041
chr64168893641688986E07249642
chr64168910041689150E07249806
chr64160237241602717E073-36577
chr64160279841602927E073-36367
chr64160301041603149E073-36145
chr64162419641624445E073-14849
chr64164975141650751E07310457
chr64165183841652097E07312544
chr64165695641657006E07317662
chr64166030041660460E07321006
chr64166079941661080E07321505
chr64166129841661452E07322004
chr64166175441661920E07322460
chr64166199941662049E07322705
chr64166253141662581E07323237
chr64166259441662644E07323300
chr64166273141662866E07323437
chr64166298041663061E07323686
chr64166376441664133E07324470
chr64166544541666713E07326151
chr64166681241666873E07327518
chr64166692641667051E07327632
chr64166712941667229E07327835
chr64166746141667574E07328167
chr64166824841668457E07328954
chr64166847041668662E07329176
chr64166874441668794E07329450
chr64166896241669030E07329668
chr64166931841669396E07330024
chr64167195341672008E07332659
chr64167201741672107E07332723
chr64167356641674239E07334272
chr64167429441674429E07335000
chr64167446241674530E07335168
chr64167456741675057E07335273
chr64167511541675275E07335821
chr64167532541675465E07336031
chr64167546941675954E07336175
chr64167598841676081E07336694
chr64167613341676311E07336839
chr64167658541676939E07337291
chr64167926141679348E07339967
chr64167939741679447E07340103
chr64167997041680070E07340676
chr64168016441680268E07340870
chr64168034941681754E07341055
chr64168203941682119E07342745
chr64168212841682197E07342834
chr64168233641682430E07343042
chr64168254241682684E07343248
chr64168439041684552E07345096
chr64168495141685041E07345657
chr64168515341685352E07345859
chr64168550541685555E07346211
chr64168557841685766E07346284
chr64168729641687393E07348002
chr64168741241688232E07348118
chr64168893641688986E07349642
chr64160197941602336E074-36958
chr64160237241602717E074-36577
chr64160279841602927E074-36367
chr64160301041603149E074-36145
chr64161479841615274E074-24020
chr64164975141650751E07410457
chr64165183841652097E07412544
chr64165213641652225E07412842
chr64165233741652451E07413043
chr64165608041656164E07416786
chr64165618341656570E07416889
chr64165695641657006E07417662
chr64165725641657396E07417962
chr64165924441660126E07419950
chr64166030041660460E07421006
chr64166079941661080E07421505
chr64166129841661452E07422004
chr64166175441661920E07422460
chr64166199941662049E07422705
chr64166253141662581E07423237
chr64166259441662644E07423300
chr64166273141662866E07423437
chr64166298041663061E07423686
chr64166376441664133E07424470
chr64166544541666713E07426151
chr64166681241666873E07427518
chr64166692641667051E07427632
chr64166712941667229E07427835
chr64166746141667574E07428167
chr64166824841668457E07428954
chr64166847041668662E07429176
chr64166874441668794E07429450
chr64166896241669030E07429668
chr64166931841669396E07430024
chr64167356641674239E07434272
chr64167429441674429E07435000
chr64167446241674530E07435168
chr64167456741675057E07435273
chr64167511541675275E07435821
chr64167532541675465E07436031
chr64167546941675954E07436175
chr64167598841676081E07436694
chr64167613341676311E07436839
chr64167658541676939E07437291
chr64167926141679348E07439967
chr64167939741679447E07440103
chr64167997041680070E07440676
chr64168016441680268E07440870
chr64168034941681754E07441055
chr64168203941682119E07442745
chr64168212841682197E07442834
chr64168233641682430E07443042
chr64168254241682684E07443248
chr64168307741683141E07443783
chr64168356241683848E07444268
chr64168439041684552E07445096
chr64168495141685041E07445657
chr64168515341685352E07445859
chr64168550541685555E07446211
chr64168557841685766E07446284
chr64168616941686271E07446875
chr64168634141686391E07447047
chr64168646241686763E07447168
chr64168729641687393E07448002
chr64168741241688232E07448118
chr64168833541688447E07449041
chr64168893641688986E07449642
chr64168910041689150E07449806
chr64159471541595097E081-44197
chr64160824541608467E081-30827
chr64161310141613335E081-25959
chr64162658541626720E081-12574
chr64163874541639315E0810
chr64163943141639555E081137
chr64164092941641111E0811635
chr64164112241641172E0811828
chr64164117641641320E0811882
chr64164147941641567E0812185
chr64164498041645124E0815686
chr64164975141650751E08110457
chr64160824541608467E082-30827
chr64163874541639315E0820
chr64163943141639555E082137
chr64164092941641111E0821635
chr64164112241641172E0821828
chr64164117641641320E0821882
chr64164975141650751E08210457










Promoter Annotation (GRCh37.p13)

Chromosome Start End Region Distance(-/+:Up/Downstream)
chr64160444341608186E067-31108
chr64160444341608186E068-31108
chr64160444341608186E074-31108