rs3736802

Homo sapiens
T>C
TRPC4AP : Intron Variant
Check p-value
SNV (Single Nucleotide Variation)
T==0462 (13822/29914,GnomAD)
T==0470 (13696/29118,TOPMED)
T==0446 (2232/5008,1000G)
T==0465 (1794/3854,ALSPAC)
T==0479 (1776/3708,TWINSUK)
chr20:35016239 (GRCh38.p7) (20q11.22)
AD
GWASdb2
1   publication(s)
See rs on genome
0 Promoter around

Genomic Coordinates

Sequence Name Change(s)
GRCh38.p7 chr 20NC_000020.11:g.35016239T>C
GRCh37.p13 chr 20NC_000020.10:g.33604042T>C

Gene: TRPC4AP, transient receptor potential cation channel subfamily C member 4 associated protein(minus strand)

Molecule type Change Amino acid[Codon] SO Term
TRPC4AP transcript variant 1NM_015638.2:c.N/AIntron Variant
TRPC4AP transcript variant 2NM_199368.1:c.N/AIntron Variant
TRPC4AP transcript variant X6XM_011528772.2:c.N/AIntron Variant
TRPC4AP transcript variant X9XM_011528774.1:c.N/AIntron Variant
TRPC4AP transcript variant X3XM_017027799.1:c.N/AIntron Variant
TRPC4AP transcript variant X8XM_017027800.1:c.N/AIntron Variant
TRPC4AP transcript variant X12XM_017027801.1:c.N/AIntron Variant
TRPC4AP transcript variant X1XR_001754235.1:n.N/AIntron Variant
TRPC4AP transcript variant X2XR_001754236.1:n.N/AIntron Variant
TRPC4AP transcript variant X4XR_001754237.1:n.N/AIntron Variant
TRPC4AP transcript variant X7XR_001754238.1:n.N/AIntron Variant
TRPC4AP transcript variant X5XR_936517.2:n.N/AIntron Variant

Population Frequency

Study Population Group Sample # Ref Allele Alt Allele
1000GenomesAfricanSub1322T=0.528C=0.472
1000GenomesAmericanSub694T=0.290C=0.710
1000GenomesEast AsianSub1008T=0.321C=0.679
1000GenomesEuropeSub1006T=0.426C=0.574
1000GenomesGlobalStudy-wide5008T=0.446C=0.554
1000GenomesSouth AsianSub978T=0.600C=0.400
The Avon Longitudinal Study of Parents and ChildrenPARENT AND CHILD COHORTStudy-wide3854T=0.465C=0.535
The Genome Aggregation DatabaseAfricanSub8704T=0.521C=0.479
The Genome Aggregation DatabaseAmericanSub830T=0.250C=0.750
The Genome Aggregation DatabaseEast AsianSub1616T=0.342C=0.658
The Genome Aggregation DatabaseEuropeSub18462T=0.453C=0.546
The Genome Aggregation DatabaseGlobalStudy-wide29914T=0.462C=0.537
The Genome Aggregation DatabaseOtherSub302T=0.480C=0.520
Trans-Omics for Precision MedicineGlobalStudy-wide29118T=0.470C=0.529
UK 10K study - TwinsTWIN COHORTStudy-wide3708T=0.479C=0.521
PMID Title Author Journal
23089632A genome-wide association study of alcohol-dependence symptom counts in extended pedigrees identifies C15orf53.Wang JCMol Psychiatry

P-Value

SNP ID p-value Traits Study
rs37368027.56E-07alcohol dependence23089632

eQTL of rs3736802 in Brain tissues (GTEx Analysis Release V7)

Position (v37) eGene GeneID Variant p-value TSS Tissue
Chr20:33604042MAP1LC3AENSG00000101460.8T>C7.8389e-21469384Cerebellum
Chr20:33604042ACSS2ENSG00000131069.15T>C9.5705e-8144093Cerebellum
Chr20:33604042MYH7BENSG00000078814.11T>C1.6270e-1040836Cerebellum
Chr20:33604042MAP1LC3AENSG00000101460.8T>C1.0998e-10469384Cortex
Chr20:33604042MAP1LC3AENSG00000101460.8T>C1.3972e-11469384Cerebellar_Hemisphere
Chr20:33604042ACSS2ENSG00000131069.15T>C6.5729e-4144093Cerebellar_Hemisphere
Chr20:33604042ACSS2ENSG00000131069.15T>C4.4982e-5144093Caudate_basal_ganglia
Chr20:33604042MAP1LC3AENSG00000101460.8T>C5.4946e-5469384Anterior_cingulate_cortex

meQTL of rs3736802 in Fetal Brain

Probe ID Position Gene beta p-value
There is no meQTL annotation for this SNP

Genomic View

Chromatin Interaction

Enhancer Annotation (GRCh37.p13)

Chromosome Start End Region Distance ( -/+ : Up/Downstream )
chr203355694533557105E067-46937
chr203355711733557334E067-46708
chr203355763333557813E067-46229
chr203355791433557995E067-46047
chr203355827133558553E067-45489
chr203355862533558685E067-45357
chr203355879233558897E067-45145
chr203355899633559085E067-44957
chr203355914833559270E067-44772
chr203355928433559569E067-44473
chr203356560233566741E067-37301
chr203356875133569101E067-34941
chr203357428733574444E067-29598
chr203357469833574827E067-29215
chr203357494333575137E067-28905
chr203357516333575223E067-28819
chr203357522433575314E067-28728
chr203357537633576539E067-27503
chr203358442433584570E067-19472
chr203358574833585818E067-18224
chr203358584633585924E067-18118
chr203358594033586168E067-17874
chr203360042433600512E067-3530
chr203360057133600641E067-3401
chr203360067733600727E067-3315
chr203360080733600857E067-3185
chr203360143633601486E067-2556
chr203360151633601571E067-2471
chr203360171333601757E067-2285
chr203360176733601881E067-2161
chr203360197633602121E067-1921
chr203360222033602445E067-1597
chr203360253733602683E067-1359
chr203360269333602763E067-1279
chr203360305233603170E067-872
chr203360317533603338E067-704
chr203360336133603495E067-547
chr203360353833603618E067-424
chr203360371133603833E067-209
chr203360468733604741E067645
chr203360548133605561E0671439
chr203360812133608235E0674079
chr203360834433608778E0674302
chr203360879133609032E0674749
chr203360904133609189E0674999
chr203362695433627462E06722912
chr203362748233627588E06723440
chr203362777333627902E06723731
chr203362908233629132E06725040
chr203362923233629318E06725190
chr203362941633629466E06725374
chr203363003633630155E06725994
chr203363019233630285E06726150
chr203363558433635628E06731542
chr203363642433636579E06732382
chr203363659133637013E06732549
chr203363721433637431E06733172
chr203363765033637704E06733608
chr203363772533638167E06733683
chr203363963333639788E06735591
chr203364022233640263E06736180
chr203364027933640339E06736237
chr203364223533642344E06738193
chr203364236833642470E06738326
chr203364247233642703E06738430
chr203364270733642919E06738665
chr203364504533645207E06741003
chr203364523833645359E06741196
chr203364938333649427E06745341
chr203364957533649699E06745533
chr203365218733652359E06748145
chr203365244333652506E06748401
chr203365272233652780E06748680
chr203365279033652844E06748748
chr203365303033653201E06748988
chr203365325033653525E06749208
chr203355763333557813E068-46229
chr203355791433557995E068-46047
chr203355827133558553E068-45489
chr203355862533558685E068-45357
chr203355879233558897E068-45145
chr203355899633559085E068-44957
chr203355914833559270E068-44772
chr203356560233566741E068-37301
chr203357516333575223E068-28819
chr203357522433575314E068-28728
chr203357537633576539E068-27503
chr203358498933585740E068-18302
chr203358574833585818E068-18224
chr203358584633585924E068-18118
chr203358594033586168E068-17874
chr203360412633604183E06884
chr203360445133604501E068409
chr203360468733604741E068645
chr203360548133605561E0681439
chr203360564533605831E0681603
chr203360682833607043E0682786
chr203360709033607327E0683048
chr203360733033607384E0683288
chr203360742633607499E0683384
chr203360759833607638E0683556
chr203360764133607695E0683599
chr203360776233607866E0683720
chr203360812133608235E0684079
chr203360834433608778E0684302
chr203360940533609506E0685363
chr203360955433609613E0685512
chr203360980533610079E0685763
chr203362695433627462E06822912
chr203362748233627588E06823440
chr203362777333627902E06823731
chr203362792833628387E06823886
chr203363019233630285E06826150
chr203363435233634402E06830310
chr203363504333635093E06831001
chr203363558433635628E06831542
chr203363642433636579E06832382
chr203363659133637013E06832549
chr203363721433637431E06833172
chr203363765033637704E06833608
chr203363772533638167E06833683
chr203364247233642703E06838430
chr203364270733642919E06838665
chr203364938333649427E06845341
chr203365272233652780E06848680
chr203355589333556501E069-47541
chr203355659333556882E069-47160
chr203355694533557105E069-46937
chr203355711733557334E069-46708
chr203355763333557813E069-46229
chr203355791433557995E069-46047
chr203355827133558553E069-45489
chr203355862533558685E069-45357
chr203355879233558897E069-45145
chr203355899633559085E069-44957
chr203355914833559270E069-44772
chr203355928433559569E069-44473
chr203355980333560117E069-43925
chr203356493433565506E069-38536
chr203356560233566741E069-37301
chr203356862333568722E069-35320
chr203356875133569101E069-34941
chr203357356833573765E069-30277
chr203357379833573914E069-30128
chr203357428733574444E069-29598
chr203357469833574827E069-29215
chr203357494333575137E069-28905
chr203357516333575223E069-28819
chr203357522433575314E069-28728
chr203357537633576539E069-27503
chr203358574833585818E069-18224
chr203358584633585924E069-18118
chr203358594033586168E069-17874
chr203360080733600857E069-3185
chr203360143633601486E069-2556
chr203360151633601571E069-2471
chr203360171333601757E069-2285
chr203360176733601881E069-2161
chr203360197633602121E069-1921
chr203360222033602445E069-1597
chr203360253733602683E069-1359
chr203360269333602763E069-1279
chr203360305233603170E069-872
chr203360317533603338E069-704
chr203360336133603495E069-547
chr203360353833603618E069-424
chr203360371133603833E069-209
chr203360412633604183E06984
chr203360445133604501E069409
chr203360468733604741E069645
chr203360548133605561E0691439
chr203360564533605831E0691603
chr203360584833606138E0691806
chr203360626233606384E0692220
chr203360652833606620E0692486
chr203360663133606681E0692589
chr203360682833607043E0692786
chr203360709033607327E0693048
chr203360733033607384E0693288
chr203360742633607499E0693384
chr203360759833607638E0693556
chr203360764133607695E0693599
chr203360776233607866E0693720
chr203360812133608235E0694079
chr203360834433608778E0694302
chr203360879133609032E0694749
chr203360904133609189E0694999
chr203360940533609506E0695363
chr203360955433609613E0695512
chr203362695433627462E06922912
chr203362748233627588E06923440
chr203362777333627902E06923731
chr203362792833628387E06923886
chr203362858133628675E06924539
chr203362870733628993E06924665
chr203362908233629132E06925040
chr203362923233629318E06925190
chr203362941633629466E06925374
chr203363435233634402E06930310
chr203363504333635093E06931001
chr203363558433635628E06931542
chr203363642433636579E06932382
chr203363659133637013E06932549
chr203363721433637431E06933172
chr203363765033637704E06933608
chr203363772533638167E06933683
chr203363867533638725E06934633
chr203363874433639002E06934702
chr203365218733652359E06948145
chr203365244333652506E06948401
chr203365272233652780E06948680
chr203365279033652844E06948748
chr203365303033653201E06948988
chr203365325033653525E06949208
chr203355694533557105E071-46937
chr203355711733557334E071-46708
chr203355763333557813E071-46229
chr203355791433557995E071-46047
chr203355827133558553E071-45489
chr203355862533558685E071-45357
chr203355879233558897E071-45145
chr203355899633559085E071-44957
chr203355914833559270E071-44772
chr203355928433559569E071-44473
chr203355980333560117E071-43925
chr203356493433565506E071-38536
chr203356560233566741E071-37301
chr203356862333568722E071-35320
chr203356875133569101E071-34941
chr203357250333572746E071-31296
chr203357279833572878E071-31164
chr203357288133573564E071-30478
chr203357428733574444E071-29598
chr203357469833574827E071-29215
chr203357494333575137E071-28905
chr203357516333575223E071-28819
chr203357522433575314E071-28728
chr203357537633576539E071-27503
chr203358574833585818E071-18224
chr203358584633585924E071-18118
chr203358594033586168E071-17874
chr203360009533600308E071-3734
chr203360042433600512E071-3530
chr203360057133600641E071-3401
chr203360067733600727E071-3315
chr203360080733600857E071-3185
chr203360143633601486E071-2556
chr203360151633601571E071-2471
chr203360171333601757E071-2285
chr203360176733601881E071-2161
chr203360197633602121E071-1921
chr203360222033602445E071-1597
chr203360253733602683E071-1359
chr203360269333602763E071-1279
chr203360305233603170E071-872
chr203360317533603338E071-704
chr203360336133603495E071-547
chr203360353833603618E071-424
chr203360468733604741E071645
chr203360548133605561E0711439
chr203360564533605831E0711603
chr203360584833606138E0711806
chr203360626233606384E0712220
chr203360652833606620E0712486
chr203360663133606681E0712589
chr203360682833607043E0712786
chr203360709033607327E0713048
chr203360733033607384E0713288
chr203360742633607499E0713384
chr203360759833607638E0713556
chr203360764133607695E0713599
chr203360776233607866E0713720
chr203360812133608235E0714079
chr203360834433608778E0714302
chr203360879133609032E0714749
chr203360904133609189E0714999
chr203360940533609506E0715363
chr203360955433609613E0715512
chr203360980533610079E0715763
chr203362695433627462E07122912
chr203362748233627588E07123440
chr203362908233629132E07125040
chr203362923233629318E07125190
chr203362941633629466E07125374
chr203363019233630285E07126150
chr203363504333635093E07131001
chr203363558433635628E07131542
chr203363642433636579E07132382
chr203363659133637013E07132549
chr203363721433637431E07133172
chr203363765033637704E07133608
chr203363772533638167E07133683
chr203363867533638725E07134633
chr203363874433639002E07134702
chr203363932633639376E07135284
chr203363951333639563E07135471
chr203363963333639788E07135591
chr203364173333641808E07137691
chr203364223533642344E07138193
chr203364236833642470E07138326
chr203364247233642703E07138430
chr203364270733642919E07138665
chr203364322633643308E07139184
chr203364358333643969E07139541
chr203364420533644339E07140163
chr203364504533645207E07141003
chr203364523833645359E07141196
chr203364826433648314E07144222
chr203364865333648778E07144611
chr203364938333649427E07145341
chr203364957533649699E07145533
chr203365218733652359E07148145
chr203365244333652506E07148401
chr203365272233652780E07148680
chr203365279033652844E07148748
chr203365303033653201E07148988
chr203365325033653525E07149208
chr203355659333556882E072-47160
chr203355694533557105E072-46937
chr203355711733557334E072-46708
chr203355763333557813E072-46229
chr203355791433557995E072-46047
chr203355827133558553E072-45489
chr203355862533558685E072-45357
chr203355879233558897E072-45145
chr203355899633559085E072-44957
chr203355914833559270E072-44772
chr203355928433559569E072-44473
chr203355980333560117E072-43925
chr203356051233560578E072-43464
chr203356100933561089E072-42953
chr203356110533561199E072-42843
chr203356385533564420E072-39622
chr203356444633564547E072-39495
chr203356493433565506E072-38536
chr203356560233566741E072-37301
chr203356862333568722E072-35320
chr203356875133569101E072-34941
chr203357250333572746E072-31296
chr203357279833572878E072-31164
chr203357288133573564E072-30478
chr203357356833573765E072-30277
chr203357379833573914E072-30128
chr203357428733574444E072-29598
chr203357469833574827E072-29215
chr203357494333575137E072-28905
chr203357516333575223E072-28819
chr203357522433575314E072-28728
chr203357537633576539E072-27503
chr203358462633584938E072-19104
chr203358574833585818E072-18224
chr203358584633585924E072-18118
chr203358594033586168E072-17874
chr203359946733600060E072-3982
chr203360009533600308E072-3734
chr203360042433600512E072-3530
chr203360057133600641E072-3401
chr203360067733600727E072-3315
chr203360080733600857E072-3185
chr203360143633601486E072-2556
chr203360151633601571E072-2471
chr203360171333601757E072-2285
chr203360176733601881E072-2161
chr203360197633602121E072-1921
chr203360222033602445E072-1597
chr203360253733602683E072-1359
chr203360269333602763E072-1279
chr203360305233603170E072-872
chr203360317533603338E072-704
chr203360336133603495E072-547
chr203360353833603618E072-424
chr203360371133603833E072-209
chr203360412633604183E07284
chr203360445133604501E072409
chr203360468733604741E072645
chr203360548133605561E0721439
chr203360564533605831E0721603
chr203360584833606138E0721806
chr203360776233607866E0723720
chr203360812133608235E0724079
chr203360834433608778E0724302
chr203360879133609032E0724749
chr203360904133609189E0724999
chr203360940533609506E0725363
chr203360955433609613E0725512
chr203361167333611903E0727631
chr203363003633630155E07225994
chr203363019233630285E07226150
chr203363558433635628E07231542
chr203363642433636579E07232382
chr203363659133637013E07232549
chr203363721433637431E07233172
chr203363765033637704E07233608
chr203363772533638167E07233683
chr203364938333649427E07245341
chr203364957533649699E07245533
chr203365218733652359E07248145
chr203365244333652506E07248401
chr203365272233652780E07248680
chr203365279033652844E07248748
chr203365303033653201E07248988
chr203365325033653525E07249208
chr203355763333557813E073-46229
chr203355791433557995E073-46047
chr203355827133558553E073-45489
chr203355862533558685E073-45357
chr203355879233558897E073-45145
chr203355899633559085E073-44957
chr203355914833559270E073-44772
chr203356560233566741E073-37301
chr203357469833574827E073-29215
chr203357494333575137E073-28905
chr203357516333575223E073-28819
chr203357522433575314E073-28728
chr203357537633576539E073-27503
chr203358399433584092E073-19950
chr203358418533584229E073-19813
chr203358433333584394E073-19648
chr203358442433584570E073-19472
chr203358462633584938E073-19104
chr203358498933585740E073-18302
chr203358574833585818E073-18224
chr203358584633585924E073-18118
chr203358594033586168E073-17874
chr203359946733600060E073-3982
chr203360009533600308E073-3734
chr203360042433600512E073-3530
chr203360057133600641E073-3401
chr203360067733600727E073-3315
chr203360253733602683E073-1359
chr203360269333602763E073-1279
chr203360548133605561E0731439
chr203360682833607043E0732786
chr203360709033607327E0733048
chr203360733033607384E0733288
chr203360742633607499E0733384
chr203360759833607638E0733556
chr203360764133607695E0733599
chr203360776233607866E0733720
chr203360812133608235E0734079
chr203360834433608778E0734302
chr203360879133609032E0734749
chr203360904133609189E0734999
chr203360940533609506E0735363
chr203360955433609613E0735512
chr203363721433637431E07333172
chr203363765033637704E07333608
chr203363772533638167E07333683
chr203365303033653201E07348988
chr203365325033653525E07349208
chr203355659333556882E074-47160
chr203355694533557105E074-46937
chr203355711733557334E074-46708
chr203355763333557813E074-46229
chr203355791433557995E074-46047
chr203355827133558553E074-45489
chr203355862533558685E074-45357
chr203355879233558897E074-45145
chr203355899633559085E074-44957
chr203355914833559270E074-44772
chr203355928433559569E074-44473
chr203356493433565506E074-38536
chr203356560233566741E074-37301
chr203356862333568722E074-35320
chr203356875133569101E074-34941
chr203357124233571371E074-32671
chr203357428733574444E074-29598
chr203357469833574827E074-29215
chr203357494333575137E074-28905
chr203357516333575223E074-28819
chr203357522433575314E074-28728
chr203357537633576539E074-27503
chr203359946733600060E074-3982
chr203360009533600308E074-3734
chr203360042433600512E074-3530
chr203360057133600641E074-3401
chr203360067733600727E074-3315
chr203360080733600857E074-3185
chr203360222033602445E074-1597
chr203360253733602683E074-1359
chr203360269333602763E074-1279
chr203360305233603170E074-872
chr203360317533603338E074-704
chr203360336133603495E074-547
chr203360353833603618E074-424
chr203360371133603833E074-209
chr203360412633604183E07484
chr203360445133604501E074409
chr203360468733604741E074645
chr203360548133605561E0741439
chr203360564533605831E0741603
chr203360584833606138E0741806
chr203360682833607043E0742786
chr203360709033607327E0743048
chr203360733033607384E0743288
chr203360742633607499E0743384
chr203360759833607638E0743556
chr203360764133607695E0743599
chr203360776233607866E0743720
chr203360812133608235E0744079
chr203360834433608778E0744302
chr203360940533609506E0745363
chr203360955433609613E0745512
chr203360980533610079E0745763
chr203362540633625446E07421364
chr203362553633625576E07421494
chr203362585933625909E07421817
chr203362595533626005E07421913
chr203362777333627902E07423731
chr203363003633630155E07425994
chr203363019233630285E07426150
chr203363558433635628E07431542
chr203363642433636579E07432382
chr203363721433637431E07433172
chr203363765033637704E07433608
chr203363772533638167E07433683
chr203363867533638725E07434633
chr203363874433639002E07434702
chr203363932633639376E07435284
chr203363951333639563E07435471
chr203363963333639788E07435591
chr203363983433639884E07435792
chr203363995833640012E07435916
chr203364116333641223E07437121
chr203364173333641808E07437691
chr203364223533642344E07438193
chr203364236833642470E07438326
chr203364322633643308E07439184
chr203364358333643969E07439541
chr203364504533645207E07441003
chr203364523833645359E07441196
chr203364616933646244E07442127
chr203364938333649427E07445341
chr203364957533649699E07445533
chr203365102033651070E07446978
chr203365115433651204E07447112
chr203365132433651374E07447282
chr203365218733652359E07448145
chr203365244333652506E07448401
chr203365272233652780E07448680
chr203365279033652844E07448748
chr203365303033653201E07448988
chr203365325033653525E07449208
chr203358498933585740E081-18302