rs39109

Homo sapiens
C>T
CHN2 : Intron Variant
Check p-value
SNV (Single Nucleotide Variation)
T=0221 (6636/29932,GnomAD)
T=0203 (5919/29118,TOPMED)
T=0188 (941/5008,1000G)
T=0289 (1113/3854,ALSPAC)
T=0266 (986/3708,TWINSUK)
chr7:29279650 (GRCh38.p7) (7p14.3)
ND
GWASdb2
1   publication(s)
See rs on genome
0 Promoter around

Genomic Coordinates

Sequence Name Change(s)
GRCh38.p7 chr 7NC_000007.14:g.29279650C>T
GRCh37.p13 chr 7NC_000007.13:g.29319266C>T
CHN2 RefSeqGeneNG_029365.2:g.138104C>T

Gene: CHN2, chimerin 2(plus strand)

Molecule type Change Amino acid[Codon] SO Term
CHN2 transcript variant 3NM_001293069.1:c.N/AIntron Variant
CHN2 transcript variant 4NM_001293070.1:c.N/AIntron Variant
CHN2 transcript variant 5NM_001293071.1:c.N/AIntron Variant
CHN2 transcript variant 6NM_001293072.1:c.N/AIntron Variant
CHN2 transcript variant 2NM_004067.3:c.N/AIntron Variant
CHN2 transcript variant 1NM_001039936.2:c.N/AGenic Upstream Transcript Variant
CHN2 transcript variant 7NM_001293073.1:c.N/AGenic Upstream Transcript Variant
CHN2 transcript variant 8NM_001293075.1:c.N/AGenic Upstream Transcript Variant
CHN2 transcript variant 9NM_001293076.1:c.N/AGenic Upstream Transcript Variant
CHN2 transcript variant 10NM_001293077.1:c.N/AGenic Upstream Transcript Variant
CHN2 transcript variant 11NM_001293078.1:c.N/AGenic Upstream Transcript Variant
CHN2 transcript variant 12NM_001293079.1:c.N/AGenic Upstream Transcript Variant
CHN2 transcript variant 13NM_001293080.1:c.N/AGenic Upstream Transcript Variant
CHN2 transcript variant 14NM_001293081.1:c.N/AGenic Upstream Transcript Variant
CHN2 transcript variant 15NR_120524.1:n.N/AGenic Upstream Transcript Variant
CHN2 transcript variant 16NR_120525.1:n.N/AGenic Upstream Transcript Variant
CHN2 transcript variant X2XM_011515105.2:c.N/AIntron Variant
CHN2 transcript variant X3XM_011515106.2:c.N/AIntron Variant
CHN2 transcript variant X5XM_011515107.2:c.N/AIntron Variant
CHN2 transcript variant X1XM_017011721.1:c.N/AIntron Variant
CHN2 transcript variant X4XM_017011722.1:c.N/AIntron Variant

Population Frequency

Study Population Group Sample # Ref Allele Alt Allele
1000GenomesAfricanSub1322C=0.882T=0.118
1000GenomesAmericanSub694C=0.760T=0.240
1000GenomesEast AsianSub1008C=0.778T=0.222
1000GenomesEuropeSub1006C=0.745T=0.255
1000GenomesGlobalStudy-wide5008C=0.812T=0.188
1000GenomesSouth AsianSub978C=0.860T=0.140
The Avon Longitudinal Study of Parents and ChildrenPARENT AND CHILD COHORTStudy-wide3854C=0.711T=0.289
The Genome Aggregation DatabaseAfricanSub8710C=0.855T=0.145
The Genome Aggregation DatabaseAmericanSub836C=0.800T=0.200
The Genome Aggregation DatabaseEast AsianSub1618C=0.769T=0.231
The Genome Aggregation DatabaseEuropeSub18466C=0.742T=0.257
The Genome Aggregation DatabaseGlobalStudy-wide29932C=0.778T=0.221
The Genome Aggregation DatabaseOtherSub302C=0.760T=0.240
Trans-Omics for Precision MedicineGlobalStudy-wide29118C=0.796T=0.203
UK 10K study - TwinsTWIN COHORTStudy-wide3708C=0.734T=0.266
PMID Title Author Journal
19268276Genome-wide association study of smoking initiation and current smoking.Vink JMAm J Hum Genet

P-Value

SNP ID p-value Traits Study
rs391090.000813nicotine smoking19268276

eQTL of rs39109 in Brain tissues (GTEx Analysis Release V7)

Position (v37) eGene GeneID Variant p-value TSS Tissue
There is no eQTL annotation for this SNP

meQTL of rs39109 in Fetal Brain

Probe ID Position Gene beta p-value
There is no meQTL annotation for this SNP

Genomic View

Chromatin Interaction

There is no significant Hi-C chromatin interaction data for this SNP.

Enhancer Annotation (GRCh37.p13)

Chromosome Start End Region Distance ( -/+ : Up/Downstream )
chr72931161029311663E067-7603
chr72931180629311941E067-7325
chr72931195829312008E067-7258
chr72932077429320814E0671508
chr72932086129320911E0671595
chr72932097429321088E0671708
chr72932419629324395E0674930
chr72932647129326521E0677205
chr72932669129327031E0677425
chr72932708829327325E0677822
chr72932736729327479E0678101
chr72932759129327669E0678325
chr72932784829327908E0678582
chr72932807029329617E0678804
chr72932991729329983E06710651
chr72933259829332911E06713332
chr72933309629333198E06713830
chr72934131629341601E06722050
chr72934162229341677E06722356
chr72934169429341769E06722428
chr72934572329345888E06726457
chr72934590829346777E06726642
chr72934687829346928E06727612
chr72934703029347115E06727764
chr72934723229347323E06727966
chr72934735329347477E06728087
chr72935482029355134E06735554
chr72935517829355246E06735912
chr72935532229355372E06736056
chr72935666829356757E06737402
chr72935725229357306E06737986
chr72935746429357514E06738198
chr72935757329357658E06738307
chr72935788529357985E06738619
chr72935799429358183E06738728
chr72935861829358693E06739352
chr72935869729358751E06739431
chr72935879529358925E06739529
chr72935895929359006E06739693
chr72935923029359304E06739964
chr72935931729360014E06740051
chr72936039029360614E06741124
chr72936063929360689E06741373
chr72936070929360761E06741443
chr72928350129284347E068-34919
chr72931133929311448E068-7818
chr72931147929311533E068-7733
chr72931161029311663E068-7603
chr72931180629311941E068-7325
chr72931195829312008E068-7258
chr72931466429314770E068-4496
chr72932254729322960E0683281
chr72932708829327325E0687822
chr72932736729327479E0688101
chr72932759129327669E0688325
chr72934590829346777E06826642
chr72934687829346928E06827612
chr72935482029355134E06835554
chr72935517829355246E06835912
chr72935532229355372E06836056
chr72935746429357514E06838198
chr72935757329357658E06838307
chr72935788529357985E06838619
chr72935799429358183E06838728
chr72935861829358693E06839352
chr72935869729358751E06839431
chr72935879529358925E06839529
chr72935931729360014E06840051
chr72936150429361959E06842238
chr72928690629287431E069-31835
chr72928758729287659E069-31607
chr72928769829287748E069-31518
chr72928776929287823E069-31443
chr72928791929287978E069-31288
chr72928804429288104E069-31162
chr72929423829295065E069-24201
chr72931133929311448E069-7818
chr72931147929311533E069-7733
chr72931161029311663E069-7603
chr72931180629311941E069-7325
chr72931195829312008E069-7258
chr72931345229313496E069-5770
chr72931353829313592E069-5674
chr72931440529314615E069-4651
chr72931466429314770E069-4496
chr72931491629314966E069-4300
chr72931526829315379E069-3887
chr72931554429315602E069-3664
chr72931567829315728E069-3538
chr72931573229315844E069-3422
chr72931589029316002E069-3264
chr72931603829316347E069-2919
chr72931646729316517E069-2749
chr72931652329316597E069-2669
chr72931667929316750E069-2516
chr72931682429316866E069-2400
chr72931699829317811E069-1455
chr72932097429321088E0691708
chr72932114629322139E0691880
chr72932669129327031E0697425
chr72932708829327325E0697822
chr72932736729327479E0698101
chr72932759129327669E0698325
chr72932784829327908E0698582
chr72932991729329983E06910651
chr72933142329331777E06912157
chr72933190429332025E06912638
chr72933206929332386E06912803
chr72934103929341139E06921773
chr72934131629341601E06922050
chr72934162229341677E06922356
chr72934169429341769E06922428
chr72934200229342052E06922736
chr72934223929343045E06922973
chr72934539629345446E06926130
chr72934562829345717E06926362
chr72934572329345888E06926457
chr72934590829346777E06926642
chr72934687829346928E06927612
chr72934703029347115E06927764
chr72935087729350955E06931611
chr72935095929351009E06931693
chr72935128129351365E06932015
chr72935482029355134E06935554
chr72935517829355246E06935912
chr72935532229355372E06936056
chr72935560129355699E06936335
chr72935647429356561E06937208
chr72935666829356757E06937402
chr72935725229357306E06937986
chr72935746429357514E06938198
chr72935757329357658E06938307
chr72935788529357985E06938619
chr72935799429358183E06938728
chr72935861829358693E06939352
chr72935869729358751E06939431
chr72935879529358925E06939529
chr72935895929359006E06939693
chr72935923029359304E06939964
chr72935931729360014E06940051
chr72936039029360614E06941124
chr72936063929360689E06941373
chr72936070929360761E06941443
chr72936150429361959E06942238
chr72936242329362473E06943157
chr72936269029362797E06943424
chr72936280529363195E06943539
chr72931368629314287E070-4979
chr72931440529314615E070-4651
chr72931466429314770E070-4496
chr72931491629314966E070-4300
chr72931526829315379E070-3887
chr72931554429315602E070-3664
chr72931567829315728E070-3538
chr72931573229315844E070-3422
chr72931589029316002E070-3264
chr72931603829316347E070-2919
chr72931646729316517E070-2749
chr72931652329316597E070-2669
chr72931667929316750E070-2516
chr72931682429316866E070-2400
chr72931815329318631E070-635
chr72931890929318959E070-307
chr72932784829327908E0708582
chr72932807029329617E0708804
chr72934539629345446E07026130
chr72934562829345717E07026362
chr72934572329345888E07026457
chr72934590829346777E07026642
chr72934687829346928E07027612
chr72934703029347115E07027764
chr72934723229347323E07027966
chr72934735329347477E07028087
chr72928690629287431E071-31835
chr72928758729287659E071-31607
chr72928769829287748E071-31518
chr72928776929287823E071-31443
chr72928791929287978E071-31288
chr72928804429288104E071-31162
chr72928810829288460E071-30806
chr72928847129289269E071-29997
chr72929423829295065E071-24201
chr72930472329304796E071-14470
chr72930483629305096E071-14170
chr72930512429305225E071-14041
chr72930525629305412E071-13854
chr72931055229311320E071-7946
chr72931133929311448E071-7818
chr72931147929311533E071-7733
chr72931161029311663E071-7603
chr72931180629311941E071-7325
chr72931195829312008E071-7258
chr72931440529314615E071-4651
chr72931466429314770E071-4496
chr72931589029316002E071-3264
chr72931603829316347E071-2919
chr72931646729316517E071-2749
chr72931652329316597E071-2669
chr72931667929316750E071-2516
chr72931682429316866E071-2400
chr72932097429321088E0711708
chr72932114629322139E0711880
chr72932254729322960E0713281
chr72932647129326521E0717205
chr72932669129327031E0717425
chr72932708829327325E0717822
chr72932736729327479E0718101
chr72932759129327669E0718325
chr72932784829327908E0718582
chr72932991729329983E07110651
chr72933018329330267E07110917
chr72933190429332025E07112638
chr72933206929332386E07112803
chr72933259829332911E07113332
chr72934131629341601E07122050
chr72934162229341677E07122356
chr72934169429341769E07122428
chr72934200229342052E07122736
chr72934562829345717E07126362
chr72934572329345888E07126457
chr72934590829346777E07126642
chr72934687829346928E07127612
chr72934703029347115E07127764
chr72934723229347323E07127966
chr72934735329347477E07128087
chr72935482029355134E07135554
chr72935517829355246E07135912
chr72935532229355372E07136056
chr72935560129355699E07136335
chr72935647429356561E07137208
chr72935666829356757E07137402
chr72935725229357306E07137986
chr72935746429357514E07138198
chr72935757329357658E07138307
chr72935788529357985E07138619
chr72935799429358183E07138728
chr72935861829358693E07139352
chr72935869729358751E07139431
chr72935879529358925E07139529
chr72935895929359006E07139693
chr72935923029359304E07139964
chr72936039029360614E07141124
chr72936063929360689E07141373
chr72936070929360761E07141443
chr72936109529361145E07141829
chr72936150429361959E07142238
chr72936242329362473E07143157
chr72936269029362797E07143424
chr72936280529363195E07143539
chr72928690629287431E072-31835
chr72928758729287659E072-31607
chr72928769829287748E072-31518
chr72928776929287823E072-31443
chr72928791929287978E072-31288
chr72929423829295065E072-24201
chr72929517429296378E072-22888
chr72930472329304796E072-14470
chr72931055229311320E072-7946
chr72931133929311448E072-7818
chr72931147929311533E072-7733
chr72931161029311663E072-7603
chr72931180629311941E072-7325
chr72931195829312008E072-7258
chr72931345229313496E072-5770
chr72931353829313592E072-5674
chr72931466429314770E072-4496
chr72931646729316517E072-2749
chr72931652329316597E072-2669
chr72931667929316750E072-2516
chr72931682429316866E072-2400
chr72931699829317811E072-1455
chr72932077429320814E0721508
chr72932086129320911E0721595
chr72932097429321088E0721708
chr72932114629322139E0721880
chr72932254729322960E0723281
chr72932669129327031E0727425
chr72932708829327325E0727822
chr72932736729327479E0728101
chr72932759129327669E0728325
chr72932991729329983E07210651
chr72933018329330267E07210917
chr72933071329330819E07211447
chr72933259829332911E07213332
chr72934162229341677E07222356
chr72934169429341769E07222428
chr72934200229342052E07222736
chr72934223929343045E07222973
chr72934539629345446E07226130
chr72934562829345717E07226362
chr72934572329345888E07226457
chr72934590829346777E07226642
chr72934687829346928E07227612
chr72934703029347115E07227764
chr72934723229347323E07227966
chr72934735329347477E07228087
chr72935482029355134E07235554
chr72935517829355246E07235912
chr72935532229355372E07236056
chr72935560129355699E07236335
chr72935647429356561E07237208
chr72935666829356757E07237402
chr72935725229357306E07237986
chr72935746429357514E07238198
chr72935757329357658E07238307
chr72935788529357985E07238619
chr72935799429358183E07238728
chr72935861829358693E07239352
chr72935869729358751E07239431
chr72935879529358925E07239529
chr72935895929359006E07239693
chr72935923029359304E07239964
chr72936039029360614E07241124
chr72936063929360689E07241373
chr72936070929360761E07241443
chr72936109529361145E07241829
chr72936150429361959E07242238
chr72936242329362473E07243157
chr72936269029362797E07243424
chr72936280529363195E07243539
chr72932077429320814E0731508
chr72932086129320911E0731595
chr72932097429321088E0731708
chr72932114629322139E0731880
chr72932254729322960E0733281
chr72932807029329617E0738804
chr72933944929339634E07320183
chr72933964129340066E07320375
chr72934009529340200E07320829
chr72935757329357658E07338307
chr72935788529357985E07338619
chr72935799429358183E07338728
chr72935861829358693E07339352
chr72935869729358751E07339431
chr72935879529358925E07339529
chr72935895929359006E07339693
chr72935923029359304E07339964
chr72935931729360014E07340051
chr72928690629287431E074-31835
chr72928758729287659E074-31607
chr72928769829287748E074-31518
chr72928776929287823E074-31443
chr72928791929287978E074-31288
chr72928804429288104E074-31162
chr72928810829288460E074-30806
chr72929423829295065E074-24201
chr72929517429296378E074-22888
chr72930818529308260E074-11006
chr72931055229311320E074-7946
chr72931133929311448E074-7818
chr72931147929311533E074-7733
chr72931161029311663E074-7603
chr72931180629311941E074-7325
chr72931195829312008E074-7258
chr72931345229313496E074-5770
chr72931353829313592E074-5674
chr72931491629314966E074-4300
chr72931526829315379E074-3887
chr72931554429315602E074-3664
chr72931567829315728E074-3538
chr72931573229315844E074-3422
chr72931589029316002E074-3264
chr72931603829316347E074-2919
chr72931646729316517E074-2749
chr72931652329316597E074-2669
chr72931667929316750E074-2516
chr72931682429316866E074-2400
chr72931699829317811E074-1455
chr72931784329318138E074-1128
chr72932077429320814E0741508
chr72932086129320911E0741595
chr72932097429321088E0741708
chr72932114629322139E0741880
chr72932254729322960E0743281
chr72932669129327031E0747425
chr72932708829327325E0747822
chr72932736729327479E0748101
chr72932759129327669E0748325
chr72932991729329983E07410651
chr72933018329330267E07410917
chr72933071329330819E07411447
chr72933129929331373E07412033
chr72933142329331777E07412157
chr72933259829332911E07413332
chr72933309629333198E07413830
chr72933328429333342E07414018
chr72933754829337653E07418282
chr72933765629337706E07418390
chr72933779329337867E07418527
chr72933791129338174E07418645
chr72933876329339039E07419497
chr72934131629341601E07422050
chr72934162229341677E07422356
chr72934169429341769E07422428
chr72934371229344049E07424446
chr72934407329344133E07424807
chr72934539629345446E07426130
chr72934562829345717E07426362
chr72934572329345888E07426457
chr72934590829346777E07426642
chr72934687829346928E07427612
chr72934703029347115E07427764
chr72935087729350955E07431611
chr72935095929351009E07431693
chr72935128129351365E07432015
chr72935247529352525E07433209
chr72935482029355134E07435554
chr72935517829355246E07435912
chr72935532229355372E07436056
chr72935560129355699E07436335
chr72935647429356561E07437208
chr72935666829356757E07437402
chr72935725229357306E07437986
chr72935746429357514E07438198
chr72935757329357658E07438307
chr72935788529357985E07438619
chr72935799429358183E07438728
chr72935861829358693E07439352
chr72935869729358751E07439431
chr72935879529358925E07439529
chr72935895929359006E07439693
chr72935923029359304E07439964
chr72935931729360014E07440051
chr72936039029360614E07441124
chr72936063929360689E07441373
chr72936070929360761E07441443
chr72936109529361145E07441829
chr72936150429361959E07442238
chr72936280529363195E07443539
chr72936764629368007E07448380
chr72936825929368370E07448993
chr72936838629368616E07449120
chr72926931429269423E081-49843
chr72931180629311941E081-7325
chr72931368629314287E081-4979
chr72931440529314615E081-4651
chr72931682429316866E081-2400
chr72931699829317811E081-1455
chr72931784329318138E081-1128
chr72931815329318631E081-635
chr72931890929318959E081-307
chr72931901929319119E081-147
chr72931920629319246E081-20
chr72931932429319383E08158
chr72932097429321088E0811708
chr72932114629322139E0811880
chr72932254729322960E0813281
chr72932603429326146E0816768
chr72932784829327908E0818582
chr72932807029329617E0818804
chr72932991729329983E08110651
chr72933018329330267E08110917
chr72933071329330819E08111447
chr72933129929331373E08112033
chr72933142329331777E08112157
chr72933190429332025E08112638
chr72933206929332386E08112803
chr72933259829332911E08113332
chr72933309629333198E08113830
chr72933328429333342E08114018
chr72933399729334598E08114731
chr72933779329337867E08118527
chr72933791129338174E08118645
chr72933876329339039E08119497
chr72933906429339150E08119798
chr72934103929341139E08121773
chr72934131629341601E08122050
chr72934162229341677E08122356
chr72934169429341769E08122428
chr72934200229342052E08122736
chr72934223929343045E08122973
chr72934308829343205E08123822
chr72934371229344049E08124446
chr72934407329344133E08124807
chr72934421029344316E08124944
chr72934437429344833E08125108
chr72934539629345446E08126130
chr72934562829345717E08126362
chr72934572329345888E08126457
chr72934590829346777E08126642
chr72935482029355134E08135554
chr72935517829355246E08135912
chr72935532229355372E08136056
chr72935931729360014E08140051
chr72936717229367381E08147906
chr72936764629368007E08148380
chr72936825929368370E08148993
chr72936838629368616E08149120
chr72931345229313496E082-5770
chr72931353829313592E082-5674
chr72931368629314287E082-4979
chr72931589029316002E082-3264
chr72931603829316347E082-2919
chr72931646729316517E082-2749
chr72931652329316597E082-2669
chr72931667929316750E082-2516
chr72931682429316866E082-2400
chr72931815329318631E082-635
chr72931890929318959E082-307
chr72932097429321088E0821708
chr72932114629322139E0821880
chr72932736729327479E0828101
chr72932759129327669E0828325
chr72932784829327908E0828582
chr72932807029329617E0828804
chr72932991729329983E08210651
chr72933129929331373E08212033
chr72933142329331777E08212157
chr72933190429332025E08212638
chr72933206929332386E08212803
chr72933259829332911E08213332
chr72933309629333198E08213830
chr72933328429333342E08214018
chr72933399729334598E08214731
chr72934223929343045E08222973
chr72934437429344833E08225108
chr72934539629345446E08226130
chr72934562829345717E08226362
chr72934572329345888E08226457
chr72935482029355134E08235554
chr72935517829355246E08235912
chr72935532229355372E08236056