rs6033557

Homo sapiens
A>G
FKBP1A-SDCBP2 : Intron Variant
SDCBP2-AS1 : Intron Variant
Check p-value
SNV (Single Nucleotide Variation)
G=0318 (9546/29932,GnomAD)
G=0302 (8820/29118,TOPMED)
G=0429 (2147/5008,1000G)
G=0330 (1270/3854,ALSPAC)
G=0328 (1217/3708,TWINSUK)
chr20:1367898 (GRCh38.p7) (20p13)
ND
GWASdb2
1   publication(s)
See rs on genome
367 Enhancers around
10 Promoters around

Genomic Coordinates

Sequence Name Change(s)
GRCh38.p7 chr 20NC_000020.11:g.1367898A>G
GRCh37.p13 chr 20NC_000020.10:g.1348542A>G

Gene: FKBP1A-SDCBP2, FKBP1A-SDCBP2 readthrough (NMD candidate)(minus strand)

Molecule type Change Amino acid[Codon] SO Term
FKBP1A-SDCBP2 transcriptNR_037661.1:n.N/AIntron Variant

Gene: SDCBP2-AS1, SDCBP2 antisense RNA 1(plus strand)

Molecule type Change Amino acid[Codon] SO Term
SDCBP2-AS1 transcript variant 1NR_040047.1:n.N/AIntron Variant
SDCBP2-AS1 transcript variant 2NR_040048.1:n.N/AIntron Variant
SDCBP2-AS1 transcript variant 3NR_040049.1:n.N/AIntron Variant

Population Frequency

Study Population Group Sample # Ref Allele Alt Allele
1000GenomesAfricanSub1322A=0.784G=0.216
1000GenomesAmericanSub694A=0.540G=0.460
1000GenomesEast AsianSub1008A=0.241G=0.759
1000GenomesEuropeSub1006A=0.676G=0.324
1000GenomesGlobalStudy-wide5008A=0.571G=0.429
1000GenomesSouth AsianSub978A=0.540G=0.460
The Avon Longitudinal Study of Parents and ChildrenPARENT AND CHILD COHORTStudy-wide3854A=0.670G=0.330
The Genome Aggregation DatabaseAfricanSub8712A=0.754G=0.246
The Genome Aggregation DatabaseAmericanSub838A=0.520G=0.480
The Genome Aggregation DatabaseEast AsianSub1616A=0.183G=0.817
The Genome Aggregation DatabaseEuropeSub18464A=0.699G=0.301
The Genome Aggregation DatabaseGlobalStudy-wide29932A=0.681G=0.318
The Genome Aggregation DatabaseOtherSub302A=0.600G=0.400
Trans-Omics for Precision MedicineGlobalStudy-wide29118A=0.697G=0.302
UK 10K study - TwinsTWIN COHORTStudy-wide3708A=0.672G=0.328
PMID Title Author Journal
22377092ANAPC1 and SLCO3A1 are associated with nicotine dependence: meta-analysis of genome-wide association studies.Wang KSDrug Alcohol Depend

P-Value

SNP ID p-value Traits Study
rs60335578.8E-05nicotine dependence (smoking)22377092

eQTL of rs6033557 in Brain tissues (GTEx Analysis Release V7)

Position (v37) eGene GeneID Variant p-value TSS Tissue
There is no eQTL annotation for this SNP

meQTL of rs6033557 in Fetal Brain

Probe ID Position Gene beta p-value
There is no meQTL annotation for this SNP

Genomic View

Chromatin Interaction

There is no significant Hi-C chromatin interaction data for this SNP.

Enhancer Annotation (GRCh37.p13)

Chromosome Start End Region Distance ( -/+ : Up/Downstream )
chr2013085031309204E067-39338
chr2013092331309324E067-39218
chr2013093571310643E067-37899
chr2013107011311358E067-37184
chr2013115971311749E067-36793
chr2013168471317045E067-31497
chr2013170711317143E067-31399
chr2013171711317275E067-31267
chr2013173651318049E067-30493
chr2013181021318180E067-30362
chr2013221661322246E067-26296
chr2013224261322470E067-26072
chr2013225701323182E067-25360
chr2013506481350953E0672106
chr2013509631351126E0672421
chr2013511901351238E0672648
chr2013512741351538E0672732
chr2013516101351849E0673068
chr2013519551352157E0673413
chr2013521581352275E0673616
chr2013536711353735E0675129
chr2013537731353885E0675231
chr2013539461354578E0675404
chr2013548231355310E0676281
chr2013562221356495E0677680
chr2013565201356729E0677978
chr2013567331356951E0678191
chr2013573711358275E0678829
chr2013582991358503E0679757
chr2013585951359117E06710053
chr2013591551359352E06710613
chr2013593961359564E06710854
chr2013595801359665E06711038
chr2013597321359835E06711190
chr2013598741359977E06711332
chr2013600161360349E06711474
chr2013603551360395E06711813
chr2013603981360604E06711856
chr2013614331361483E06712891
chr2013616821361737E06713140
chr2013621621362260E06713620
chr2013627351363252E06714193
chr2013634031363635E06714861
chr2013636401363719E06715098
chr2013637751363960E06715233
chr2013661951366358E06717653
chr2013664131366473E06717871
chr2013664811366539E06717939
chr2013666871366737E06718145
chr2013668661367045E06718324
chr2013673531367465E06718811
chr2013688331368915E06720291
chr2013689751369127E06720433
chr2013701811370966E06721639
chr2013746691374797E06726127
chr2013085031309204E068-39338
chr2013092331309324E068-39218
chr2013093571310643E068-37899
chr2013107011311358E068-37184
chr2013115971311749E068-36793
chr2013119191312038E068-36504
chr2013171711317275E068-31267
chr2013173651318049E068-30493
chr2013495221349850E068980
chr2013506481350953E0682106
chr2013509631351126E0682421
chr2013511901351238E0682648
chr2013512741351538E0682732
chr2013516101351849E0683068
chr2013519551352157E0683413
chr2013521581352275E0683616
chr2013526311352722E0684089
chr2013529961353050E0684454
chr2013531001353156E0684558
chr2013531751353249E0684633
chr2013536711353735E0685129
chr2013537731353885E0685231
chr2013539461354578E0685404
chr2013548231355310E0686281
chr2013562221356495E0687680
chr2013565201356729E0687978
chr2013567331356951E0688191
chr2013570541357309E0688512
chr2013573711358275E0688829
chr2013582991358503E0689757
chr2013585951359117E06810053
chr2013591551359352E06810613
chr2013593961359564E06810854
chr2013595801359665E06811038
chr2013597321359835E06811190
chr2013598741359977E06811332
chr2013600161360349E06811474
chr2013603551360395E06811813
chr2013603981360604E06811856
chr2013606271360697E06812085
chr2013608191360915E06812277
chr2013609691361122E06812427
chr2013614331361483E06812891
chr2013627351363252E06814193
chr2013634031363635E06814861
chr2013636401363719E06815098
chr2013637751363960E06815233
chr2013641611364213E06815619
chr2013668661367045E06818324
chr2013689751369127E06820433
chr2013691321369382E06820590
chr2013085031309204E069-39338
chr2013092331309324E069-39218
chr2013093571310643E069-37899
chr2013107011311358E069-37184
chr2013115971311749E069-36793
chr2013168471317045E069-31497
chr2013170711317143E069-31399
chr2013171711317275E069-31267
chr2013173651318049E069-30493
chr2013181021318180E069-30362
chr2013182671318410E069-30132
chr2013185751318621E069-29921
chr2013186631318714E069-29828
chr2013506481350953E0692106
chr2013509631351126E0692421
chr2013511901351238E0692648
chr2013512741351538E0692732
chr2013516101351849E0693068
chr2013519551352157E0693413
chr2013521581352275E0693616
chr2013526311352722E0694089
chr2013529961353050E0694454
chr2013531001353156E0694558
chr2013531751353249E0694633
chr2013536711353735E0695129
chr2013537731353885E0695231
chr2013539461354578E0695404
chr2013548231355310E0696281
chr2013562221356495E0697680
chr2013565201356729E0697978
chr2013567331356951E0698191
chr2013570541357309E0698512
chr2013573711358275E0698829
chr2013582991358503E0699757
chr2013585951359117E06910053
chr2013591551359352E06910613
chr2013593961359564E06910854
chr2013595801359665E06911038
chr2013597321359835E06911190
chr2013598741359977E06911332
chr2013600161360349E06911474
chr2013603551360395E06911813
chr2013603981360604E06911856
chr2013606271360697E06912085
chr2013608191360915E06912277
chr2013609691361122E06912427
chr2013627351363252E06914193
chr2013634031363635E06914861
chr2013636401363719E06915098
chr2013637751363960E06915233
chr2013688331368915E06920291
chr2013689751369127E06920433
chr2013691321369382E06920590
chr2013746691374797E06926127
chr2013085031309204E070-39338
chr2013701811370966E07021639
chr2013085031309204E071-39338
chr2013092331309324E071-39218
chr2013168471317045E071-31497
chr2013170711317143E071-31399
chr2013171711317275E071-31267
chr2013173651318049E071-30493
chr2013181021318180E071-30362
chr2013182671318410E071-30132
chr2013185751318621E071-29921
chr2013186631318714E071-29828
chr2013188541318908E071-29634
chr2013189581319044E071-29498
chr2013506481350953E0712106
chr2013509631351126E0712421
chr2013511901351238E0712648
chr2013512741351538E0712732
chr2013516101351849E0713068
chr2013519551352157E0713413
chr2013521581352275E0713616
chr2013526311352722E0714089
chr2013529961353050E0714454
chr2013531001353156E0714558
chr2013531751353249E0714633
chr2013536711353735E0715129
chr2013537731353885E0715231
chr2013548231355310E0716281
chr2013558381355943E0717296
chr2013562221356495E0717680
chr2013565201356729E0717978
chr2013567331356951E0718191
chr2013573711358275E0718829
chr2013582991358503E0719757
chr2013585951359117E07110053
chr2013591551359352E07110613
chr2013593961359564E07110854
chr2013595801359665E07111038
chr2013597321359835E07111190
chr2013598741359977E07111332
chr2013600161360349E07111474
chr2013603551360395E07111813
chr2013603981360604E07111856
chr2013606271360697E07112085
chr2013608191360915E07112277
chr2013609691361122E07112427
chr2013623091362422E07113767
chr2013625791362633E07114037
chr2013627351363252E07114193
chr2013634031363635E07114861
chr2013636401363719E07115098
chr2013637751363960E07115233
chr2013644031364671E07115861
chr2013668661367045E07118324
chr2013673531367465E07118811
chr2013689751369127E07120433
chr2013691321369382E07120590
chr2013701811370966E07121639
chr2013746691374797E07126127
chr2013085031309204E072-39338
chr2013092331309324E072-39218
chr2013093571310643E072-37899
chr2013107011311358E072-37184
chr2013115971311749E072-36793
chr2013168471317045E072-31497
chr2013170711317143E072-31399
chr2013171711317275E072-31267
chr2013173651318049E072-30493
chr2013182671318410E072-30132
chr2013185751318621E072-29921
chr2013186631318714E072-29828
chr2013188541318908E072-29634
chr2013189581319044E072-29498
chr2013191181319221E072-29321
chr2013193881319471E072-29071
chr2013194831319569E072-28973
chr2013196791319729E072-28813
chr2013495221349850E072980
chr2013506481350953E0722106
chr2013509631351126E0722421
chr2013511901351238E0722648
chr2013512741351538E0722732
chr2013516101351849E0723068
chr2013519551352157E0723413
chr2013521581352275E0723616
chr2013526311352722E0724089
chr2013529961353050E0724454
chr2013531001353156E0724558
chr2013531751353249E0724633
chr2013537731353885E0725231
chr2013539461354578E0725404
chr2013548231355310E0726281
chr2013558381355943E0727296
chr2013562221356495E0727680
chr2013565201356729E0727978
chr2013567331356951E0728191
chr2013573711358275E0728829
chr2013582991358503E0729757
chr2013627351363252E07214193
chr2013634031363635E07214861
chr2013636401363719E07215098
chr2013637751363960E07215233
chr2013689751369127E07220433
chr2013691321369382E07220590
chr2013701811370966E07221639
chr2013746691374797E07226127
chr2013748981375077E07226356
chr2013045601304955E073-43587
chr2013085031309204E073-39338
chr2013092331309324E073-39218
chr2013093571310643E073-37899
chr2013107011311358E073-37184
chr2013115971311749E073-36793
chr2013173651318049E073-30493
chr2013221661322246E073-26296
chr2013224261322470E073-26072
chr2013506481350953E0732106
chr2013509631351126E0732421
chr2013511901351238E0732648
chr2013512741351538E0732732
chr2013516101351849E0733068
chr2013539461354578E0735404
chr2013548231355310E0736281
chr2013562221356495E0737680
chr2013565201356729E0737978
chr2013567331356951E0738191
chr2013573711358275E0738829
chr2013582991358503E0739757
chr2013585951359117E07310053
chr2013597321359835E07311190
chr2013598741359977E07311332
chr2013600161360349E07311474
chr2013603551360395E07311813
chr2013603981360604E07311856
chr2013606271360697E07312085
chr2013608191360915E07312277
chr2013609691361122E07312427
chr2013614331361483E07312891
chr2013616821361737E07313140
chr2013621621362260E07313620
chr2013623091362422E07313767
chr2013625791362633E07314037
chr2013627351363252E07314193
chr2013634031363635E07314861
chr2013636401363719E07315098
chr2013637751363960E07315233
chr2013686141368674E07320072
chr2013687371368781E07320195
chr2013688331368915E07320291
chr2013689751369127E07320433
chr2013746691374797E07326127
chr2013045601304955E074-43587
chr2013168471317045E074-31497
chr2013170711317143E074-31399
chr2013171711317275E074-31267
chr2013173651318049E074-30493
chr2013186631318714E074-29828
chr2013193881319471E074-29071
chr2013194831319569E074-28973
chr2013506481350953E0742106
chr2013509631351126E0742421
chr2013511901351238E0742648
chr2013512741351538E0742732
chr2013516101351849E0743068
chr2013519551352157E0743413
chr2013521581352275E0743616
chr2013526311352722E0744089
chr2013529961353050E0744454
chr2013531001353156E0744558
chr2013531751353249E0744633
chr2013536711353735E0745129
chr2013537731353885E0745231
chr2013539461354578E0745404
chr2013548231355310E0746281
chr2013558381355943E0747296
chr2013562221356495E0747680
chr2013565201356729E0747978
chr2013567331356951E0748191
chr2013582991358503E0749757
chr2013585951359117E07410053
chr2013591551359352E07410613
chr2013593961359564E07410854
chr2013595801359665E07411038
chr2013597321359835E07411190
chr2013598741359977E07411332
chr2013600161360349E07411474
chr2013603551360395E07411813
chr2013603981360604E07411856
chr2013606271360697E07412085
chr2013608191360915E07412277
chr2013609691361122E07412427
chr2013623091362422E07413767
chr2013625791362633E07414037
chr2013627351363252E07414193
chr2013634031363635E07414861
chr2013636401363719E07415098
chr2013637751363960E07415233
chr2013688331368915E07420291
chr2013689751369127E07420433
chr2013691321369382E07420590
chr2013701811370966E07421639
chr2013093571310643E081-37899
chr2013221661322246E081-26296
chr2013224261322470E081-26072
chr2013225701323182E081-25360
chr2013506481350953E0812106
chr2013691321369382E08220590










Promoter Annotation (GRCh37.p13)

Chromosome Start End Region Distance(-/+:Up/Downstream)
chr2013718461374581E06723304
chr2013718461374581E06823304
chr2013718461374581E06923304
chr2013718461374581E07023304
chr2013718461374581E07123304
chr2013718461374581E07223304
chr2013718461374581E07323304
chr2013718461374581E07423304
chr2013718461374581E08123304
chr2013718461374581E08223304