rs6958644

Homo sapiens
A>G
TBXAS1 : Intron Variant
Check p-value
SNV (Single Nucleotide Variation)
A==0429 (12842/29930,GnomAD)
A==0440 (12835/29118,TOPMED)
A==0305 (1525/5008,1000G)
A==0485 (1868/3854,ALSPAC)
A==0488 (1809/3708,TWINSUK)
chr7:139796416 (GRCh38.p7) (7q34)
AD
GWASdb2
1   publication(s)
See rs on genome
419 Enhancers around
24 Promoters around

Genomic Coordinates

Sequence Name Change(s)
GRCh38.p7 chr 7NC_000007.14:g.139796416A>G
GRCh37.p13 chr 7NC_000007.13:g.139496215A>G
TBXAS1 RefSeqGene LRG_579

Gene: TBXAS1, thromboxane A synthase 1(plus strand)

Molecule type Change Amino acid[Codon] SO Term
TBXAS1 transcript variant 3NM_001130966.2:c.N/AIntron Variant
TBXAS1 transcript variant 5NM_001166254.1:c.N/AIntron Variant
TBXAS1 transcript variant 1NM_001061.4:c.N/AGenic Upstream Transcript Variant
TBXAS1 transcript variant 4NM_001166253.1:c.N/AGenic Upstream Transcript Variant
TBXAS1 transcript variant 6NM_001314028.1:c.N/AGenic Upstream Transcript Variant
TBXAS1 transcript variant 2NM_030984.3:c.N/AGenic Upstream Transcript Variant
TBXAS1 transcript variant X2XM_011516544.2:c.N/AGenic Upstream Transcript Variant
TBXAS1 transcript variant X1XM_017012569.1:c.N/AGenic Upstream Transcript Variant
TBXAS1 transcript variant X3XM_017012570.1:c.N/AGenic Upstream Transcript Variant
TBXAS1 transcript variant X4XM_017012571.1:c.N/AGenic Upstream Transcript Variant
TBXAS1 transcript variant X5XM_017012572.1:c.N/AGenic Upstream Transcript Variant

Population Frequency

Study Population Group Sample # Ref Allele Alt Allele
1000GenomesAfricanSub1322A=0.453G=0.547
1000GenomesAmericanSub694A=0.280G=0.720
1000GenomesEast AsianSub1008A=0.048G=0.952
1000GenomesEuropeSub1006A=0.470G=0.530
1000GenomesGlobalStudy-wide5008A=0.305G=0.695
1000GenomesSouth AsianSub978A=0.210G=0.790
The Avon Longitudinal Study of Parents and ChildrenPARENT AND CHILD COHORTStudy-wide3854A=0.485G=0.515
The Genome Aggregation DatabaseAfricanSub8710A=0.449G=0.551
The Genome Aggregation DatabaseAmericanSub838A=0.270G=0.730
The Genome Aggregation DatabaseEast AsianSub1620A=0.036G=0.964
The Genome Aggregation DatabaseEuropeSub18460A=0.460G=0.539
The Genome Aggregation DatabaseGlobalStudy-wide29930A=0.429G=0.570
The Genome Aggregation DatabaseOtherSub302A=0.480G=0.520
Trans-Omics for Precision MedicineGlobalStudy-wide29118A=0.440G=0.559
UK 10K study - TwinsTWIN COHORTStudy-wide3708A=0.488G=0.512
PMID Title Author Journal
20201924Genome-wide association study of alcohol dependence implicates a region on chromosome 11.Edenberg HJAlcohol Clin Exp Res

P-Value

SNP ID p-value Traits Study
rs69586440.00063alcohol dependence20201924

eQTL of rs6958644 in Brain tissues (GTEx Analysis Release V7)

Position (v37) eGene GeneID Variant p-value TSS Tissue
There is no eQTL annotation for this SNP

meQTL of rs6958644 in Fetal Brain

Probe ID Position Gene beta p-value
There is no meQTL annotation for this SNP

Genomic View

Chromatin Interaction

There is no significant Hi-C chromatin interaction data for this SNP.

Enhancer Annotation (GRCh37.p13)

Chromosome Start End Region Distance ( -/+ : Up/Downstream )
chr7139446382139446702E067-49513
chr7139447051139447206E067-49009
chr7139447398139447547E067-48668
chr7139447705139447844E067-48371
chr7139447902139448481E067-47734
chr7139448573139448803E067-47412
chr7139448814139449094E067-47121
chr7139449208139449286E067-46929
chr7139449426139449567E067-46648
chr7139449696139449813E067-46402
chr7139450442139450509E067-45706
chr7139450654139450750E067-45465
chr7139451110139451167E067-45048
chr7139451481139451583E067-44632
chr7139452092139452132E067-44083
chr7139452425139452514E067-43701
chr7139452568139452665E067-43550
chr7139452727139452777E067-43438
chr7139452809139453996E067-42219
chr7139454087139454137E067-42078
chr7139454212139454292E067-41923
chr7139454335139454453E067-41762
chr7139454464139454569E067-41646
chr7139454619139454697E067-41518
chr7139454716139454766E067-41449
chr7139454830139454917E067-41298
chr7139455059139455416E067-40799
chr7139455527139455579E067-40636
chr7139455581139455656E067-40559
chr7139455670139455724E067-40491
chr7139456760139456826E067-39389
chr7139457288139457342E067-38873
chr7139461101139461183E067-35032
chr7139461188139461228E067-34987
chr7139461265139461531E067-34684
chr7139462320139462389E067-33826
chr7139462739139463116E067-33099
chr7139463156139463229E067-32986
chr7139463238139463481E067-32734
chr7139463741139463791E067-32424
chr7139463908139464028E067-32187
chr7139466796139466848E067-29367
chr7139466960139467243E067-28972
chr7139467368139467684E067-28531
chr7139467848139467966E067-28249
chr7139468087139468823E067-27392
chr7139468982139469102E067-27113
chr7139469446139469501E067-26714
chr7139469653139469904E067-26311
chr7139470534139470583E067-25632
chr7139470693139471826E067-24389
chr7139471834139472211E067-24004
chr7139472236139472304E067-23911
chr7139472774139473046E067-23169
chr7139473117139473177E067-23038
chr7139473291139473417E067-22798
chr7139473552139473632E067-22583
chr7139473981139474845E067-21370
chr7139497897139498080E0671682
chr7139498084139498363E0671869
chr7139498366139498465E0672151
chr7139498466139498539E0672251
chr7139446382139446702E068-49513
chr7139447051139447206E068-49009
chr7139447398139447547E068-48668
chr7139447705139447844E068-48371
chr7139447902139448481E068-47734
chr7139448573139448803E068-47412
chr7139448814139449094E068-47121
chr7139449208139449286E068-46929
chr7139449426139449567E068-46648
chr7139449696139449813E068-46402
chr7139450442139450509E068-45706
chr7139450654139450750E068-45465
chr7139451110139451167E068-45048
chr7139451481139451583E068-44632
chr7139452092139452132E068-44083
chr7139452425139452514E068-43701
chr7139452568139452665E068-43550
chr7139452727139452777E068-43438
chr7139452809139453996E068-42219
chr7139454087139454137E068-42078
chr7139454212139454292E068-41923
chr7139454335139454453E068-41762
chr7139454464139454569E068-41646
chr7139454619139454697E068-41518
chr7139454716139454766E068-41449
chr7139454830139454917E068-41298
chr7139455059139455416E068-40799
chr7139455527139455579E068-40636
chr7139455581139455656E068-40559
chr7139455670139455724E068-40491
chr7139457288139457342E068-38873
chr7139462739139463116E068-33099
chr7139463156139463229E068-32986
chr7139463238139463481E068-32734
chr7139463741139463791E068-32424
chr7139463908139464028E068-32187
chr7139466707139466757E068-29458
chr7139466796139466848E068-29367
chr7139466960139467243E068-28972
chr7139467368139467684E068-28531
chr7139467848139467966E068-28249
chr7139468087139468823E068-27392
chr7139468982139469102E068-27113
chr7139469446139469501E068-26714
chr7139469653139469904E068-26311
chr7139470534139470583E068-25632
chr7139470693139471826E068-24389
chr7139471834139472211E068-24004
chr7139473291139473417E068-22798
chr7139473552139473632E068-22583
chr7139473981139474845E068-21370
chr7139474856139474974E068-21241
chr7139479030139479256E068-16959
chr7139483266139483445E068-12770
chr7139483489139483796E068-12419
chr7139483872139483928E068-12287
chr7139497897139498080E0681682
chr7139498084139498363E0681869
chr7139498366139498465E0682151
chr7139498466139498539E0682251
chr7139498772139498812E0682557
chr7139446382139446702E069-49513
chr7139447051139447206E069-49009
chr7139447398139447547E069-48668
chr7139447705139447844E069-48371
chr7139447902139448481E069-47734
chr7139448573139448803E069-47412
chr7139448814139449094E069-47121
chr7139449208139449286E069-46929
chr7139449426139449567E069-46648
chr7139449696139449813E069-46402
chr7139450442139450509E069-45706
chr7139452092139452132E069-44083
chr7139452425139452514E069-43701
chr7139452568139452665E069-43550
chr7139452727139452777E069-43438
chr7139452809139453996E069-42219
chr7139454087139454137E069-42078
chr7139454212139454292E069-41923
chr7139454335139454453E069-41762
chr7139454464139454569E069-41646
chr7139454619139454697E069-41518
chr7139454716139454766E069-41449
chr7139454830139454917E069-41298
chr7139455059139455416E069-40799
chr7139455527139455579E069-40636
chr7139455581139455656E069-40559
chr7139455670139455724E069-40491
chr7139456760139456826E069-39389
chr7139457638139457692E069-38523
chr7139457878139458005E069-38210
chr7139458052139458102E069-38113
chr7139458315139458484E069-37731
chr7139462739139463116E069-33099
chr7139463156139463229E069-32986
chr7139463238139463481E069-32734
chr7139463741139463791E069-32424
chr7139463908139464028E069-32187
chr7139465852139465892E069-30323
chr7139466185139466342E069-29873
chr7139466960139467243E069-28972
chr7139467368139467684E069-28531
chr7139467848139467966E069-28249
chr7139468087139468823E069-27392
chr7139468982139469102E069-27113
chr7139469446139469501E069-26714
chr7139469653139469904E069-26311
chr7139470534139470583E069-25632
chr7139470693139471826E069-24389
chr7139471834139472211E069-24004
chr7139472236139472304E069-23911
chr7139473291139473417E069-22798
chr7139473552139473632E069-22583
chr7139473981139474845E069-21370
chr7139483266139483445E069-12770
chr7139497897139498080E0691682
chr7139498084139498363E0691869
chr7139498366139498465E0692151
chr7139446382139446702E070-49513
chr7139450442139450509E070-45706
chr7139454087139454137E070-42078
chr7139470693139471826E070-24389
chr7139473552139473632E070-22583
chr7139479030139479256E070-16959
chr7139446382139446702E071-49513
chr7139447051139447206E071-49009
chr7139447398139447547E071-48668
chr7139447705139447844E071-48371
chr7139447902139448481E071-47734
chr7139448573139448803E071-47412
chr7139448814139449094E071-47121
chr7139449208139449286E071-46929
chr7139449426139449567E071-46648
chr7139449696139449813E071-46402
chr7139450442139450509E071-45706
chr7139450654139450750E071-45465
chr7139451110139451167E071-45048
chr7139451481139451583E071-44632
chr7139452092139452132E071-44083
chr7139452425139452514E071-43701
chr7139452568139452665E071-43550
chr7139452727139452777E071-43438
chr7139452809139453996E071-42219
chr7139454087139454137E071-42078
chr7139454212139454292E071-41923
chr7139454335139454453E071-41762
chr7139454464139454569E071-41646
chr7139454619139454697E071-41518
chr7139454716139454766E071-41449
chr7139454830139454917E071-41298
chr7139455059139455416E071-40799
chr7139455527139455579E071-40636
chr7139455581139455656E071-40559
chr7139455670139455724E071-40491
chr7139456760139456826E071-39389
chr7139457288139457342E071-38873
chr7139457638139457692E071-38523
chr7139457878139458005E071-38210
chr7139458052139458102E071-38113
chr7139460910139460996E071-35219
chr7139461101139461183E071-35032
chr7139461188139461228E071-34987
chr7139461265139461531E071-34684
chr7139462071139462186E071-34029
chr7139462320139462389E071-33826
chr7139462739139463116E071-33099
chr7139463156139463229E071-32986
chr7139463238139463481E071-32734
chr7139463741139463791E071-32424
chr7139463908139464028E071-32187
chr7139465852139465892E071-30323
chr7139466185139466342E071-29873
chr7139466360139466410E071-29805
chr7139466707139466757E071-29458
chr7139466796139466848E071-29367
chr7139466960139467243E071-28972
chr7139467368139467684E071-28531
chr7139467848139467966E071-28249
chr7139468087139468823E071-27392
chr7139468982139469102E071-27113
chr7139469446139469501E071-26714
chr7139469653139469904E071-26311
chr7139470534139470583E071-25632
chr7139470693139471826E071-24389
chr7139471834139472211E071-24004
chr7139472236139472304E071-23911
chr7139472774139473046E071-23169
chr7139473117139473177E071-23038
chr7139473291139473417E071-22798
chr7139473552139473632E071-22583
chr7139473981139474845E071-21370
chr7139497897139498080E0711682
chr7139498084139498363E0711869
chr7139498366139498465E0712151
chr7139498466139498539E0712251
chr7139447051139447206E072-49009
chr7139447398139447547E072-48668
chr7139447705139447844E072-48371
chr7139447902139448481E072-47734
chr7139448573139448803E072-47412
chr7139448814139449094E072-47121
chr7139449208139449286E072-46929
chr7139449426139449567E072-46648
chr7139449696139449813E072-46402
chr7139450442139450509E072-45706
chr7139450654139450750E072-45465
chr7139452092139452132E072-44083
chr7139452425139452514E072-43701
chr7139452568139452665E072-43550
chr7139452727139452777E072-43438
chr7139452809139453996E072-42219
chr7139454087139454137E072-42078
chr7139454212139454292E072-41923
chr7139454335139454453E072-41762
chr7139454464139454569E072-41646
chr7139454619139454697E072-41518
chr7139454716139454766E072-41449
chr7139454830139454917E072-41298
chr7139455527139455579E072-40636
chr7139461188139461228E072-34987
chr7139461265139461531E072-34684
chr7139462739139463116E072-33099
chr7139463156139463229E072-32986
chr7139463238139463481E072-32734
chr7139463741139463791E072-32424
chr7139463908139464028E072-32187
chr7139466796139466848E072-29367
chr7139466960139467243E072-28972
chr7139467368139467684E072-28531
chr7139467848139467966E072-28249
chr7139468087139468823E072-27392
chr7139468982139469102E072-27113
chr7139469446139469501E072-26714
chr7139469653139469904E072-26311
chr7139470534139470583E072-25632
chr7139470693139471826E072-24389
chr7139471834139472211E072-24004
chr7139473981139474845E072-21370
chr7139474856139474974E072-21241
chr7139479030139479256E072-16959
chr7139446382139446702E073-49513
chr7139447051139447206E073-49009
chr7139447398139447547E073-48668
chr7139447705139447844E073-48371
chr7139447902139448481E073-47734
chr7139448573139448803E073-47412
chr7139448814139449094E073-47121
chr7139449208139449286E073-46929
chr7139449426139449567E073-46648
chr7139449696139449813E073-46402
chr7139452092139452132E073-44083
chr7139452425139452514E073-43701
chr7139452568139452665E073-43550
chr7139452727139452777E073-43438
chr7139452809139453996E073-42219
chr7139454087139454137E073-42078
chr7139455059139455416E073-40799
chr7139455527139455579E073-40636
chr7139455581139455656E073-40559
chr7139455670139455724E073-40491
chr7139462739139463116E073-33099
chr7139463156139463229E073-32986
chr7139463238139463481E073-32734
chr7139463741139463791E073-32424
chr7139463908139464028E073-32187
chr7139467368139467684E073-28531
chr7139467848139467966E073-28249
chr7139468087139468823E073-27392
chr7139468982139469102E073-27113
chr7139472774139473046E073-23169
chr7139473117139473177E073-23038
chr7139473291139473417E073-22798
chr7139473552139473632E073-22583
chr7139473981139474845E073-21370
chr7139497897139498080E0731682
chr7139498084139498363E0731869
chr7139446382139446702E074-49513
chr7139447051139447206E074-49009
chr7139447398139447547E074-48668
chr7139447705139447844E074-48371
chr7139447902139448481E074-47734
chr7139448573139448803E074-47412
chr7139448814139449094E074-47121
chr7139449208139449286E074-46929
chr7139449426139449567E074-46648
chr7139449696139449813E074-46402
chr7139450442139450509E074-45706
chr7139450654139450750E074-45465
chr7139451110139451167E074-45048
chr7139451481139451583E074-44632
chr7139452092139452132E074-44083
chr7139452425139452514E074-43701
chr7139452568139452665E074-43550
chr7139452727139452777E074-43438
chr7139452809139453996E074-42219
chr7139454087139454137E074-42078
chr7139454212139454292E074-41923
chr7139454335139454453E074-41762
chr7139454464139454569E074-41646
chr7139454619139454697E074-41518
chr7139454716139454766E074-41449
chr7139454830139454917E074-41298
chr7139455059139455416E074-40799
chr7139455527139455579E074-40636
chr7139455581139455656E074-40559
chr7139455670139455724E074-40491
chr7139456760139456826E074-39389
chr7139457288139457342E074-38873
chr7139458052139458102E074-38113
chr7139458315139458484E074-37731
chr7139458724139458887E074-37328
chr7139459092139459183E074-37032
chr7139460910139460996E074-35219
chr7139461101139461183E074-35032
chr7139461188139461228E074-34987
chr7139461265139461531E074-34684
chr7139462739139463116E074-33099
chr7139463156139463229E074-32986
chr7139463238139463481E074-32734
chr7139463741139463791E074-32424
chr7139463908139464028E074-32187
chr7139465852139465892E074-30323
chr7139466185139466342E074-29873
chr7139466360139466410E074-29805
chr7139466707139466757E074-29458
chr7139466796139466848E074-29367
chr7139466960139467243E074-28972
chr7139467368139467684E074-28531
chr7139467848139467966E074-28249
chr7139468087139468823E074-27392
chr7139468982139469102E074-27113
chr7139469446139469501E074-26714
chr7139469653139469904E074-26311
chr7139470534139470583E074-25632
chr7139470693139471826E074-24389
chr7139471834139472211E074-24004
chr7139472236139472304E074-23911
chr7139472774139473046E074-23169
chr7139473117139473177E074-23038
chr7139473291139473417E074-22798
chr7139473552139473632E074-22583
chr7139473981139474845E074-21370
chr7139474856139474974E074-21241
chr7139479030139479256E074-16959
chr7139483266139483445E074-12770
chr7139483489139483796E074-12419
chr7139497742139497833E0741527
chr7139497897139498080E0741682
chr7139498084139498363E0741869
chr7139498366139498465E0742151
chr7139498466139498539E0742251
chr7139498772139498812E0742557
chr7139474856139474974E081-21241
chr7139474977139475216E081-20999
chr7139473291139473417E082-22798
chr7139473552139473632E082-22583
chr7139479030139479256E082-16959










Promoter Annotation (GRCh37.p13)

Chromosome Start End Region Distance(-/+:Up/Downstream)
chr7139475472139477303E067-18912
chr7139477334139478887E067-17328
chr7139475472139477303E068-18912
chr7139477334139478887E068-17328
chr7139530690139530961E06834475
chr7139475472139477303E069-18912
chr7139477334139478887E069-17328
chr7139475472139477303E070-18912
chr7139477334139478887E070-17328
chr7139475472139477303E071-18912
chr7139477334139478887E071-17328
chr7139530044139530098E07133829
chr7139530101139530325E07133886
chr7139530382139530533E07134167
chr7139530690139530961E07134475
chr7139475472139477303E072-18912
chr7139477334139478887E072-17328
chr7139475472139477303E073-18912
chr7139477334139478887E073-17328
chr7139475472139477303E074-18912
chr7139477334139478887E074-17328
chr7139475472139477303E081-18912
chr7139475472139477303E082-18912
chr7139477334139478887E082-17328