rs7280236

Homo sapiens
C>T
LOC105377139 : Non Coding Transcript Variant
Check p-value
SNV (Single Nucleotide Variation)
C==0132 (3969/29936,GnomAD)
C==0157 (4590/29116,TOPMED)
C==0126 (633/5008,1000G)
C==0116 (446/3854,ALSPAC)
C==0123 (456/3708,TWINSUK)
chr21:44175177 (GRCh38.p7) (21q22.3)
AD
GWASdb2
1   publication(s)
See rs on genome

Genomic Coordinates

Sequence Name Change(s)
GRCh38.p7 chr 21NC_000021.9:g.44175177C>T
GRCh37.p13 chr 21NC_000021.8:g.45595060C>T

Gene: LOC105377139, uncharacterized LOC105377139(minus strand)

Molecule type Change Amino acid[Codon] SO Term
LOC105377139 transcript variant X1XR_937786.2:n.46G>AG>ANon Coding Transcript Variant
LOC105377139 transcript variant X2XR_001755081.1:n.N/AIntron Variant
LOC105377139 transcript variant X3XR_001755082.1:n.N/AIntron Variant

Population Frequency

Study Population Group Sample # Ref Allele Alt Allele
1000GenomesAfricanSub1322C=0.251T=0.749
1000GenomesAmericanSub694C=0.090T=0.910
1000GenomesEast AsianSub1008C=0.001T=0.999
1000GenomesEuropeSub1006C=0.149T=0.851
1000GenomesGlobalStudy-wide5008C=0.126T=0.874
1000GenomesSouth AsianSub978C=0.090T=0.910
The Avon Longitudinal Study of Parents and ChildrenPARENT AND CHILD COHORTStudy-wide3854C=0.116T=0.884
The Genome Aggregation DatabaseAfricanSub8710C=0.224T=0.776
The Genome Aggregation DatabaseAmericanSub838C=0.100T=0.900
The Genome Aggregation DatabaseEast AsianSub1622C=0.002T=0.998
The Genome Aggregation DatabaseEuropeSub18466C=0.102T=0.897
The Genome Aggregation DatabaseGlobalStudy-wide29936C=0.132T=0.867
The Genome Aggregation DatabaseOtherSub300C=0.150T=0.850
Trans-Omics for Precision MedicineGlobalStudy-wide29116C=0.157T=0.842
UK 10K study - TwinsTWIN COHORTStudy-wide3708C=0.123T=0.877
PMID Title Author Journal
21703634A meta-analysis of two genome-wide association studies identifies 3 new loci for alcohol dependence.Wang KSJ Psychiatr Res

P-Value

SNP ID p-value Traits Study
rs72802361.66E-05alcohol dependence21703634

eQTL of rs7280236 in Brain tissues (GTEx Analysis Release V7)

Position (v37) eGene GeneID Variant p-value TSS Tissue
There is no eQTL annotation for this SNP

meQTL of rs7280236 in Fetal Brain

Probe ID Position Gene beta p-value
There is no meQTL annotation for this SNP

Genomic View

Chromatin Interaction

There is no significant Hi-C chromatin interaction data for this SNP.

Enhancer Annotation (GRCh37.p13)

Chromosome Start End Region Distance ( -/+ : Up/Downstream )
chr214554522245545272E067-49788
chr214554532745545391E067-49669
chr214554547145545521E067-49539
chr214554572445545774E067-49286
chr214554580745545857E067-49203
chr214554598345546072E067-48988
chr214554620845546644E067-48416
chr214554682745546889E067-48171
chr214554691345546963E067-48097
chr214555562445555755E067-39305
chr214555663145556847E067-38213
chr214555690545557055E067-38005
chr214555706745557201E067-37859
chr214555722645557564E067-37496
chr214555759645558554E067-36506
chr214556251345566704E067-28356
chr214556676245567486E067-27574
chr214557303545574527E067-20533
chr214557456045576177E067-18883
chr214558034345580396E067-14664
chr214558047445581380E067-13680
chr214558513945585222E067-9838
chr214558564045585763E067-9297
chr214558587945586064E067-8996
chr214558611445586189E067-8871
chr214558627745586337E067-8723
chr214558640145586551E067-8509
chr214558669245586742E067-8318
chr214559210445592312E067-2748
chr214559238945593308E067-1752
chr214560429145604514E0679231
chr214560463545605103E0679575
chr214560518845605285E06710128
chr214560532945605479E06710269
chr214560556445605614E06710504
chr214561189645611960E06716836
chr214561208045612331E06717020
chr214561235845612417E06717298
chr214561243845612538E06717378
chr214561254745612597E06717487
chr214561260245612681E06717542
chr214561269645612921E06717636
chr214562406945624386E06729009
chr214562447245624569E06729412
chr214562461245624694E06729552
chr214562525145625523E06730191
chr214562885245628992E06733792
chr214562922845629293E06734168
chr214562932645629468E06734266
chr214564285145643081E06747791
chr214564312445643589E06748064
chr214555706745557201E068-37859
chr214555722645557564E068-37496
chr214555759645558554E068-36506
chr214555857445558840E068-36220
chr214556676245567486E068-27574
chr214556759245567671E068-27389
chr214556771645567850E068-27210
chr214556785545567957E068-27103
chr214556796145568115E068-26945
chr214557456045576177E068-18883
chr214558034345580396E068-14664
chr214558047445581380E068-13680
chr214558178945581850E068-13210
chr214558485045584913E068-10147
chr214558513945585222E068-9838
chr214558528345585476E068-9584
chr214558564045585763E068-9297
chr214558587945586064E068-8996
chr214558611445586189E068-8871
chr214558627745586337E068-8723
chr214558640145586551E068-8509
chr214558669245586742E068-8318
chr214558706045587126E068-7934
chr214558718245587490E068-7570
chr214559163645591720E068-3340
chr214559187845592092E068-2968
chr214559210445592312E068-2748
chr214560120845602578E0686148
chr214560429145604514E0689231
chr214560463545605103E0689575
chr214560518845605285E06810128
chr214560532945605479E06810269
chr214560556445605614E06810504
chr214561159845611740E06816538
chr214561189645611960E06816836
chr214561208045612331E06817020
chr214561235845612417E06817298
chr214561243845612538E06817378
chr214561254745612597E06817487
chr214561260245612681E06817542
chr214561269645612921E06817636
chr214561304145613589E06817981
chr214561363245615575E06818572
chr214562406945624386E06829009
chr214562447245624569E06829412
chr214562461245624694E06829552
chr214562472245624959E06829662
chr214562517445625249E06830114
chr214554522245545272E069-49788
chr214554532745545391E069-49669
chr214554547145545521E069-49539
chr214554572445545774E069-49286
chr214554580745545857E069-49203
chr214554598345546072E069-48988
chr214555052745550601E069-44459
chr214555060645550735E069-44325
chr214555210145552367E069-42693
chr214555562445555755E069-39305
chr214555593845556214E069-38846
chr214555624145556616E069-38444
chr214555663145556847E069-38213
chr214555690545557055E069-38005
chr214555706745557201E069-37859
chr214555722645557564E069-37496
chr214555759645558554E069-36506
chr214555857445558840E069-36220
chr214556146845561851E069-33209
chr214556251345566704E069-28356
chr214556676245567486E069-27574
chr214557303545574527E069-20533
chr214557456045576177E069-18883
chr214558142945581492E069-13568
chr214558226045582443E069-12617
chr214558250445582554E069-12506
chr214558269045582866E069-12194
chr214558312245583200E069-11860
chr214558342445583493E069-11567
chr214558479045584840E069-10220
chr214558485045584913E069-10147
chr214558513945585222E069-9838
chr214558528345585476E069-9584
chr214558564045585763E069-9297
chr214558587945586064E069-8996
chr214558611445586189E069-8871
chr214558627745586337E069-8723
chr214558640145586551E069-8509
chr214558669245586742E069-8318
chr214558706045587126E069-7934
chr214558718245587490E069-7570
chr214559210445592312E069-2748
chr214559238945593308E069-1752
chr214560120845602578E0696148
chr214560429145604514E0699231
chr214560463545605103E0699575
chr214560518845605285E06910128
chr214560532945605479E06910269
chr214560556445605614E06910504
chr214560583345605955E06910773
chr214561159845611740E06916538
chr214561189645611960E06916836
chr214561208045612331E06917020
chr214561235845612417E06917298
chr214561243845612538E06917378
chr214561254745612597E06917487
chr214561260245612681E06917542
chr214561269645612921E06917636
chr214561363245615575E06918572
chr214562366845623875E06928608
chr214562395345623997E06928893
chr214562406945624386E06929009
chr214562447245624569E06929412
chr214562461245624694E06929552
chr214562472245624959E06929662
chr214562885245628992E06933792
chr214562922845629293E06934168
chr214562932645629468E06934266
chr214564285145643081E06947791
chr214564312445643589E06948064
chr214564476345644895E06949703
chr214555562445555755E070-39305
chr214555690545557055E070-38005
chr214555706745557201E070-37859
chr214555722645557564E070-37496
chr214558047445581380E070-13680
chr214558587945586064E070-8996
chr214562366845623875E07028608
chr214562395345623997E07028893
chr214562406945624386E07029009
chr214562447245624569E07029412
chr214562461245624694E07029552
chr214562472245624959E07029662
chr214554512345545173E071-49887
chr214554522245545272E071-49788
chr214554532745545391E071-49669
chr214554547145545521E071-49539
chr214554572445545774E071-49286
chr214554580745545857E071-49203
chr214554598345546072E071-48988
chr214554620845546644E071-48416
chr214554682745546889E071-48171
chr214554691345546963E071-48097
chr214555198245552099E071-42961
chr214555210145552367E071-42693
chr214555663145556847E071-38213
chr214555690545557055E071-38005
chr214555706745557201E071-37859
chr214555722645557564E071-37496
chr214555759645558554E071-36506
chr214555857445558840E071-36220
chr214555887845561445E071-33615
chr214556146845561851E071-33209
chr214556200045562060E071-33000
chr214556213145562483E071-32577
chr214556251345566704E071-28356
chr214556676245567486E071-27574
chr214556759245567671E071-27389
chr214556771645567850E071-27210
chr214556785545567957E071-27103
chr214556796145568115E071-26945
chr214556822545568397E071-26663
chr214557279245572916E071-22144
chr214557303545574527E071-20533
chr214557456045576177E071-18883
chr214557644645576571E071-18489
chr214558142945581492E071-13568
chr214558153445581603E071-13457
chr214558178945581850E071-13210
chr214558226045582443E071-12617
chr214558250445582554E071-12506
chr214558269045582866E071-12194
chr214558479045584840E071-10220
chr214558485045584913E071-10147
chr214558513945585222E071-9838
chr214558528345585476E071-9584
chr214558564045585763E071-9297
chr214558587945586064E071-8996
chr214558611445586189E071-8871
chr214558627745586337E071-8723
chr214558640145586551E071-8509
chr214558669245586742E071-8318
chr214558706045587126E071-7934
chr214558718245587490E071-7570
chr214559163645591720E071-3340
chr214559187845592092E071-2968
chr214559210445592312E071-2748
chr214559238945593308E071-1752
chr214560090645601200E0715846
chr214560120845602578E0716148
chr214560429145604514E0719231
chr214560532945605479E07110269
chr214560556445605614E07110504
chr214560583345605955E07110773
chr214561189645611960E07116836
chr214561208045612331E07117020
chr214561235845612417E07117298
chr214561243845612538E07117378
chr214561254745612597E07117487
chr214561260245612681E07117542
chr214561269645612921E07117636
chr214561304145613589E07117981
chr214561363245615575E07118572
chr214562315845623384E07128098
chr214562366845623875E07128608
chr214562395345623997E07128893
chr214562406945624386E07129009
chr214562447245624569E07129412
chr214562461245624694E07129552
chr214562472245624959E07129662
chr214562517445625249E07130114
chr214562525145625523E07130191
chr214562587645628728E07130816
chr214562885245628992E07133792
chr214562922845629293E07134168
chr214562932645629468E07134266
chr214562966045629713E07134600
chr214562974345629864E07134683
chr214563936845639504E07144308
chr214563951045639653E07144450
chr214563966445640228E07144604
chr214564029745640853E07145237
chr214564285145643081E07147791
chr214564312445643589E07148064
chr214564456245644719E07149502
chr214564476345644895E07149703
chr214554512345545173E072-49887
chr214554522245545272E072-49788
chr214554532745545391E072-49669
chr214554547145545521E072-49539
chr214554572445545774E072-49286
chr214554580745545857E072-49203
chr214554598345546072E072-48988
chr214554620845546644E072-48416
chr214554682745546889E072-48171
chr214554691345546963E072-48097
chr214555210145552367E072-42693
chr214555562445555755E072-39305
chr214555593845556214E072-38846
chr214555624145556616E072-38444
chr214555663145556847E072-38213
chr214555690545557055E072-38005
chr214555706745557201E072-37859
chr214555722645557564E072-37496
chr214555759645558554E072-36506
chr214556251345566704E072-28356
chr214556676245567486E072-27574
chr214556822545568397E072-26663
chr214557303545574527E072-20533
chr214557456045576177E072-18883
chr214558047445581380E072-13680
chr214558142945581492E072-13568
chr214558226045582443E072-12617
chr214558250445582554E072-12506
chr214558269045582866E072-12194
chr214558457745584617E072-10443
chr214558473945584779E072-10281
chr214558479045584840E072-10220
chr214558485045584913E072-10147
chr214558513945585222E072-9838
chr214558528345585476E072-9584
chr214558564045585763E072-9297
chr214558587945586064E072-8996
chr214558611445586189E072-8871
chr214558627745586337E072-8723
chr214558640145586551E072-8509
chr214558669245586742E072-8318
chr214558706045587126E072-7934
chr214558718245587490E072-7570
chr214559210445592312E072-2748
chr214559238945593308E072-1752
chr214560090645601200E0725846
chr214560120845602578E0726148
chr214560429145604514E0729231
chr214560532945605479E07210269
chr214560556445605614E07210504
chr214560583345605955E07210773
chr214561159845611740E07216538
chr214561189645611960E07216836
chr214561208045612331E07217020
chr214561235845612417E07217298
chr214561243845612538E07217378
chr214561254745612597E07217487
chr214561260245612681E07217542
chr214561269645612921E07217636
chr214561304145613589E07217981
chr214561363245615575E07218572
chr214561581645617688E07220756
chr214562366845623875E07228608
chr214562395345623997E07228893
chr214562406945624386E07229009
chr214562447245624569E07229412
chr214562885245628992E07233792
chr214562922845629293E07234168
chr214562932645629468E07234266
chr214564285145643081E07247791
chr214564312445643589E07248064
chr214564476345644895E07249703
chr214554682745546889E073-48171
chr214554691345546963E073-48097
chr214554700845547058E073-48002
chr214554709945547169E073-47891
chr214554719645547274E073-47786
chr214554995545550123E073-44937
chr214555025145550320E073-44740
chr214555032845550381E073-44679
chr214555562445555755E073-39305
chr214555593845556214E073-38846
chr214555624145556616E073-38444
chr214555663145556847E073-38213
chr214555690545557055E073-38005
chr214555706745557201E073-37859
chr214555722645557564E073-37496
chr214555759645558554E073-36506
chr214555887845561445E073-33615
chr214556251345566704E073-28356
chr214556676245567486E073-27574
chr214556759245567671E073-27389
chr214556771645567850E073-27210
chr214556785545567957E073-27103
chr214556796145568115E073-26945
chr214556822545568397E073-26663
chr214557303545574527E073-20533
chr214557456045576177E073-18883
chr214557644645576571E073-18489
chr214558457745584617E073-10443
chr214558473945584779E073-10281
chr214558479045584840E073-10220
chr214558485045584913E073-10147
chr214558513945585222E073-9838
chr214558528345585476E073-9584
chr214558564045585763E073-9297
chr214558587945586064E073-8996
chr214558611445586189E073-8871
chr214558627745586337E073-8723
chr214558640145586551E073-8509
chr214558669245586742E073-8318
chr214560090645601200E0735846
chr214560120845602578E0736148
chr214560429145604514E0739231
chr214560463545605103E0739575
chr214560518845605285E07310128
chr214560532945605479E07310269
chr214560556445605614E07310504
chr214561208045612331E07317020
chr214561235845612417E07317298
chr214561243845612538E07317378
chr214561254745612597E07317487
chr214561363245615575E07318572
chr214562587645628728E07330816
chr214562885245628992E07333792
chr214563936845639504E07344308
chr214563951045639653E07344450
chr214564285145643081E07347791
chr214564312445643589E07348064
chr214554512345545173E074-49887
chr214554522245545272E074-49788
chr214554532745545391E074-49669
chr214554547145545521E074-49539
chr214554572445545774E074-49286
chr214554580745545857E074-49203
chr214554598345546072E074-48988
chr214554620845546644E074-48416
chr214554682745546889E074-48171
chr214554691345546963E074-48097
chr214554700845547058E074-48002
chr214554709945547169E074-47891
chr214554719645547274E074-47786
chr214554733445547396E074-47664
chr214555663145556847E074-38213
chr214555690545557055E074-38005
chr214555706745557201E074-37859
chr214555722645557564E074-37496
chr214555759645558554E074-36506
chr214555857445558840E074-36220
chr214556676245567486E074-27574
chr214556759245567671E074-27389
chr214557456045576177E074-18883
chr214557644645576571E074-18489
chr214558047445581380E074-13680
chr214558457745584617E074-10443
chr214558473945584779E074-10281
chr214558479045584840E074-10220
chr214558485045584913E074-10147
chr214558513945585222E074-9838
chr214558528345585476E074-9584
chr214558564045585763E074-9297
chr214558587945586064E074-8996
chr214558611445586189E074-8871
chr214558627745586337E074-8723
chr214558640145586551E074-8509
chr214558669245586742E074-8318
chr214558706045587126E074-7934
chr214558718245587490E074-7570
chr214559079545591078E074-3982
chr214559114845591467E074-3593
chr214559149645591580E074-3480
chr214559163645591720E074-3340
chr214559187845592092E074-2968
chr214559210445592312E074-2748
chr214559238945593308E074-1752
chr214560120845602578E0746148
chr214560429145604514E0749231
chr214560463545605103E0749575
chr214560518845605285E07410128
chr214560532945605479E07410269
chr214560556445605614E07410504
chr214561189645611960E07416836
chr214561208045612331E07417020
chr214561235845612417E07417298
chr214561243845612538E07417378
chr214561254745612597E07417487
chr214561260245612681E07417542
chr214561269645612921E07417636
chr214561304145613589E07417981
chr214561363245615575E07418572
chr214561581645617688E07420756
chr214562406945624386E07429009
chr214562447245624569E07429412
chr214562461245624694E07429552
chr214562472245624959E07429662
chr214562517445625249E07430114
chr214562525145625523E07430191
chr214562587645628728E07430816
chr214562885245628992E07433792
chr214564456245644719E07449502
chr214564476345644895E07449703
chr214555759645558554E081-36506
chr214556251345566704E081-28356
chr214558047445581380E081-13680
chr214560120845602578E0816148
chr214562366845623875E08128608
chr214562395345623997E08128893
chr214562406945624386E08129009
chr214562447245624569E08129412
chr214562461245624694E08129552
chr214562472245624959E08129662
chr214555562445555755E082-39305
chr214562366845623875E08228608
chr214562395345623997E08228893
chr214562406945624386E08229009
chr214562447245624569E08229412










Promoter Annotation (GRCh37.p13)

Chromosome Start End Region Distance(-/+:Up/Downstream)
chr214555281045554204E067-40856
chr214555281045554204E068-40856
chr214555281045554204E069-40856
chr214555281045554204E070-40856
chr214555281045554204E071-40856
chr214555281045554204E072-40856
chr214555281045554204E073-40856
chr214555281045554204E074-40856
chr214555281045554204E081-40856
chr214555281045554204E082-40856