rs736081

Homo sapiens
T>C
SPATA13 : Intron Variant
Check p-value
SNV (Single Nucleotide Variation)
T==0493 (14744/29902,GnomAD)
C=0480 (13991/29116,TOPMED)
T==0492 (2466/5008,1000G)
T==0449 (1731/3854,ALSPAC)
T==0447 (1657/3708,TWINSUK)
chr13:24085587 (GRCh38.p7) (13q12.12)
AD
GWASdb2
1   publication(s)
See rs on genome
0 Promoter around

Genomic Coordinates

Sequence Name Change(s)
GRCh38.p7 chr 13NC_000013.11:g.24085587T>C
GRCh37.p13 chr 13NC_000013.10:g.24659726T>C

Gene: SPATA13, spermatogenesis associated 13(plus strand)

Molecule type Change Amino acid[Codon] SO Term
SPATA13 transcript variant 3NM_001286792.1:c.N/AIntron Variant
SPATA13 transcript variant 1NM_001166271.2:c.N/AGenic Upstream Transcript Variant
SPATA13 transcript variant 4NM_001286793.1:c.N/AGenic Upstream Transcript Variant
SPATA13 transcript variant 5NM_001286794.1:c.N/AGenic Upstream Transcript Variant
SPATA13 transcript variant 6NM_001286795.1:c.N/AGenic Upstream Transcript Variant
SPATA13 transcript variant 2NM_153023.3:c.N/AGenic Upstream Transcript Variant
SPATA13 transcript variant 7NR_104595.1:n.N/AGenic Downstream Transcript Variant

Population Frequency

Study Population Group Sample # Ref Allele Alt Allele
1000GenomesAfricanSub1322T=0.659C=0.341
1000GenomesAmericanSub694T=0.390C=0.610
1000GenomesEast AsianSub1008T=0.419C=0.581
1000GenomesEuropeSub1006T=0.463C=0.537
1000GenomesGlobalStudy-wide5008T=0.492C=0.508
1000GenomesSouth AsianSub978T=0.440C=0.560
The Avon Longitudinal Study of Parents and ChildrenPARENT AND CHILD COHORTStudy-wide3854T=0.449C=0.551
The Genome Aggregation DatabaseAfricanSub8702T=0.638C=0.362
The Genome Aggregation DatabaseAmericanSub838T=0.380C=0.620
The Genome Aggregation DatabaseEast AsianSub1618T=0.483C=0.517
The Genome Aggregation DatabaseEuropeSub18442T=0.429C=0.570
The Genome Aggregation DatabaseGlobalStudy-wide29902T=0.493C=0.506
The Genome Aggregation DatabaseOtherSub302T=0.560C=0.440
Trans-Omics for Precision MedicineGlobalStudy-wide29116T=0.519C=0.480
UK 10K study - TwinsTWIN COHORTStudy-wide3708T=0.447C=0.553
PMID Title Author Journal
20201924Genome-wide association study of alcohol dependence implicates a region on chromosome 11.Edenberg HJAlcohol Clin Exp Res

P-Value

SNP ID p-value Traits Study
rs7360810.00011alcohol dependence(early age of onset)20201924
rs7360810.00029alcohol dependence20201924

eQTL of rs736081 in Brain tissues (GTEx Analysis Release V7)

Position (v37) eGene GeneID Variant p-value TSS Tissue
There is no eQTL annotation for this SNP

meQTL of rs736081 in Fetal Brain

Probe ID Position Gene beta p-value
There is no meQTL annotation for this SNP

Genomic View

Chromatin Interaction

There is no significant Hi-C chromatin interaction data for this SNP.

Enhancer Annotation (GRCh37.p13)

Chromosome Start End Region Distance ( -/+ : Up/Downstream )
chr132461037424610546E067-49180
chr132461058724610713E067-49013
chr132461072124610842E067-48884
chr132461246224613749E067-45977
chr132461382224613932E067-45794
chr132461429424614373E067-45353
chr132461456324614610E067-45116
chr132461490824615345E067-44381
chr132461542124615764E067-43962
chr132461595224616063E067-43663
chr132461609624616269E067-43457
chr132462356724623617E067-36109
chr132462366724623731E067-35995
chr132462384224623984E067-35742
chr132462406124624115E067-35611
chr132462436624625311E067-34415
chr132462533324625498E067-34228
chr132462559824625699E067-34027
chr132462583524625920E067-33806
chr132462594524626023E067-33703
chr132462646424628359E067-31367
chr132463317024633220E067-26506
chr132463337324633670E067-26056
chr132463381524633945E067-25781
chr132463722424637318E067-22408
chr132463739324637515E067-22211
chr132463755224637999E067-21727
chr132463801924638355E067-21371
chr132463841324638458E067-21268
chr132463845924638670E067-21056
chr132463867124638834E067-20892
chr132463891324638991E067-20735
chr132464062324640785E067-18941
chr132464087524641440E067-18286
chr132464880824648886E067-10840
chr132464891424649123E067-10603
chr132464935424650841E067-8885
chr132465089224651090E067-8636
chr132466097324661076E0671247
chr132466139124661441E0671665
chr132466148524661596E0671759
chr132466183624661994E0672110
chr132466203224662163E0672306
chr132466605324666464E0676327
chr132468058424680705E06720858
chr132468070724680836E06720981
chr132468094124681150E06721215
chr132468139524681467E06721669
chr132468428924684479E06724563
chr132468632024686466E06726594
chr132468653924687203E06726813
chr132469374824694389E06734022
chr132469441924694593E06734693
chr132461382224613932E068-45794
chr132461429424614373E068-45353
chr132461456324614610E068-45116
chr132461490824615345E068-44381
chr132461542124615764E068-43962
chr132461595224616063E068-43663
chr132461609624616269E068-43457
chr132462356724623617E068-36109
chr132462366724623731E068-35995
chr132462384224623984E068-35742
chr132462406124624115E068-35611
chr132462533324625498E068-34228
chr132462559824625699E068-34027
chr132462583524625920E068-33806
chr132462594524626023E068-33703
chr132462602824626163E068-33563
chr132462625724626380E068-33346
chr132462646424628359E068-31367
chr132462849424628548E068-31178
chr132463381524633945E068-25781
chr132463672324636779E068-22947
chr132463689224636960E068-22766
chr132463703324637100E068-22626
chr132463722424637318E068-22408
chr132463739324637515E068-22211
chr132463755224637999E068-21727
chr132463801924638355E068-21371
chr132463841324638458E068-21268
chr132463845924638670E068-21056
chr132463867124638834E068-20892
chr132463891324638991E068-20735
chr132464087524641440E068-18286
chr132464157224641634E068-18092
chr132464760324647720E068-12006
chr132464777224647822E068-11904
chr132464782724647931E068-11795
chr132464820424648254E068-11472
chr132464880824648886E068-10840
chr132464891424649123E068-10603
chr132464935424650841E068-8885
chr132465089224651090E068-8636
chr132465605724656101E068-3625
chr132465614924656193E068-3533
chr132465622824656278E068-3448
chr132465633324656389E068-3337
chr132465713324657196E068-2530
chr132465735124658853E068-873
chr132465886724659070E068-656
chr132465914524659189E068-537
chr132465925524659320E068-406
chr132465978724659857E06861
chr132465995324660164E068227
chr132466018824660282E068462
chr132466046024660588E068734
chr132466066624660806E068940
chr132466085724660937E0681131
chr132466097324661076E0681247
chr132466139124661441E0681665
chr132466148524661596E0681759
chr132466183624661994E0682110
chr132466203224662163E0682306
chr132466233624662433E0682610
chr132466488224664922E0685156
chr132466525024665300E0685524
chr132466545524665505E0685729
chr132466555324665638E0685827
chr132466605324666464E0686327
chr132466650624666573E0686780
chr132466665524666742E0686929
chr132467093124671056E06811205
chr132467169424672234E06811968
chr132467999024680050E06820264
chr132468009124680141E06820365
chr132468058424680705E06820858
chr132468070724680836E06820981
chr132468094124681150E06821215
chr132468178324681833E06822057
chr132468214024682190E06822414
chr132468223324682492E06822507
chr132468256024682738E06822834
chr132468397724684048E06824251
chr132468416324684249E06824437
chr132468632024686466E06826594
chr132468653924687203E06826813
chr132469360324693690E06833877
chr132469374824694389E06834022
chr132469441924694593E06834693
chr132461382224613932E069-45794
chr132461429424614373E069-45353
chr132461456324614610E069-45116
chr132461490824615345E069-44381
chr132461542124615764E069-43962
chr132461595224616063E069-43663
chr132461609624616269E069-43457
chr132461658724616770E069-42956
chr132461690624617200E069-42526
chr132461977524619869E069-39857
chr132461988024619942E069-39784
chr132462356724623617E069-36109
chr132462366724623731E069-35995
chr132462384224623984E069-35742
chr132462436624625311E069-34415
chr132462533324625498E069-34228
chr132462559824625699E069-34027
chr132462583524625920E069-33806
chr132462594524626023E069-33703
chr132462602824626163E069-33563
chr132462625724626380E069-33346
chr132462646424628359E069-31367
chr132462849424628548E069-31178
chr132463059324630722E069-29004
chr132463091224630990E069-28736
chr132463689224636960E069-22766
chr132463703324637100E069-22626
chr132463722424637318E069-22408
chr132463739324637515E069-22211
chr132463801924638355E069-21371
chr132463841324638458E069-21268
chr132463845924638670E069-21056
chr132463867124638834E069-20892
chr132464087524641440E069-18286
chr132464157224641634E069-18092
chr132464880824648886E069-10840
chr132464891424649123E069-10603
chr132464935424650841E069-8885
chr132465089224651090E069-8636
chr132465735124658853E069-873
chr132465978724659857E06961
chr132465995324660164E069227
chr132466018824660282E069462
chr132466046024660588E069734
chr132466066624660806E069940
chr132466085724660937E0691131
chr132466097324661076E0691247
chr132466139124661441E0691665
chr132466148524661596E0691759
chr132466183624661994E0692110
chr132466203224662163E0692306
chr132466525024665300E0695524
chr132466545524665505E0695729
chr132466555324665638E0695827
chr132466665524666742E0696929
chr132466682224667083E0697096
chr132466712624667183E0697400
chr132467999024680050E06920264
chr132468009124680141E06920365
chr132468058424680705E06920858
chr132468070724680836E06920981
chr132468094124681150E06921215
chr132468122224681294E06921496
chr132468131724681370E06921591
chr132468139524681467E06921669
chr132468154924681618E06921823
chr132468178324681833E06922057
chr132468214024682190E06922414
chr132468223324682492E06922507
chr132468397724684048E06924251
chr132468416324684249E06924437
chr132468428924684479E06924563
chr132468593324686192E06926207
chr132468632024686466E06926594
chr132468653924687203E06926813
chr132469360324693690E06933877
chr132469374824694389E06934022
chr132469441924694593E06934693
chr132461246224613749E070-45977
chr132461382224613932E070-45794
chr132461429424614373E070-45353
chr132462436624625311E070-34415
chr132462646424628359E070-31367
chr132463317024633220E070-26506
chr132463337324633670E070-26056
chr132463689224636960E070-22766
chr132463703324637100E070-22626
chr132463722424637318E070-22408
chr132463739324637515E070-22211
chr132463755224637999E070-21727
chr132463801924638355E070-21371
chr132464087524641440E070-18286
chr132464157224641634E070-18092
chr132464935424650841E070-8885
chr132465089224651090E070-8636
chr132465563524655851E070-3875
chr132465605724656101E070-3625
chr132465614924656193E070-3533
chr132465622824656278E070-3448
chr132465633324656389E070-3337
chr132465660424656688E070-3038
chr132465713324657196E070-2530
chr132465886724659070E070-656
chr132465914524659189E070-537
chr132465925524659320E070-406
chr132465978724659857E07061
chr132465995324660164E070227
chr132466018824660282E070462
chr132466046024660588E070734
chr132466066624660806E070940
chr132466085724660937E0701131
chr132466097324661076E0701247
chr132466139124661441E0701665
chr132466148524661596E0701759
chr132466183624661994E0702110
chr132466203224662163E0702306
chr132466233624662433E0702610
chr132466268124662731E0702955
chr132466334524663395E0703619
chr132469374824694389E07034022
chr132461382224613932E071-45794
chr132461429424614373E071-45353
chr132461456324614610E071-45116
chr132461490824615345E071-44381
chr132461542124615764E071-43962
chr132461595224616063E071-43663
chr132461609624616269E071-43457
chr132461658724616770E071-42956
chr132461725624617380E071-42346
chr132461749124617610E071-42116
chr132461774024618026E071-41700
chr132461813124618192E071-41534
chr132462356724623617E071-36109
chr132462366724623731E071-35995
chr132462384224623984E071-35742
chr132462406124624115E071-35611
chr132462436624625311E071-34415
chr132462533324625498E071-34228
chr132462559824625699E071-34027
chr132462583524625920E071-33806
chr132462594524626023E071-33703
chr132462602824626163E071-33563
chr132462625724626380E071-33346
chr132462646424628359E071-31367
chr132462849424628548E071-31178
chr132463287424632967E071-26759
chr132463381524633945E071-25781
chr132463672324636779E071-22947
chr132463689224636960E071-22766
chr132463703324637100E071-22626
chr132463722424637318E071-22408
chr132463739324637515E071-22211
chr132463755224637999E071-21727
chr132463801924638355E071-21371
chr132463841324638458E071-21268
chr132463845924638670E071-21056
chr132464087524641440E071-18286
chr132464880824648886E071-10840
chr132464891424649123E071-10603
chr132464935424650841E071-8885
chr132465089224651090E071-8636
chr132465978724659857E07161
chr132465995324660164E071227
chr132466018824660282E071462
chr132466046024660588E071734
chr132466066624660806E071940
chr132466085724660937E0711131
chr132466097324661076E0711247
chr132466139124661441E0711665
chr132466148524661596E0711759
chr132466183624661994E0712110
chr132466203224662163E0712306
chr132466525024665300E0715524
chr132466545524665505E0715729
chr132466555324665638E0715827
chr132467999024680050E07120264
chr132468009124680141E07120365
chr132468058424680705E07120858
chr132468070724680836E07120981
chr132468094124681150E07121215
chr132468178324681833E07122057
chr132468214024682190E07122414
chr132468223324682492E07122507
chr132468397724684048E07124251
chr132468416324684249E07124437
chr132468428924684479E07124563
chr132468632024686466E07126594
chr132468653924687203E07126813
chr132469360324693690E07133877
chr132469374824694389E07134022
chr132470377624703942E07144050
chr132470413424704192E07144408
chr132470431324705155E07144587
chr132461246224613749E072-45977
chr132461382224613932E072-45794
chr132461429424614373E072-45353
chr132461456324614610E072-45116
chr132461490824615345E072-44381
chr132461542124615764E072-43962
chr132461595224616063E072-43663
chr132461609624616269E072-43457
chr132461658724616770E072-42956
chr132461690624617200E072-42526
chr132461725624617380E072-42346
chr132461749124617610E072-42116
chr132461774024618026E072-41700
chr132461813124618192E072-41534
chr132461988024619942E072-39784
chr132462356724623617E072-36109
chr132462366724623731E072-35995
chr132462384224623984E072-35742
chr132462406124624115E072-35611
chr132462436624625311E072-34415
chr132462533324625498E072-34228
chr132462559824625699E072-34027
chr132462583524625920E072-33806
chr132462594524626023E072-33703
chr132462602824626163E072-33563
chr132462625724626380E072-33346
chr132462646424628359E072-31367
chr132462849424628548E072-31178
chr132463274924632820E072-26906
chr132463287424632967E072-26759
chr132463317024633220E072-26506
chr132463337324633670E072-26056
chr132463381524633945E072-25781
chr132463739324637515E072-22211
chr132463755224637999E072-21727
chr132463801924638355E072-21371
chr132463841324638458E072-21268
chr132463845924638670E072-21056
chr132464087524641440E072-18286
chr132464157224641634E072-18092
chr132464880824648886E072-10840
chr132464891424649123E072-10603
chr132464935424650841E072-8885
chr132465089224651090E072-8636
chr132465978724659857E07261
chr132465995324660164E072227
chr132466018824660282E072462
chr132466046024660588E072734
chr132466066624660806E072940
chr132466085724660937E0721131
chr132466097324661076E0721247
chr132466139124661441E0721665
chr132466148524661596E0721759
chr132466183624661994E0722110
chr132466203224662163E0722306
chr132466233624662433E0722610
chr132466819824668296E0728472
chr132467983924679879E07220113
chr132467999024680050E07220264
chr132468009124680141E07220365
chr132468058424680705E07220858
chr132468070724680836E07220981
chr132468094124681150E07221215
chr132468122224681294E07221496
chr132468131724681370E07221591
chr132468139524681467E07221669
chr132468154924681618E07221823
chr132468397724684048E07224251
chr132468416324684249E07224437
chr132468428924684479E07224563
chr132468632024686466E07226594
chr132468653924687203E07226813
chr132469360324693690E07233877
chr132469374824694389E07234022
chr132469441924694593E07234693
chr132470431324705155E07244587
chr132461246224613749E073-45977
chr132461382224613932E073-45794
chr132461429424614373E073-45353
chr132461456324614610E073-45116
chr132461490824615345E073-44381
chr132462366724623731E073-35995
chr132462436624625311E073-34415
chr132462533324625498E073-34228
chr132462559824625699E073-34027
chr132462583524625920E073-33806
chr132462594524626023E073-33703
chr132462646424628359E073-31367
chr132463317024633220E073-26506
chr132463337324633670E073-26056
chr132463381524633945E073-25781
chr132463618924636239E073-23487
chr132463672324636779E073-22947
chr132463689224636960E073-22766
chr132463703324637100E073-22626
chr132463722424637318E073-22408
chr132463739324637515E073-22211
chr132463755224637999E073-21727
chr132463801924638355E073-21371
chr132464062324640785E073-18941
chr132465995324660164E073227
chr132466018824660282E073462
chr132466046024660588E073734
chr132466066624660806E073940
chr132466085724660937E0731131
chr132466097324661076E0731247
chr132466139124661441E0731665
chr132466148524661596E0731759
chr132466183624661994E0732110
chr132466203224662163E0732306
chr132468632024686466E07326594
chr132468653924687203E07326813
chr132461246224613749E074-45977
chr132461382224613932E074-45794
chr132461429424614373E074-45353
chr132461456324614610E074-45116
chr132461490824615345E074-44381
chr132461542124615764E074-43962
chr132461595224616063E074-43663
chr132461609624616269E074-43457
chr132461658724616770E074-42956
chr132461774024618026E074-41700
chr132461813124618192E074-41534
chr132461988024619942E074-39784
chr132462356724623617E074-36109
chr132462366724623731E074-35995
chr132462384224623984E074-35742
chr132462406124624115E074-35611
chr132462436624625311E074-34415
chr132462533324625498E074-34228
chr132462559824625699E074-34027
chr132462583524625920E074-33806
chr132462594524626023E074-33703
chr132462602824626163E074-33563
chr132462625724626380E074-33346
chr132462646424628359E074-31367
chr132463274924632820E074-26906
chr132463287424632967E074-26759
chr132463317024633220E074-26506
chr132463337324633670E074-26056
chr132463381524633945E074-25781
chr132463703324637100E074-22626
chr132463722424637318E074-22408
chr132463739324637515E074-22211
chr132463755224637999E074-21727
chr132463801924638355E074-21371
chr132464062324640785E074-18941
chr132464087524641440E074-18286
chr132464157224641634E074-18092
chr132464515724645433E074-14293
chr132464565624645843E074-13883
chr132464593024646113E074-13613
chr132464669024646744E074-12982
chr132464677624646882E074-12844
chr132464880824648886E074-10840
chr132464891424649123E074-10603
chr132464935424650841E074-8885
chr132465978724659857E07461
chr132465995324660164E074227
chr132466018824660282E074462
chr132466046024660588E074734
chr132466066624660806E074940
chr132466085724660937E0741131
chr132466097324661076E0741247
chr132466139124661441E0741665
chr132466148524661596E0741759
chr132466183624661994E0742110
chr132466203224662163E0742306
chr132466233624662433E0742610
chr132466488224664922E0745156
chr132466525024665300E0745524
chr132466545524665505E0745729
chr132466555324665638E0745827
chr132466605324666464E0746327
chr132466650624666573E0746780
chr132466665524666742E0746929
chr132466682224667083E0747096
chr132466712624667183E0747400
chr132466739124667492E0747665
chr132466760524667726E0747879
chr132467983924679879E07420113
chr132467999024680050E07420264
chr132468009124680141E07420365
chr132468058424680705E07420858
chr132468070724680836E07420981
chr132468094124681150E07421215
chr132468122224681294E07421496
chr132468131724681370E07421591
chr132468139524681467E07421669
chr132468154924681618E07421823
chr132468178324681833E07422057
chr132468214024682190E07422414
chr132468223324682492E07422507
chr132468256024682738E07422834
chr132468397724684048E07424251
chr132468416324684249E07424437
chr132468428924684479E07424563
chr132468632024686466E07426594
chr132468653924687203E07426813
chr132469360324693690E07433877
chr132469374824694389E07434022
chr132469441924694593E07434693
chr132461246224613749E081-45977
chr132464005424640179E081-19547
chr132464062324640785E081-18941
chr132464087524641440E081-18286
chr132464157224641634E081-18092
chr132465398324654028E081-5698
chr132465411224654240E081-5486
chr132465427424654550E081-5176
chr132465460124654728E081-4998
chr132465605724656101E081-3625
chr132465614924656193E081-3533
chr132465622824656278E081-3448
chr132465633324656389E081-3337
chr132465660424656688E081-3038
chr132465713324657196E081-2530
chr132465735124658853E081-873
chr132465886724659070E081-656
chr132465914524659189E081-537
chr132465925524659320E081-406
chr132465978724659857E08161
chr132465995324660164E081227
chr132466018824660282E081462
chr132466139124661441E0811665
chr132466148524661596E0811759
chr132470773124707864E08148005
chr132470800024708165E08148274
chr132463945924639579E082-20147
chr132464062324640785E082-18941
chr132464087524641440E082-18286
chr132465255024652633E082-7093
chr132465284824652898E082-6828
chr132465886724659070E082-656
chr132465914524659189E082-537
chr132465925524659320E082-406
chr132465978724659857E08261
chr132465995324660164E082227
chr132466018824660282E082462
chr132466046024660588E082734
chr132466066624660806E082940
chr132466183624661994E0822110
chr132466525024665300E0825524
chr132469374824694389E08234022