rs7768492

Homo sapiens
T>G
HIVEP2 : Intron Variant
Check p-value
SNV (Single Nucleotide Variation)
G=0024 (743/29968,GnomAD)
G=0034 (1011/29118,TOPMED)
G=0032 (158/5008,1000G)
chr6:142824095 (GRCh38.p7) (6q24.2)
AD
GWASdb2
1   publication(s)
See rs on genome
0 Promoter around

Genomic Coordinates

Sequence Name Change(s)
GRCh38.p7 chr 6NC_000006.12:g.142824095T>G
GRCh37.p13 chr 6NC_000006.11:g.143145232T>G
HIVEP2 RefSeqGeneNG_047004.1:g.126107A>C

Gene: HIVEP2, human immunodeficiency virus type I enhancer binding protein 2(minus strand)

Molecule type Change Amino acid[Codon] SO Term
HIVEP2 transcriptNM_006734.3:c.N/AIntron Variant
HIVEP2 transcript variant X5XM_017010805.1:c.N/AIntron Variant

Population Frequency

Study Population Group Sample # Ref Allele Alt Allele
1000GenomesAfricanSub1322T=0.886G=0.114
1000GenomesAmericanSub694T=0.990G=0.010
1000GenomesEast AsianSub1008T=0.999G=0.001
1000GenomesEuropeSub1006T=0.999G=0.001
1000GenomesGlobalStudy-wide5008T=0.968G=0.032
1000GenomesSouth AsianSub978T=1.000G=0.000
The Genome Aggregation DatabaseAfricanSub8732T=0.916G=0.084
The Genome Aggregation DatabaseAmericanSub836T=1.000G=0.000
The Genome Aggregation DatabaseEast AsianSub1620T=1.000G=0.000
The Genome Aggregation DatabaseEuropeSub18478T=0.999G=0.000
The Genome Aggregation DatabaseGlobalStudy-wide29968T=0.975G=0.024
The Genome Aggregation DatabaseOtherSub302T=1.000G=0.000
Trans-Omics for Precision MedicineGlobalStudy-wide29118T=0.965G=0.034
PMID Title Author Journal
20201924Genome-wide association study of alcohol dependence implicates a region on chromosome 11.Edenberg HJAlcohol Clin Exp Res

P-Value

SNP ID p-value Traits Study
rs77684920.000784alcohol dependence20201924

eQTL of rs7768492 in Brain tissues (GTEx Analysis Release V7)

Position (v37) eGene GeneID Variant p-value TSS Tissue
There is no eQTL annotation for this SNP

meQTL of rs7768492 in Fetal Brain

Probe ID Position Gene beta p-value
There is no meQTL annotation for this SNP

Genomic View

Chromatin Interaction

There is no significant Hi-C chromatin interaction data for this SNP.

Enhancer Annotation (GRCh37.p13)

Chromosome Start End Region Distance ( -/+ : Up/Downstream )
chr6143104702143104766E067-40466
chr6143105498143105794E067-39438
chr6143120883143121048E067-24184
chr6143121187143121307E067-23925
chr6143121489143121654E067-23578
chr6143121806143122168E067-23064
chr6143122610143122707E067-22525
chr6143122752143122806E067-22426
chr6143122939143123011E067-22221
chr6143124557143124635E067-20597
chr6143124746143124857E067-20375
chr6143124937143125086E067-20146
chr6143130263143130303E067-14929
chr6143130439143130479E067-14753
chr6143132044143133158E067-12074
chr6143133196143133371E067-11861
chr6143137306143137412E067-7820
chr6143137526143138071E067-7161
chr6143142787143143466E067-1766
chr6143143579143144827E067-405
chr6143145373143146162E067141
chr6143156168143156452E06710936
chr6143156468143156518E06711236
chr6143156793143156921E06711561
chr6143157018143157609E06711786
chr6143163020143165042E06717788
chr6143165983143168920E06720751
chr6143169378143169472E06724146
chr6143169480143169637E06724248
chr6143169757143169807E06724525
chr6143169897143169976E06724665
chr6143170178143170468E06724946
chr6143172173143172829E06726941
chr6143172843143173050E06727611
chr6143174342143174856E06729110
chr6143174868143175389E06729636
chr6143175424143175523E06730192
chr6143175545143176255E06730313
chr6143176277143176493E06731045
chr6143176505143176570E06731273
chr6143176579143176817E06731347
chr6143182970143183167E06737738
chr6143183293143183450E06738061
chr6143184898143185003E06739666
chr6143185161143185542E06739929
chr6143186078143186163E06740846
chr6143186247143186297E06741015
chr6143186374143186455E06741142
chr6143186466143186506E06741234
chr6143186626143186680E06741394
chr6143186760143186817E06741528
chr6143186882143186944E06741650
chr6143187028143187120E06741796
chr6143187262143187336E06742030
chr6143187445143187495E06742213
chr6143188201143188255E06742969
chr6143188377143188482E06743145
chr6143188522143189747E06743290
chr6143102653143102913E068-42319
chr6143107699143108032E068-37200
chr6143108517143108870E068-36362
chr6143108936143109141E068-36091
chr6143109171143109319E068-35913
chr6143117292143117437E068-27795
chr6143117449143117538E068-27694
chr6143117698143118072E068-27160
chr6143119258143119369E068-25863
chr6143119527143119857E068-25375
chr6143120883143121048E068-24184
chr6143121187143121307E068-23925
chr6143121489143121654E068-23578
chr6143130263143130303E068-14929
chr6143130439143130479E068-14753
chr6143132044143133158E068-12074
chr6143133196143133371E068-11861
chr6143140430143142683E068-2549
chr6143142787143143466E068-1766
chr6143143579143144827E068-405
chr6143145373143146162E068141
chr6143154071143154709E0688839
chr6143160574143161263E06815342
chr6143162490143162722E06817258
chr6143162751143162801E06817519
chr6143163020143165042E06817788
chr6143165196143165945E06819964
chr6143171012143171120E06825780
chr6143171748143172165E06826516
chr6143172173143172829E06826941
chr6143172843143173050E06827611
chr6143174342143174856E06829110
chr6143174868143175389E06829636
chr6143185161143185542E06839929
chr6143186247143186297E06841015
chr6143188522143189747E06843290
chr6143190010143190382E06844778
chr6143191765143191846E06846533
chr6143191990143192532E06846758
chr6143192824143194113E06847592
chr6143130263143130303E069-14929
chr6143130439143130479E069-14753
chr6143132044143133158E069-12074
chr6143133196143133371E069-11861
chr6143140430143142683E069-2549
chr6143142787143143466E069-1766
chr6143143579143144827E069-405
chr6143162490143162722E06917258
chr6143162751143162801E06917519
chr6143165196143165945E06919964
chr6143165983143168920E06920751
chr6143171748143172165E06926516
chr6143172173143172829E06926941
chr6143172843143173050E06927611
chr6143174342143174856E06929110
chr6143174868143175389E06929636
chr6143176277143176493E06931045
chr6143176505143176570E06931273
chr6143176579143176817E06931347
chr6143188377143188482E06943145
chr6143188522143189747E06943290
chr6143189904143189958E06944672
chr6143190010143190382E06944778
chr6143192824143194113E06947592
chr6143194181143194537E06948949
chr6143102653143102913E070-42319
chr6143132044143133158E070-12074
chr6143133196143133371E070-11861
chr6143142787143143466E070-1766
chr6143165983143168920E07020751
chr6143186078143186163E07040846
chr6143186247143186297E07041015
chr6143186374143186455E07041142
chr6143186466143186506E07041234
chr6143108517143108870E071-36362
chr6143108936143109141E071-36091
chr6143126375143126474E071-18758
chr6143130263143130303E071-14929
chr6143130439143130479E071-14753
chr6143132044143133158E071-12074
chr6143133196143133371E071-11861
chr6143140430143142683E071-2549
chr6143142787143143466E071-1766
chr6143143579143144827E071-405
chr6143145373143146162E071141
chr6143152036143152588E0716804
chr6143163020143165042E07117788
chr6143165196143165945E07119964
chr6143165983143168920E07120751
chr6143172843143173050E07127611
chr6143174342143174856E07129110
chr6143174868143175389E07129636
chr6143175424143175523E07130192
chr6143175545143176255E07130313
chr6143176277143176493E07131045
chr6143176505143176570E07131273
chr6143176579143176817E07131347
chr6143188377143188482E07143145
chr6143188522143189747E07143290
chr6143189904143189958E07144672
chr6143190010143190382E07144778
chr6143192824143194113E07147592
chr6143194181143194537E07148949
chr6143101492143101532E072-43700
chr6143130263143130303E072-14929
chr6143130439143130479E072-14753
chr6143133196143133371E072-11861
chr6143140430143142683E072-2549
chr6143142787143143466E072-1766
chr6143143579143144827E072-405
chr6143160574143161263E07215342
chr6143165196143165945E07219964
chr6143165983143168920E07220751
chr6143168995143169073E07223763
chr6143169117143169357E07223885
chr6143169378143169472E07224146
chr6143169480143169637E07224248
chr6143174868143175389E07229636
chr6143175424143175523E07230192
chr6143188013143188087E07242781
chr6143188112143188199E07242880
chr6143188201143188255E07242969
chr6143188377143188482E07243145
chr6143188522143189747E07243290
chr6143191990143192532E07246758
chr6143123127143123822E073-21410
chr6143124746143124857E073-20375
chr6143124937143125086E073-20146
chr6143130263143130303E073-14929
chr6143130439143130479E073-14753
chr6143132044143133158E073-12074
chr6143140430143142683E073-2549
chr6143142787143143466E073-1766
chr6143143579143144827E073-405
chr6143145373143146162E073141
chr6143152036143152588E0736804
chr6143158470143158520E07313238
chr6143158545143158614E07313313
chr6143158663143158755E07313431
chr6143163020143165042E07317788
chr6143165196143165945E07319964
chr6143165983143168920E07320751
chr6143172173143172829E07326941
chr6143172843143173050E07327611
chr6143173279143173319E07328047
chr6143173354143173398E07328122
chr6143173634143173779E07328402
chr6143173807143173930E07328575
chr6143174078143174118E07328846
chr6143174342143174856E07329110
chr6143174868143175389E07329636
chr6143175424143175523E07330192
chr6143175545143176255E07330313
chr6143176277143176493E07331045
chr6143176505143176570E07331273
chr6143176579143176817E07331347
chr6143191990143192532E07346758
chr6143192824143194113E07347592
chr6143107699143108032E074-37200
chr6143108517143108870E074-36362
chr6143108936143109141E074-36091
chr6143119527143119857E074-25375
chr6143130263143130303E074-14929
chr6143130439143130479E074-14753
chr6143131133143131287E074-13945
chr6143132044143133158E074-12074
chr6143133196143133371E074-11861
chr6143140430143142683E074-2549
chr6143142787143143466E074-1766
chr6143143579143144827E074-405
chr6143145373143146162E074141
chr6143151316143151786E0746084
chr6143165196143165945E07419964
chr6143165983143168920E07420751
chr6143170897143170957E07425665
chr6143171012143171120E07425780
chr6143171299143171353E07426067
chr6143171553143171706E07426321
chr6143171748143172165E07426516
chr6143172173143172829E07426941
chr6143173634143173779E07428402
chr6143173807143173930E07428575
chr6143174078143174118E07428846
chr6143174342143174856E07429110
chr6143175545143176255E07430313
chr6143176277143176493E07431045
chr6143176505143176570E07431273
chr6143176579143176817E07431347
chr6143184898143185003E07439666
chr6143185161143185542E07439929
chr6143188377143188482E07443145
chr6143188522143189747E07443290
chr6143191990143192532E07446758
chr6143101269143101309E081-43923
chr6143101354143101398E081-43834
chr6143101492143101532E081-43700
chr6143101604143101671E081-43561
chr6143101791143101927E081-43305
chr6143101982143102032E081-43200
chr6143102187143102237E081-42995
chr6143102410143102596E081-42636
chr6143102653143102913E081-42319
chr6143114951143115001E081-30231
chr6143115235143115285E081-29947
chr6143115425143115475E081-29757
chr6143115534143115628E081-29604
chr6143115658143115705E081-29527
chr6143115790143115874E081-29358
chr6143132044143133158E081-12074
chr6143137306143137412E081-7820
chr6143137526143138071E081-7161
chr6143138077143138157E081-7075
chr6143138522143138578E081-6654
chr6143140430143142683E081-2549
chr6143142787143143466E081-1766
chr6143143579143144827E081-405
chr6143144996143145060E081-172
chr6143145262143145327E08130
chr6143145373143146162E081141
chr6143146207143146304E081975
chr6143146314143146373E0811082
chr6143146420143146501E0811188
chr6143147488143147543E0812256
chr6143147566143147616E0812334
chr6143147618143147737E0812386
chr6143147758143147816E0812526
chr6143147828143147898E0812596
chr6143147946143148160E0812714
chr6143148251143148324E0813019
chr6143148479143149600E0813247
chr6143150182143150248E0814950
chr6143150272143150336E0815040
chr6143150398143150438E0815166
chr6143150615143151273E0815383
chr6143151316143151786E0816084
chr6143152036143152588E0816804
chr6143152637143152704E0817405
chr6143152895143152945E0817663
chr6143153383143153454E0818151
chr6143153892143154038E0818660
chr6143154071143154709E0818839
chr6143156168143156452E08110936
chr6143156468143156518E08111236
chr6143156793143156921E08111561
chr6143157018143157609E08111786
chr6143163020143165042E08117788
chr6143165196143165945E08119964
chr6143165983143168920E08120751
chr6143171748143172165E08126516
chr6143103303143103390E082-41842
chr6143103482143103633E082-41599
chr6143114951143115001E082-30231
chr6143115235143115285E082-29947
chr6143115425143115475E082-29757
chr6143115534143115628E082-29604
chr6143115658143115705E082-29527
chr6143115790143115874E082-29358
chr6143132044143133158E082-12074
chr6143133196143133371E082-11861
chr6143142787143143466E082-1766
chr6143143579143144827E082-405
chr6143144996143145060E082-172
chr6143145262143145327E08230
chr6143145373143146162E082141
chr6143146207143146304E082975
chr6143146314143146373E0821082
chr6143146420143146501E0821188
chr6143146843143146888E0821611
chr6143147488143147543E0822256
chr6143147566143147616E0822334
chr6143147618143147737E0822386
chr6143147758143147816E0822526
chr6143147828143147898E0822596
chr6143147946143148160E0822714
chr6143148251143148324E0823019
chr6143148479143149600E0823247
chr6143150615143151273E0825383
chr6143151316143151786E0826084
chr6143156168143156452E08210936
chr6143156468143156518E08211236
chr6143156793143156921E08211561
chr6143157018143157609E08211786
chr6143165196143165945E08219964
chr6143165983143168920E08220751
chr6143168995143169073E08223763