rs945333

Organism: Homo sapiens

Alleles: T>A / T>C

Gene : Feature

None

p-value: Check p-value

Variation Type: SNV (Single Nucleotide Variation)

Frequency:

T==0441 (13196/29860,GnomAD)
T==0410 (11966/29118,TOPMED)
T==0356 (1783/5008,1000G)
C=0487 (1878/3854,ALSPAC)
C=0494 (1833/3708,TWINSUK)

Position: chr10:111102271 (GRCh38.p7) (10q25.2)

Phenotype: AD

Dataset:

GWASdb2

Publications: 1 publication(s)

Genomic View: See rs on genome

Enhancer: 391 Enhancers around

Promoter: 19 Promoters around

Variant Details Frequency Publications p-values eSNP meSNP

Genomic Coordinates

Sequence Name	Change(s)
GRCh38.p7 chr 10	NC_000010.11:g.111102271T>A
GRCh38.p7 chr 10	NC_000010.11:g.111102271T>C
GRCh37.p13 chr 10	NC_000010.10:g.112862029T>A
GRCh37.p13 chr 10	NC_000010.10:g.112862029T>C

Population Frequency

Study	Population	Group	Sample #	Ref Allele	Alt Allele
1000Genomes	African	Sub	1322	T=0.231	C=0.769
1000Genomes	American	Sub	694	T=0.500	C=0.500
1000Genomes	East Asian	Sub	1008	T=0.317	C=0.683
1000Genomes	Europe	Sub	1006	T=0.522	C=0.478
1000Genomes	Global	Study-wide	5008	T=0.356	C=0.644
1000Genomes	South Asian	Sub	978	T=0.290	C=0.710
The Avon Longitudinal Study of Parents and Children	PARENT AND CHILD COHORT	Study-wide	3854	T=0.513	C=0.487
The Genome Aggregation Database	African	Sub	8688	T=0.279	C=0.721
The Genome Aggregation Database	American	Sub	836	T=0.520	C=0.480
The Genome Aggregation Database	East Asian	Sub	1608	T=0.321	C=0.679
The Genome Aggregation Database	Europe	Sub	18426	T=0.525	C=0.474
The Genome Aggregation Database	Global	Study-wide	29860	T=0.441	C=0.558
The Genome Aggregation Database	Other	Sub	302	T=0.490	C=0.510
Trans-Omics for Precision Medicine	Global	Study-wide	29118	T=0.410	C=0.589
UK 10K study - Twins	TWIN COHORT	Study-wide	3708	T=0.506	C=0.494

PMID	Title	Author	Journal
23089632	A genome-wide association study of alcohol-dependence symptom counts in extended pedigrees identifies C15orf53.	Wang JC	Mol Psychiatry

P-Value

SNP ID	p-value	Traits	Study
rs945333	2.06E-06	alcohol dependence	23089632

eQTL of rs945333 in Brain tissues (GTEx Analysis Release V7)

Position (v37)	eGene	GeneID	Variant	p-value	TSS	Tissue
There is no eQTL annotation for this SNP

meQTL of rs945333 in Fetal Brain

Probe ID	Position	Gene	beta	p-value
There is no meQTL annotation for this SNP

Genomic View

Chromatin Interaction

There is no significant Hi-C chromatin interaction data for this SNP.

Enhancer Annotation (GRCh37.p13)

Chromosome	Start	End	Region	Distance ( -/+ : Up/Downstream )
chr10	25145660	25145773	E067	-47382
chr10	25146141	25146768	E067	-46387
chr10	25153471	25153521	E067	-39634
chr10	25154133	25154532	E067	-38623
chr10	25154682	25154802	E067	-38353
chr10	25154928	25155010	E067	-38145
chr10	25155115	25155165	E067	-37990
chr10	25155203	25155253	E067	-37902
chr10	25155348	25155454	E067	-37701
chr10	25155485	25155741	E067	-37414
chr10	25155906	25155996	E067	-37159
chr10	25159746	25159796	E067	-33359
chr10	25159892	25159932	E067	-33223
chr10	25161774	25162746	E067	-30409
chr10	25172116	25172280	E067	-20875
chr10	25188733	25188798	E067	-4357
chr10	25188848	25188898	E067	-4257
chr10	25188941	25189053	E067	-4102
chr10	25189060	25189123	E067	-4032
chr10	25189139	25189218	E067	-3937
chr10	25189254	25189464	E067	-3691
chr10	25190385	25190575	E067	-2580
chr10	25190627	25191664	E067	-1491
chr10	25196982	25197133	E067	3827
chr10	25197379	25197528	E067	4224
chr10	25197574	25197644	E067	4419
chr10	25197869	25198394	E067	4714
chr10	25204335	25204513	E067	11180
chr10	25204528	25204686	E067	11373
chr10	25204691	25204768	E067	11536
chr10	25209857	25210116	E067	16702
chr10	25210167	25210710	E067	17012
chr10	25214960	25215000	E067	21805
chr10	25215103	25215163	E067	21948
chr10	25216045	25216183	E067	22890
chr10	25216194	25216355	E067	23039
chr10	25218138	25218386	E067	24983
chr10	25218428	25218779	E067	25273
chr10	25218908	25218958	E067	25753
chr10	25219034	25219154	E067	25879
chr10	25227174	25227334	E067	34019
chr10	25227579	25227718	E067	34424
chr10	25236218	25237092	E067	43063
chr10	25237205	25237361	E067	44050
chr10	25237650	25237700	E067	44495
chr10	25237739	25237826	E067	44584
chr10	25239954	25240185	E067	46799
chr10	25146141	25146768	E068	-46387
chr10	25154682	25154802	E068	-38353
chr10	25154928	25155010	E068	-38145
chr10	25155115	25155165	E068	-37990
chr10	25155203	25155253	E068	-37902
chr10	25155348	25155454	E068	-37701
chr10	25155485	25155741	E068	-37414
chr10	25155906	25155996	E068	-37159
chr10	25161774	25162746	E068	-30409
chr10	25172116	25172280	E068	-20875
chr10	25172293	25172423	E068	-20732
chr10	25172463	25172638	E068	-20517
chr10	25172670	25172718	E068	-20437
chr10	25173863	25174094	E068	-19061
chr10	25174097	25174224	E068	-18931
chr10	25179456	25179622	E068	-13533
chr10	25188388	25188428	E068	-4727
chr10	25188733	25188798	E068	-4357
chr10	25188848	25188898	E068	-4257
chr10	25188941	25189053	E068	-4102
chr10	25189060	25189123	E068	-4032
chr10	25189139	25189218	E068	-3937
chr10	25189254	25189464	E068	-3691
chr10	25189635	25189679	E068	-3476
chr10	25189742	25190361	E068	-2794
chr10	25190385	25190575	E068	-2580
chr10	25190627	25191664	E068	-1491
chr10	25204335	25204513	E068	11180
chr10	25204528	25204686	E068	11373
chr10	25204691	25204768	E068	11536
chr10	25204830	25204903	E068	11675
chr10	25209857	25210116	E068	16702
chr10	25210167	25210710	E068	17012
chr10	25214735	25214785	E068	21580
chr10	25214960	25215000	E068	21805
chr10	25215103	25215163	E068	21948
chr10	25215557	25215768	E068	22402
chr10	25216045	25216183	E068	22890
chr10	25216194	25216355	E068	23039
chr10	25216982	25217061	E068	23827
chr10	25217204	25217391	E068	24049
chr10	25218030	25218127	E068	24875
chr10	25218138	25218386	E068	24983
chr10	25218428	25218779	E068	25273
chr10	25218908	25218958	E068	25753
chr10	25219034	25219154	E068	25879
chr10	25227174	25227334	E068	34019
chr10	25227579	25227718	E068	34424
chr10	25233677	25234400	E068	40522
chr10	25234449	25234509	E068	41294
chr10	25234725	25234804	E068	41570
chr10	25234850	25234900	E068	41695
chr10	25235468	25235520	E068	42313
chr10	25236218	25237092	E068	43063
chr10	25237205	25237361	E068	44050
chr10	25237650	25237700	E068	44495
chr10	25237739	25237826	E068	44584
chr10	25238976	25239055	E068	45821
chr10	25239347	25239526	E068	46192
chr10	25239548	25239611	E068	46393
chr10	25239793	25239869	E068	46638
chr10	25239954	25240185	E068	46799
chr10	25145660	25145773	E069	-47382
chr10	25146141	25146768	E069	-46387
chr10	25155906	25155996	E069	-37159
chr10	25161774	25162746	E069	-30409
chr10	25179157	25179345	E069	-13810
chr10	25179456	25179622	E069	-13533
chr10	25188073	25188123	E069	-5032
chr10	25188228	25188326	E069	-4829
chr10	25188388	25188428	E069	-4727
chr10	25188733	25188798	E069	-4357
chr10	25188848	25188898	E069	-4257
chr10	25188941	25189053	E069	-4102
chr10	25189060	25189123	E069	-4032
chr10	25189139	25189218	E069	-3937
chr10	25189254	25189464	E069	-3691
chr10	25189635	25189679	E069	-3476
chr10	25189742	25190361	E069	-2794
chr10	25190627	25191664	E069	-1491
chr10	25197574	25197644	E069	4419
chr10	25197869	25198394	E069	4714
chr10	25204335	25204513	E069	11180
chr10	25204528	25204686	E069	11373
chr10	25204691	25204768	E069	11536
chr10	25209857	25210116	E069	16702
chr10	25210167	25210710	E069	17012
chr10	25215557	25215768	E069	22402
chr10	25218030	25218127	E069	24875
chr10	25218138	25218386	E069	24983
chr10	25218428	25218779	E069	25273
chr10	25218908	25218958	E069	25753
chr10	25219034	25219154	E069	25879
chr10	25219390	25219475	E069	26235
chr10	25219514	25219628	E069	26359
chr10	25227174	25227334	E069	34019
chr10	25227579	25227718	E069	34424
chr10	25235468	25235520	E069	42313
chr10	25236218	25237092	E069	43063
chr10	25237205	25237361	E069	44050
chr10	25237650	25237700	E069	44495
chr10	25237739	25237826	E069	44584
chr10	25238976	25239055	E069	45821
chr10	25239347	25239526	E069	46192
chr10	25239548	25239611	E069	46393
chr10	25239793	25239869	E069	46638
chr10	25239954	25240185	E069	46799
chr10	25143313	25143466	E070	-49689
chr10	25145660	25145773	E070	-47382
chr10	25146885	25146935	E070	-46220
chr10	25146946	25148046	E070	-45109
chr10	25154928	25155010	E070	-38145
chr10	25155115	25155165	E070	-37990
chr10	25155203	25155253	E070	-37902
chr10	25155348	25155454	E070	-37701
chr10	25155485	25155741	E070	-37414
chr10	25155906	25155996	E070	-37159
chr10	25161774	25162746	E070	-30409
chr10	25190627	25191664	E070	-1491
chr10	25236218	25237092	E070	43063
chr10	25239347	25239526	E070	46192
chr10	25239548	25239611	E070	46393
chr10	25239793	25239869	E070	46638
chr10	25146141	25146768	E071	-46387
chr10	25154133	25154532	E071	-38623
chr10	25154682	25154802	E071	-38353
chr10	25154928	25155010	E071	-38145
chr10	25155115	25155165	E071	-37990
chr10	25155203	25155253	E071	-37902
chr10	25155348	25155454	E071	-37701
chr10	25155485	25155741	E071	-37414
chr10	25155906	25155996	E071	-37159
chr10	25159746	25159796	E071	-33359
chr10	25159892	25159932	E071	-33223
chr10	25161774	25162746	E071	-30409
chr10	25162838	25162928	E071	-30227
chr10	25167815	25167877	E071	-25278
chr10	25167923	25167967	E071	-25188
chr10	25168019	25168147	E071	-25008
chr10	25188228	25188326	E071	-4829
chr10	25188388	25188428	E071	-4727
chr10	25188733	25188798	E071	-4357
chr10	25188848	25188898	E071	-4257
chr10	25188941	25189053	E071	-4102
chr10	25189060	25189123	E071	-4032
chr10	25189139	25189218	E071	-3937
chr10	25189254	25189464	E071	-3691
chr10	25189635	25189679	E071	-3476
chr10	25189742	25190361	E071	-2794
chr10	25190385	25190575	E071	-2580
chr10	25190627	25191664	E071	-1491
chr10	25197574	25197644	E071	4419
chr10	25197869	25198394	E071	4714
chr10	25204335	25204513	E071	11180
chr10	25204528	25204686	E071	11373
chr10	25204691	25204768	E071	11536
chr10	25204830	25204903	E071	11675
chr10	25209857	25210116	E071	16702
chr10	25210167	25210710	E071	17012
chr10	25218138	25218386	E071	24983
chr10	25218428	25218779	E071	25273
chr10	25218908	25218958	E071	25753
chr10	25219034	25219154	E071	25879
chr10	25219390	25219475	E071	26235
chr10	25219514	25219628	E071	26359
chr10	25227174	25227334	E071	34019
chr10	25227579	25227718	E071	34424
chr10	25227972	25228022	E071	34817
chr10	25233677	25234400	E071	40522
chr10	25234449	25234509	E071	41294
chr10	25234725	25234804	E071	41570
chr10	25234850	25234900	E071	41695
chr10	25235468	25235520	E071	42313
chr10	25236218	25237092	E071	43063
chr10	25237205	25237361	E071	44050
chr10	25237650	25237700	E071	44495
chr10	25237739	25237826	E071	44584
chr10	25238383	25238522	E071	45228
chr10	25238533	25238596	E071	45378
chr10	25238690	25238780	E071	45535
chr10	25238976	25239055	E071	45821
chr10	25239347	25239526	E071	46192
chr10	25239548	25239611	E071	46393
chr10	25239793	25239869	E071	46638
chr10	25146141	25146768	E072	-46387
chr10	25154133	25154532	E072	-38623
chr10	25154682	25154802	E072	-38353
chr10	25154928	25155010	E072	-38145
chr10	25155115	25155165	E072	-37990
chr10	25155203	25155253	E072	-37902
chr10	25155348	25155454	E072	-37701
chr10	25155485	25155741	E072	-37414
chr10	25161774	25162746	E072	-30409
chr10	25162838	25162928	E072	-30227
chr10	25172116	25172280	E072	-20875
chr10	25172293	25172423	E072	-20732
chr10	25172463	25172638	E072	-20517
chr10	25188388	25188428	E072	-4727
chr10	25188733	25188798	E072	-4357
chr10	25188848	25188898	E072	-4257
chr10	25188941	25189053	E072	-4102
chr10	25189060	25189123	E072	-4032
chr10	25189139	25189218	E072	-3937
chr10	25189254	25189464	E072	-3691
chr10	25189742	25190361	E072	-2794
chr10	25190385	25190575	E072	-2580
chr10	25204335	25204513	E072	11180
chr10	25204528	25204686	E072	11373
chr10	25204691	25204768	E072	11536
chr10	25204830	25204903	E072	11675
chr10	25209857	25210116	E072	16702
chr10	25210167	25210710	E072	17012
chr10	25211453	25211639	E072	18298
chr10	25211860	25211924	E072	18705
chr10	25211929	25212005	E072	18774
chr10	25218030	25218127	E072	24875
chr10	25218138	25218386	E072	24983
chr10	25218428	25218779	E072	25273
chr10	25218908	25218958	E072	25753
chr10	25219034	25219154	E072	25879
chr10	25219390	25219475	E072	26235
chr10	25219514	25219628	E072	26359
chr10	25227579	25227718	E072	34424
chr10	25233677	25234400	E072	40522
chr10	25234850	25234900	E072	41695
chr10	25235468	25235520	E072	42313
chr10	25236218	25237092	E072	43063
chr10	25237205	25237361	E072	44050
chr10	25237650	25237700	E072	44495
chr10	25237739	25237826	E072	44584
chr10	25238976	25239055	E072	45821
chr10	25239347	25239526	E072	46192
chr10	25239548	25239611	E072	46393
chr10	25239793	25239869	E072	46638
chr10	25239954	25240185	E072	46799
chr10	25145660	25145773	E073	-47382
chr10	25146141	25146768	E073	-46387
chr10	25146885	25146935	E073	-46220
chr10	25161774	25162746	E073	-30409
chr10	25182811	25182961	E073	-10194
chr10	25183167	25184096	E073	-9059
chr10	25189742	25190361	E073	-2794
chr10	25190385	25190575	E073	-2580
chr10	25190627	25191664	E073	-1491
chr10	25210167	25210710	E073	17012
chr10	25218030	25218127	E073	24875
chr10	25218138	25218386	E073	24983
chr10	25218428	25218779	E073	25273
chr10	25218908	25218958	E073	25753
chr10	25219034	25219154	E073	25879
chr10	25227579	25227718	E073	34424
chr10	25233677	25234400	E073	40522
chr10	25236218	25237092	E073	43063
chr10	25237205	25237361	E073	44050
chr10	25239548	25239611	E073	46393
chr10	25239793	25239869	E073	46638
chr10	25145660	25145773	E074	-47382
chr10	25146141	25146768	E074	-46387
chr10	25154133	25154532	E074	-38623
chr10	25154682	25154802	E074	-38353
chr10	25155485	25155741	E074	-37414
chr10	25155906	25155996	E074	-37159
chr10	25156035	25156128	E074	-37027
chr10	25156159	25156545	E074	-36610
chr10	25161774	25162746	E074	-30409
chr10	25169399	25169549	E074	-23606
chr10	25169556	25169744	E074	-23411
chr10	25172116	25172280	E074	-20875
chr10	25172293	25172423	E074	-20732
chr10	25172463	25172638	E074	-20517
chr10	25172670	25172718	E074	-20437
chr10	25173177	25173280	E074	-19875
chr10	25173383	25173493	E074	-19662
chr10	25173636	25173686	E074	-19469
chr10	25178689	25178873	E074	-14282
chr10	25179048	25179092	E074	-14063
chr10	25179157	25179345	E074	-13810
chr10	25182094	25182194	E074	-10961
chr10	25182233	25182338	E074	-10817
chr10	25188228	25188326	E074	-4829
chr10	25188388	25188428	E074	-4727
chr10	25188733	25188798	E074	-4357
chr10	25188848	25188898	E074	-4257
chr10	25188941	25189053	E074	-4102
chr10	25189060	25189123	E074	-4032
chr10	25189139	25189218	E074	-3937
chr10	25189254	25189464	E074	-3691
chr10	25189635	25189679	E074	-3476
chr10	25189742	25190361	E074	-2794
chr10	25190385	25190575	E074	-2580
chr10	25190627	25191664	E074	-1491
chr10	25192521	25192571	E074	-584
chr10	25192877	25192951	E074	-204
chr10	25197379	25197528	E074	4224
chr10	25197574	25197644	E074	4419
chr10	25197869	25198394	E074	4714
chr10	25204335	25204513	E074	11180
chr10	25204528	25204686	E074	11373
chr10	25204691	25204768	E074	11536
chr10	25209857	25210116	E074	16702
chr10	25210167	25210710	E074	17012
chr10	25210977	25211036	E074	17822
chr10	25214960	25215000	E074	21805
chr10	25215103	25215163	E074	21948
chr10	25215557	25215768	E074	22402
chr10	25216045	25216183	E074	22890
chr10	25216194	25216355	E074	23039
chr10	25216982	25217061	E074	23827
chr10	25218030	25218127	E074	24875
chr10	25218138	25218386	E074	24983
chr10	25218428	25218779	E074	25273
chr10	25218908	25218958	E074	25753
chr10	25219034	25219154	E074	25879
chr10	25227579	25227718	E074	34424
chr10	25233677	25234400	E074	40522
chr10	25235468	25235520	E074	42313
chr10	25236218	25237092	E074	43063
chr10	25237205	25237361	E074	44050
chr10	25237650	25237700	E074	44495
chr10	25237739	25237826	E074	44584
chr10	25238383	25238522	E074	45228
chr10	25238533	25238596	E074	45378
chr10	25238690	25238780	E074	45535
chr10	25238976	25239055	E074	45821
chr10	25239347	25239526	E074	46192
chr10	25239548	25239611	E074	46393
chr10	25239793	25239869	E074	46638
chr10	25239954	25240185	E074	46799
chr10	25143313	25143466	E081	-49689
chr10	25146141	25146768	E081	-46387
chr10	25154682	25154802	E081	-38353
chr10	25155485	25155741	E081	-37414
chr10	25155906	25155996	E081	-37159
chr10	25156035	25156128	E081	-37027
chr10	25156159	25156545	E081	-36610
chr10	25218908	25218958	E081	25753
chr10	25239347	25239526	E081	46192
chr10	25239548	25239611	E081	46393
chr10	25239793	25239869	E081	46638
chr10	25143313	25143466	E082	-49689
chr10	25145660	25145773	E082	-47382
chr10	25146141	25146768	E082	-46387
chr10	25146946	25148046	E082	-45109
chr10	25161774	25162746	E082	-30409

Promoter Annotation (GRCh37.p13)

Chromosome	Start	End	Region	Distance(-/+:Up/Downstream)
chr10	25160061	25160601	E067	-32554
chr10	25240219	25243081	E067	47064
chr10	25160061	25160601	E068	-32554
chr10	25240219	25243081	E068	47064
chr10	25160061	25160601	E069	-32554
chr10	25240219	25243081	E069	47064
chr10	25160061	25160601	E070	-32554
chr10	25240219	25243081	E070	47064
chr10	25160061	25160601	E071	-32554
chr10	25240219	25243081	E071	47064
chr10	25240219	25243081	E072	47064
chr10	25160061	25160601	E073	-32554
chr10	25240219	25243081	E073	47064
chr10	25160061	25160601	E074	-32554
chr10	25240219	25243081	E074	47064
chr10	25160061	25160601	E081	-32554
chr10	25240219	25243081	E081	47064
chr10	25160061	25160601	E082	-32554
chr10	25240219	25243081	E082	47064